Открытый радиообмен в военных радиосетях продолжал давать гору информации по новым «игрушкам» кубинцев. В начале апреля 1962 г. в их разговорах было упомянуто радиолокационное сопровождение, кроме того, приводились наименования известных комплексов советских РЛС. В мае получил подтверждение факт обучения кубинцев боевому применению новой техники. Лингвистический анализ перехваченных разговоров операторов РЛС установил присутствие руководящего персонала не кубинского происхождения, а, вероятно, «славянского или из Центральной Европы».

После унизительного поражения в заливе Свиней президент Кеннеди понял, что его политика сдержанности не повлияла на кубинский марш к коммунизму. В потоке беженцев с Кубы начали встречаться представители среднего класса, что каким-то образом отражало народное недовольство. Данный факт навел Кеннеди на мысль предпринять особые усилия «для того, чтобы помочь Кубе свергнуть коммунистический режим». 18 января 1962 г. президент дал своему брату Роберту Кеннеди, генеральному прокурору США, прямое указание: «Это надо сделать, и это будет сделано».

На следующий день Роберт Кеннеди собрал совещание, на котором присутствовали представители объединенного комитета начальников штабов вооруженных сил США, директор ЦРУ Ричард Хелмс и другие чиновники из ЦРУ и офиса военно-морской разведки. Генеральный прокурор дал ясно понять, что «решение кубинской проблемы является высшим приоритетом». Вооруженным силам США было приказано вести против Кубы провокационные действия под кодовым названием операция «Мангуст». Конечная цель операции заключалась в уничтожении урожая сахарного тростника и побуждении Кубы к ответным действиям, что привело бы к открытой войне и свержению режима Кастро. Тем временем долгожданное общественное недовольство удерживало бы правительство Кастро от вмешательства во внутренние дела других латиноамериканских стран. 14 марта 1962 г. были даны указания на проведения тайных операций. Американские ВМС в них не участвовали, однако ЦРУ спланировало собственную морскую операцию. Было сделано девятнадцать попыток заброски диверсионных групп, одиннадцать из них оказались неудачными.

Однако в наступившем июле погодные условия и только что полученные советские патрульные катера неожиданно сделали заброску диверсантов морем очень трудным делом, и план заброски провалился, не достигнув своих целей.

После того как Советы успешно запустили свой спутник, разведывательные службы США решили было, что между двумя странами существует разрыв по ракетам или, говоря другими словами, Соединенные Штаты значительно отстают по общему количеству боеготовых МБР. По мере развития только что появившейся космической фоторазведки в 1961 г. вдруг неожиданно выяснилось, что утверждение о разрыве но ракетам некорректно. Теперь аналитики из разведки ВВС США определяли общее число советских МБР цифрой в 500 единиц. ЦРУ насчитало тогда всего около пятидесяти ракет. А первые снимки со спутников фоторазведки показали, что у Советов только четыре МБР. В феврале 1961 г. министр обороны США Р. Макнамара заявил американской общественности, что отставания по ракетам нет. Два месяца спустя его оценка была подтверждена предателем из ГРУ О. Пеньковским.

Теперь Вашингтон знал реальную мощь СССР, а Кремль понял, что его блефу пришел конец. Именно из-за боязни отставания по МБР Соединенные Штаты и планировали полное уничтожение коммунистического блока в течение нескольких часов путем применения около пяти тысяч ядерных боеприпасов. Бывший офицер ГРУ капитан 1-го ранга Л. Вторыгин объяснил, что «возможности Соединенных Штатов и Советского Союза не были равными, и информация, переданная в Москву французским генералом (Мюратом) по военным планам НАТО была точной и поэтому оказалась чрезвычайно важной для Советского Союза». Переданный Мюратом военный план ВВС НАТО № 110/59 от 10 января 1960 г. произвел такое сильное впечатление на Хрущева, что он мог оказаться решающим фактором для принятия советским лидером решения о размещении ракет на Кубе, сокращая таким способом самое что ни на есть фактическое отставание СССР по ракетам. Мюрат оказался для Москвы тем же, кем для Запада был Пеньковский — человеком, раскрывшим реальные возможности противника.

В июле 1962 г. министр обороны СССР маршал Малиновский в рамках операции под кодовым названием «Анадырь» отдал устные распоряжения на начало советских тайных перевозок ракет, атомных боеголовок и большого количества тяжелой военной техники. План Хрущева по развертыванию на Кубе советских ракет средней и промежуточной дальности требовал максимальной секретности. Русское слово «маскировка» переводится на английский язык как «ruse», хотя у американцев имеется более расширенное толкование этого слова — «уловки», «хитрости». Всевозможные уловки и хитрости широко использовались советским командованием в ходе переброски войск, вооружения и военной техники на Кубу. Например, всех солдат мотострелкового полка, который разворачивался на Кубе, переодели исключительно в «гражданку». Сотрудники военного аппарата, убывавшие на Кубу самолетом, сначала летели в Конакри (Гвинея), а оттуда, не привлекая ненужного внимания, уже на Кубу. Тяжелая военная техника тщательно упаковывалась в деревянную тару, и даже бетонные пусковые столы для ракет отливались в СССР и морем отправлялись на Кубу. И сам выбор названия операции — «Анадырь» — был призван отвлечь внимание от Карибского моря. Под именем «Анадырь» скрывался старый советский послевоенный план вторжения на Аляску. С одной стороны, по одной и той же заявке заказывались и теплая одежда для Арктики и тропическая форма цвета хаки, хотя, если верить рассказам некоторых советских подводников, жена каждого морского офицера на Северном флоте была уверена, что она скоро окажется в чудесном климате Карибского моря. В рамках этой операции Куба, находившаяся под носом у США, становилась стратегической ракетной площадкой СССР, а основные американские города гарантированно попадали в зону поражения ракет средней и промежуточной дальности.

В августе восемьдесят шесть советских судов, предназначенных для перевозки личного состава, вооружения и средств МТО, начали ходить на Кубу из разных портов Советского Союза. Были приняты меры по тщательной маскировке, хотя иногда она имела топорный вид. Советские самолеты, включая перехватчики МиГ-21 и морские бомбардировщики Ил-28 среднего радиуса действия, разбирались и перевозились в деревянной таре на грузовых судах. Однако Советы не смогли полностью скрыть свои грузы, и аналитики западных разведок вскоре начали отслеживать и подсчитывать спрятанные Советами сокровища.

Как маршал Малиновский отдавал приказания на начало операции «Анадырь», так и министр обороны США Р. Макнамара отдал приказ министру ВМС США увеличить объем усилий радиоразведки по вскрытию советско-кубинских действий. Под контролем начальника штаба ВМС командование группы военно-морской безопасности подобрало несколько специализированных судов для перехвата радиосвязи и ведения радиоразведки в интересах АНБ. Увеличение объема работы разведки вызвало нужду еще в одном корабле и двух десятках офицеров и матросов, которые должны были сменить корабль ВМС США «Оксфорд» (AGTR-1) много сделавший для перехвата радиообмена в сетях ВВС Кубы. ВМС и АНБ пришли к обоюдному согласию относительно того, что таким кораблем будет новый разведывательный корабль, частично укомплектованный личным составом сухопутных войск; пока же, в связи с выводом «Оксфорда», его временно заменял другой корабль. 19 июля директор АНБ отправил телеграмму начальнику штаба ВМС, в которой подчеркнул высший приоритет данной задачи: