Таким образом, решить проблему Лжедмитрия «через Углич» Шуйскому не удалось. В стране начались мятежи сторонников погибшего самозванца. Поляки в Москве упорно распространяли слух, что «убитый не царь Дмитрий». Горожане, видевшие мертвое тело, им не поверили. Зато на помещиков Юга России агитация подействовала предсказуемо: «…а черниговцы, и путимцы, и кромичи, и комарици, и вси рязанские городы за царя Василия креста не целовали и с Москвы всем войском пошли на Рязань: у нас де царевич Дмитрий Иванович жив». Однако первую волну кризиса Шуйскому погасить удалось. Поляков во главе с Мнишеками он сослал в Ярославль. Жители мятежного Юга замирились после клятвенных заверений царя, будто самозванец перед смертью объявил «всем людем вслух, что он прямой вор Гришка Отрепьев».

Казалось, ситуация начала успокаиваться. Но это было лишь затишье перед бурей. Вскоре русские города снова захлестнула волна «прелестных» грамот от самозванца. И что самое страшное: на каждом листе стояла подлинная печать «царя Дмитрия Ивановича». А писаны грамоты были тем же почерком, что и поступавшие до переворота царские указы. Вскоре пришли вести, что в Самборе, в доме у жены Юрия Мнишека, появился человек, выдававший себя за «Дмитрия». Скорее всего, пани Мнишек действовала с согласия мужа и дочери. Юрий и Марина не были стеснены в передвижениях по Ярославлю и могли тайно переписываться с родней.

По версии Р.Г. Скрынникова, в Самборе укрылись два давних сторонника Лжедмитрия, Михаил Молчанов и Богдан Ступов.

В день переворота они бежали из Москвы, истребовав лошадей в царских конюшнях. А для того чтобы не нарваться на отказ, находчивые беглецы распоряжались там «от имени императора Дмитрия». Молчанов был по описанию немного похож на убитого самозванца, а Ступов при Лжедмитрии исполнял роль секретаря и печатника, иными словами, он еще с Путивля писал за своего господина грамоты, а в Москве еще и ставил на них малую царскую печать, которую носил «на вороту». Вдвоем они успешно играли роль «чудесно спасшегося Дмитрия». Молчанова, одетого в пышные царские одежды, пани Мнишек демонстрировала специально отобранной публике. А Ступов занимался давно привычным делом: сочинял царские грамоты и ставил на них печати. Так начался второй этап русской Смуты, который многие историки называют «самозванщиной без самозванца».

В Польше к этому времени назрел рокош. Собравшись на съезд, противники короля ждали, что «Дмитрий» приедет из Самбора, чтобы возглавить армию. Вождь мятежников Зебжидовский был родственником Мнишека, а среди рокошан имелось много ветеранов московского похода. Естественно, самборская интрига не могла пройти мимо внимания Сигизмунда III. Но вот что странно: король даже не пытался разоблачить мошенников. Более того, его послы в это время настойчиво требовали отпустить из плена Мнишеков, угрожая Шуйскому войной. Похоже, у короля была четкая договоренность с исполнителями интриги. А образ «Дмитрия» они использовали одновременно в двух направлениях: на благо Сигизмунду III и во вред его московским соседям.

Мятежная шляхта не дождалась «царя» и отложила рокош до следующего года. А в это время наряженный «Дмитрием» Молчанов инструктировал в Самборе «большого воеводу» Ивана Болотникова. Выбор инициаторов интриги легко объясним. Последние несколько лет атаман Болотников провел в турецком плену. Лжедмитрия I он в глаза не видел, а потому легко поверил Молчанову. «Царь» снабдил «воеводу» письмом к служившему в Путивле князю Григорию Шаховскому. «Дмитрий» заверил Болотникова, что у Шаховского он получит и деньги на войну, и армию под начало. Так и вышло. Стоило атаману появиться в России, как «…князь Григорей Шеховской измени царю Василью со всем Путимлем и сказа путимцем, что царь Дмитрей жив есть, а живет в прикрыте…» Мятежная армия возродилась в считаные дни. Но и Шуйскому не пришлось долго собирать войска. Под Москвой стояли полки для войны против турок. О численности войск точные сведения найти трудно. По данным историков, у Шуйского было от 30 до 50 тысяч человек. Мятежников сосчитать еще сложнее. Известно, что Болотников получил в Путивле от Шаховского отряд в 12 тысяч человек, но к нему еще приходили пополнения. Второе войско повстанцев возглавил Истома Пашков. Основу его армии составили полки, собранные до переворота в окрестностях Ельца. Первые бои закончились в пользу Шуйского. Сначала его главный воевода князь Иван Воротынский разбил под стенами Ельца войска Пашкова, а затем Михаил Нагой нанес поражение у Кром полкам Болотникова. Однако закрепить победу царской армии не удалось. Дворянская конница легко выигрывала полевые сражения, но взять «воровские крепости» не могла.

Армия Годуновых полностью разложилась после двухмесячной осады Кром. Ее судьбу во многом повторили войска Юрия Трубецкого и стоявшие под Ельцом полки Ивана Воротынского. Сформировав новую армию, Болотников повел наступление на Кромы. Вскоре его войскам удалось пробиться в крепость. Трубецкой снял осаду и спешно отвел полки к Орлу. Теснимый Пашковым Воротынский отступил из-под Ельца в Тулу. Однако гарнизоны обеих крепостей уже перешли на сторону «Дмитрия». Падение Орла и Тулы открыло мятежникам путь на Москву.

Их продвижение к столице не было легкой прогулкой. 23 сентября на переправе через реку Угру Болотников потерпел поражение от Ивана Шуйского. Однако воспользоваться победой царскому брату не удалось. В ближнем тылу восстали жители Калуги, и войскам Шуйского пришлось отступить. Следующий удар по мятежникам нанес Михаил Скопин. На реке Пахре в районе Серпухова он разбил армию Пашкова. На какое-то время это остановило повстанцев, но вскоре они получили подкрепления. В начале октября к Пашкову под Коломну прибыл рязанский отряд Прокопия Ляпунова. Царские войска встретили мятежную армию у села Троицкое-Лобаново в 40 верстах от стен Москвы. Повстанцами в этом бою командовал Ляпунов, один из самых талантливых военачальников Смутного времени. Царские войска были разгромлены наголову. После битвы Ляпунов и Пашков распустили пленных ратников по домам. Лишь нескольких знатных дворян они отправили в Путивль.

28 октября 1606 года полки Ляпунова и Пашкова заняли село Коломенское и стали готовиться к осаде столицы. Вскоре к ним присоединились войска Болотникова. Историки по-разному оценивают численность мятежной армии, в их трудах встречаются величины от 20 до 100 тысяч человек. Однако в Москве к тому времени было меньше 10 тысяч воинов. И если болотниковцам не хватило сил, чтобы обложить столицу со всех сторон, значит, их число не превышало 35—40 тысяч человек.

У царя было очень мало по-настоящему верных войск. В борьбе с мятежниками он мог опереться лишь на отряды Государева двора: 200 стольников, несколько сот «больших» московских дворян, жильцов и стряпчих. В общей сложности — меньше тысячи человек. Гарнизон Кремля царю доверия не внушал. Слишком уж часто в последние месяцы переходили на сторону мятежников стрелецкие сотни. Положение казалось безнадежным.

Однако к этому времени на ситуацию начал влиять еще один важный фактор. В первых числах июля, через месяц с лишним после коронации Шуйского, у России появился новый патриарх, избранный по всем правилам на Священном соборе. Какие соображения заставили царя согласиться с кандидатурой казанского митрополита Гермогена — навсегда останется загадкой для историков. Упрямство и несговорчивость старика были широко известны во всех слоях общества. Из трех царей, при которых он правил митрополией, как минимум двое побаивались крутого казанского архипастыря. Возможно, решающее влияние оказал преклонный возраст: к моменту избрания патриарху было уже 76 лет. Шуйский вполне мог рассматривать Гермогена как временную фигуру на этом посту. Определенное влияние оказало и то, что казанский митрополит рассорился с Лжедмитрием I и даже пострадал от него.