В орденском государстве существовали две местные административные единицы: прецептория, или комменда (командорство), и приорат (приорство).

Комменда являлась фундаментальной административной единицей орденского государства рыцарей Родоса. Она включала в свой состав не менее одной церкви и одного госпиталя (странноприимного дома), а также неопределенное количество лежащих по соседству друг с другом селений или земельных угодий. Коммендой (командорством) управлял коммендатор (командор), или прецептор (comendator или praeceptor). Как правило, коммендатор должен был в качестве необходимого условия для назначения на эту должность иметь степень «рыцаря (по) справедливости» и состоять в ордене не менее трех лет. Комменды, имевшие особо важное оборонительное значение, именовались также «кастелланеи» (Kastellanei). Возглавлявшие их кастелланы (каштеляны) должны были состоять в ордене уже не три года, а пять лет. В распоряжении каждого коммендатора находилось несколько рыцарей и/или сержантов и капеллан, занимавшихся духовным окормлением общины данной комменды.

Но наряду с этими наиболее распространенными рыцарскими (кавалерскими) коммендами, существовали и так называемые сервандармские комменды, во главе которых стояли не рыцари-кавалеры, а сержанты-сервандармы.

Управляющий коммендой назначался приором соответствующей орденской провинции. Он был обязан ежегодно выплачивать приору, которому был непосредственно подчинен, определенный налог, сумма которого была строго зафиксирована.

По способам получения комменды подразделялись на:

1) «комменды (по) справедливости»;

2) «комменды (по) милости»;

3) «родовые комменды».

Чтобы приобрести в управление «комменду по справедливости», необходимо было участвовать в четырех орденских «караванах» (военно-морских походах против мусульман) или в четырех сухопутных военных кампаниях, прожить пять лет на Родосе и соответствовать прочим требованиям, предписанным на этот случай в орденских Уложениях.

«Комменды по милости» давались в управление достойным кандидатам по милости Великого Магистра или Великих Приоров. Кроме своего права назначать «магистральных коммендаторов» (что могло происходить в любой момент), Магистр был вправе каждые пять лет давать, кому считал необходимым, одну «комменду по милости» в каждом приорстве. Великие Приоры также имели право давать в своем Приорстве одну «комменду по милости» любому представителю орденской братии независимо от ранга. Кроме того, каждый Великий Приор имел сверх комменд, находившихся в его ведомстве и находившихся в полной зависимости от него, свою особую комменду, по имени которого называлось приорство.

«Родовые комменды» назывались так потому, что учреждались своими основателями, выделявшими их из своих земельных владений, для наследования своими потомками из рода в род, так что по смерти учредителей коммендаторами (командорами) становились их старшие сыновья, затем – старшие сыновья этих сыновей и т. д.

Приорат (приория, приорство) состоял из неопределенного количества комменд (командорств). Приорства Французское или Овернское были значительно больше, чем, например, приорство Мессинское. Приор избирался Генеральным Капитулом по предложению Великого Магистра.

В период пребывания ордена Св. Иоанна на о. Родос были введены понятия «Великое Приорство» и «Великий Приор». Если приор умирал в пределах своего приорства, коммендатор, на территории комменды которого умер приор, созывал 12 коммендаторов близлежащих комменд, избиравших временного заместителя приора, на период до выборов нового приора Генеральным Капитулом. Если же приор умирал за пределами своего приорства, то временное управление приорством поручалось заместителю, назначенному приором до отъезда из приорства (назначение такого заместителя приором до отъезда было непременным требованием орденского устава).

Для обеспечения постоянной связи между удаленными провинциями и центральной орденской администрацией приор был обязан по первому требованию Великого Магистра прибыть в главную орденскую резиденцию и дать отчет в своей деятельности.

Такие отчеты должны были представляться раз в пять лет, хотя на практике эти сроки соблюдались не всегда, учитывая трудность далекого, сопряженного с немалыми опасностями, путешествия из отдаленных частей Западной Европы на далекий остров Родос. В 1301 г. Генеральный Капитул принял постановление, согласно которому ежегодно не менее двух приоров должны были являться в столицу ордена. После 1370 г. их число было соответствующим постановлением увеличено до трех.

Приор назначал коммендаторов (командоров, комтуров). При исполнении своей должности он получал помощь и поддержку от так называемого провинциального капитула. В круг его задач входили, в частности, регистрация доходов, поступавших в приорство от комменд, и их пересылка в орденскую резиденцию на Родос. Приор регулярно инспектировал подчиненные ему комменды, контролируя их административную и финансовую деятельность.

Во главе всех приорств ордена рыцарей Родоса той или иной страны (Италии, Франции, Испании и т. д.) мог стоять Великий коммендатор (командор), или Великий прецептор (magnus comendator или magnus praeceptor), которого не следует путать с одноименным главой «языка» Прованса. Однако в реальности он назначался не всегда и не во всех странах, в которых располагались орденские владения, поскольку не был предусмотрен орденским Уставом.

После завоевания Додеканесского архипелага рыцарями ордена Св. Иоанна они занялись выращиванием на Родосе сахарного тростника, чем с большим успехом занимались еще на Кипре. Большая часть сахара, производившегося иоаннитами на Кипре и Родосе, скупалась венецианскими торговцами.

Банкиры и коммерсанты из Монпелье и Нарбонна управляли деньгами и имениями богатых и обширных орденских владений родосских рыцарей в Южной Франции, на Иберийском полуострове и на Кипре. В 1356 г. Великий Магистр рыцарей Родоса Роже де Пен даровал гражданам и купцам Нарбонна право открыть в г. Родосе свое консульство. Он освободил их ото всех налогов и сборов, кроме портовой пошлины, от уплаты за всех рабов, не являвшихся их личной собственностью, и даже от тех сборов, которые взимались со всех, желавших изготовлять мыло в орденских мыловарнях. Однако в случае вражеского нападения на Родос граждане Нарбонна и Монпелье были обязаны принимать участие в его обороне с оружием в руках.

Родос поддерживал активные торговые отношения с Испанией (особенно в XV в.), хотя они никогда не принимали такого размаха, как его торговля с Италией или с Францией. Одновременно в водах Додеканеса свирепствовали арагонские пираты (христиане римско-католического вероисповедания!).

Несмотря на все призывы к «священной войне», не прерывались и торговые отношения между Родосом и побережьем захваченной турками Малой Азии. Даже военные действия, казалось, не служили им помехой. Из Малой Азии на Родос привозили, в частности, ковровые изделия, шелковые ткани, зерно и керамику, в то время как турки ввозили с Родоса поступавшие туда из Западной Европы кожи, шерстяные ткани и другие изделия. Перед лицом общих экономических интересов взаимная ненависть и враждебность отходили на второй план. Так, например, рыцари Родоса и Блистательная Порта в договоре, заключенном 25 августа 1451 г. между иоаннитами и султаном Мехмедом II Гази (будущим завоевателем Константинополя!), пришли к соглашению о том, чтобы «торговцы… могли заключать сделки и товарообмен беспрепятственно и безопасно». Во избежание каких-либо инцидентов, грозящих разрывом этого договора, Великий Магистр родосских рыцарей Жан де Ластик потребовал от короля Арагонского, владевшего военно-морской базой на острове Кастеллоризо на орденской территории, запретить христианскому арагонскому каперскому флоту захватывать турецкие корабли в родосских водах. Кроме того, он потребовал от испанцев прекратить торговлю рабами-мусульманами и другими трофейными товарами между малоазиатским побережьем и Родосом.