Экипажи четырех советских подводных лодок страдали от ужасающей жары и неопределенности их положения, потому что Москва слабо руководила их действиями. В конце концов их труды оказались бесплодными. По возвращении на базу они стали козлами отпущения — их встретил холодный прием и выговор от начальства за срыв скрытности перехода на Кубу.

Три советских судна, которые, как предполагалось американцами, перевозили баллистические ракеты, развернулись и легли на обратный курс в СССР — вместе с тринадцатью другими советскими сухогрузами, перевозившими до этого военные грузы на Кубу. Тем не менее шесть советских сухогрузов вес еще шли на Кубу. Следует сказать, что за период блокады ни на одно советское судно не было произведено высадки американских досмотровых групп. Американцы остановили и проверили только одно судно — американской же постройки «Маруклу» класса «Либерти», под ливанским флагом и зафрахтованное Советским Союзом.

24 октября 1962 г. кубинская разведка предоставила свои расчетные данные по американской высадке. Капитан Педро Луис из 2-го бюро Генерального штаба не предполагал неминуемой высадки и правильно оценил боевой состав первого эшелона — две или три дивизии из состава сухопутных войск или морской пехоты, для перевозки которых потребуется 120—130 судов; все это будет своевременно вскрыто кубинской и советской разведкой.

Основываясь на успешном применении зенитных пушек при отражении высадки в заливе Свиней, Ф. Кастро опять спланировал разделить имеющиеся у него пушки на три отдельных группировки и использовать их против низколетящих самолетов и амфибийных сил. В самый напряженный день кризиса, 26 октября, Кастро сообщал Хрущеву, что нападение обязательно произойдет в ближайшие сутки-трое, хотя, по мнению Кастро, нападение менее вероятно, чем массированный воздушный налет на «определенные цели». Кастро предложил Советскому Союзу нанести ядерный удар по США, если те попытаются вторгнуться на Кубу. Кастро закончил свое послание выражением бесконечной признательности и уважения советскому народу.

Получив 27 октября такое послание, советский Генеральный штаб разрешил своим силам на Кубе «применять все имеющиеся ресурсы ПВО», запретив «использовать без приказа из Москвы ядерное оружие, ракеты, крылатые ракеты и авиацию». В тот же день ЦРУ отметило, что вооруженные силы Кубы продолжают высокими темпами проводить мобилизацию, выполняя в то же время приказ не предпринимать никаких враждебных действий, если нет факта нападения.

Секретное приложение к соглашению между советским премьером Н.С. Хрущевым и президентом США Д.Ф. Кеннеди от 28.10.1962 г. содержало американское обязательство не вторгаться на Кубу и советское обязательство не разглашать договоренность о выводе американских ракет средней дальности с баз в Турции и на Сицилии. Вывод ракет и тот факт, что американского вторжения до сих пор не произошло, преподносится русскими как полный успех Советов. В русской трактовке полностью проигнорирован тот факт, что американские ракеты средней дальности уже планировались к выводу из Европы. Они становились избыточным средством в связи с растущим флотом подводных лодок, вооруженных ракетами «Поларис», что позволяло производить запуски ядерных ракет с моря.

В последующие годы Советы провели несколько конференций в Москве и Гаване, посвященных прошлому успеху. На эти конференции приглашались высокопоставленные участники тех событий с обеих сторон. Советский генерал в отставке И. Плиев, командовавший в 1962 г. советскими силами на Кубе, и генерал армии А. Грибков, разработчик плана «Анадырь», неоднократно говорили о том, что тогдашние приказы разрешали генералу Плиеву применение ядерного оружия в случае американского вторжения на Кубу без приказа из Москвы. В 1989 г. министр обороны СССР Д. Язов, который в 1962 г. командовал советским мотострелковым полком на Кубе, в беседе с кэптеном П. Хухтхаузеном сказал, что в той ситуации любой старший советский офицер на Кубе применил бы ядерное оружие в случае нападения американцев на любую советскую воинскую часть. После неудавшегося мятежа против президента СССР и генерального секретаря ЦК КПСС М. Горбачева в 1991 г. Язов попал в тюрьму.

Капитан 1-го ранга Вторыгин, бывший в начале 1960-х годов помощником советского военно-морского атташе в Вашингтоне, делится своими воспоминаниями:

«Кубинский кризис был самым серьезным из всех кризисов «холодной войны». Мы, в атташате, ничего не знали о развертывании советских ракет. Мы услышали об этом от А.И. Микояна, когда тот летал на Кубу и на обратном пути остановился в Вашингтоне, где он рассказал нам о ситуации, войсках и вооружении на Кубе; только тогда мы поняли размах нашего участия в этих событиях. Микоян летал на Кубу убеждать Кастро согласиться с нашими предложениями по выводу с Кубы советских ракет. Кастро был против. Было неприятно. Вначале Кастро отверг наше предложение, потому что он зависел от этого оружия. Микояну понадобилось несколько дней, чтобы убедить его. Не знаю причины, но Микоян рассказал о происходящем ограниченному кругу сотрудников советского посольства в Вашингтоне. Я участвовал в том совещании».

Секретная сделка между Москвой и Вашингтоном не решила, однако, всех проблем, связанных с операцией «Анадырь». 5 ноября директор ЦРУ ознакомил АНБ США с полученным из Москвы сообщением. Советы заявляли, что отправили на Кубу сорок две ракеты, американцы, в свою очередь, насчитали сорок восемь таких ракет, тридцать три из которых они наблюдали визуально. Советы согласились предоставить всю информацию по транспортировке ракет, чтобы США могли вести их подсчет, и директор ЦРУ остался доволен.

Оставался нерешенным вопрос о других советских вооружениях, доставленных на карибский театр в рамках операции «Анадырь». Президент Кеннеди хотел получить гарантии того, что на Кубе не будет построена база советских подводных лодок. Он также хотел, чтобы носители ядерного оружия самолеты Ил-28 покинули остров. Приблизительно в это же время маршал Малиновский разговаривал по телеграфу с генералом Плиевым и советовался с ним относительно дальнейшей судьбы советского оружия. Малиновский предложил в течение 8—10 месяцев передать кубинцам зенитные ракеты и ракеты обороны побережья, ракетные катера класса «Комар» и остальные корабли и самолеты. Потом Малиновский добавил: «Что касается боеголовок для ракет обороны побережья «Луна» и бомбардировщиков Ил-28, то вывод этих вооружений пока не обсуждался. Они остаются на Кубе под вашим командованием». Получается так, что Советы собирались оставить на острове свои тактические ракеты и ядерные боеголовки. Маловероятно, чтобы Соединенные Штаты их обнаружили, потому что госсекретарь Д. Раек, в силу политических причин, успешно противодействовал увеличению количества разведывательных полетов над островом, возложив тем самым на надводные силы американского флота большую долю работы по сверке количества ракет, вывозимых с Кубы, путем наблюдения за торговыми судами и перехвата радиосообщений.

К концу ноября, с возобновлением разведывательных полетов, стали поступать доклады с самолетов морской авиации берегового и корабельного базирования о демонтаже советских береговых ракетных батарей и о наличии ракетных пусковых установок, погруженных на советские суда, покидающие кубинские порты. Для Соединенных Штатов, не подозревавших об остающихся на Кубе тактических ядерных ракетах, основной заботой оставались бомбардировщики Ил-28. Вашингтон еще не был готов к выполнению обязательства не вторгаться на Кубу.