Когда Абдалла поднял налоги, в Александрии вспыхнуло массовое недовольство, поскольку новые правила нарушали условия договора о капитуляции. Тем не менее выбора не было, пришлось платить, а Абдалла торжествующе заявил Амру: «Ну вот, теперь верблюдица дает больше молока». На что Амр ответил: «Да, но ты уморишь ее детеныша».

Однако византийский император Констанций II (правил в Египте в 641–642 гг.) услышал стоны своих бывших подданных и в 645 году направил флот из 300 боевых кораблей, чтобы отвоевать Египет. Византийцы без труда разбили маленький гарнизон Александрии, потом прошлись по Дельте. Халиф Осман вынужден был вернуть на прежнее место Амра, самого талантливого военачальника арабской армии, который отбросил византийцев к Александрии после жестокой битвы под стенами Никии, где под Амром погиб конь. И вновь Амр оказался под неприступными стенами Александрии. Опасения, что осада может затянуться, оказались необоснованными, поскольку один из стражников ворот предал византийцев и открыл проход в город для арабских войск. На этот раз солдаты ворвались в Александрию, убивая жителей, грабя дома и лавки, оставляя опустошенными целые улицы. Амр поклялся, что никогда больше не встанет под этими стенами, а потому приказал снести их до основания.

Победа оказалась молниеносной, но халиф отплатил Амру неблагодарностью, сразу же вернув на пост наместника Абдаллу. Однако он не мог отрицать полезности Амра на поле боя и решил сохранить за ним должность командующего армией. Но Амр отверг такое предложение и покинул Египет со словами: «Я буду человеком, который держит корову за рога, пока кто-то другой ее доит». Военные способности Абдаллы были намного ниже умения изобретать новые налоги; поход в Нубию в 651 году оказался неудачным, арабов легко прогнали местные лучники, и граница устойчиво закрепилась в районе Асуана.

Раскол ислама: сунниты и шииты

Попытки халифа Османа установить жесткий централизованный контроль во всей империи и требования выделять все большую долю собранных налогов были крайне непопулярны среди его арабских подданных. Восстание 656 года несколько сотен повстанцев из числа арабов-солдат в Египте отправились в Медину. Они силой проложили путь к халифу и смертельно его ранили.

Али, двоюродный брат и зять Мухаммеда, был избран новым халифом, но это понравилось далеко не всем — по крайней мере, не родственникам Османа из могущественного клана Омейядов, которых Али удалил от престола. У Али оставался весьма ограниченный выбор, он вынужден был выступить против недовольных и одержал убедительную победу в Битве верблюда неподалеку от Басры (656), но ему требовалось взять верх и над Муавией (661–680), двоюродным братом Османа и наместником Сирии, который по-прежнему ставил под сомнение его власть. Муавия сумел привлечь на свою сторону Амра.

Завоевав в очередной раз в 658 году Египет, Амр встретился с Али в битве при Сиффине, на западном берегу Евфрата. Поначалу сражение складывалось не в пользу Амра, пока он не приказал закрепить на наконечниках копий страницы Корана, — пораженные воины халифа отказались сражаться с противником, поскольку священная книга запрещает мусульманам проливать кровь единоверцев. Тогда стороны приступили к переговорам; согласно преданию, Амру удалось запутать представителя Али и добиться смещения халифа, а позднее, в 661 году Али, преданный группой сторонников, был убит ударом отравленной сабли. Вскоре после этого Муавию провозгласили халифом. Назначив преемником своего сына, он положил начало династии Омейядов и ввел принцип кровного наследования престола в халифате.

Сторонники Али называли себя шиитами (от слов Шиату Али — «группа Али»); они верили, что Мухаммед избрал Али своим преемником и на этом основании отказывались признавать Омейядов, считая их узурпаторами. Они пригласили Хуссейна, сына Али от Фатимы, дочери Мухаммеда, в качестве халифа, но его схватили и убили воины Омейядов в районе Кербелы в современном Ираке (680). Все мусульмане были потрясены этим убийством; сражения между мусульманами сами по себе выглядели ужасно, но убить внука Мухаммеда во имя политических целей — это было вызовом исламу. Для шиитов мученическая гибель Хуссейна имеет особый духовный смысл, ставит их несколько особняком от остального исламского мира. До сих пор пропасть между шиитами, которые признают законными лидерами ислама только потомков Али, и суннитским большинством, отвергающим этот принцип, остается непреодолимой.

Амр добился права управлять Египтом в качестве награды за помощь Омейядам в обретении халифата. Он получил право класть себе в карман все дополнительные доходы и к моменту смерти в 664 году скопил огромное состояние. Однако он не дал начало династии самостоятельных правителей Египта; согласно легенде, его сыновья отказались забрать набитые сокровищами сундуки отца, считая их плодами греховной жизни; и в дальнейшем Омейяды назначали и снимали наместников из Дамаска.

Период правления Омейядов известен появлением новых административных идей и принципов, которые изменили Египет, превратив его из христианской страны с коптским языком в исламское государство с доминированием арабского. В 706 году арабский стал официальным языком, заменив коптский и греческий, так что с этого момента все копты (и другие неарабы), служившие в администрации, должны были хорошо выучить язык, иначе лишились бы своих постов. Со временем арабский вытеснил коптский язык не только в общественной, но и в частной жизни, а к XVI веку коптский сохранился только в литургии. Налоги увеличивались, а появление мусульман в качестве сборщиков податей вместо коптов вызвало волнения, а потом и восстание коптов в 725–726 годах. Бунты никогда не были достаточно мощными, чтобы угрожать господству арабов, но всегда подавлялись свирепо и безжалостно. Насилие и чрезмерный налоговый гнет вынудили часть коптов обратиться в ислам, но арабы-мусульмане не поощряли их к этому, так как массовая исламизация населения означала сокращение налоговой базы и снижение общих доходов.

Старые византийские монеты были заменены исламскими, которые чеканились в Дамаске, связанном с провинциальными центрами новой, весьма эффективной почтовой системы. Миграция арабов в Египет набирала темп, особенно в правление халифа Хишама (724–743), когда тысячи бедуинов расселились на территориях за пределами Фустата и Александрии, где они оказались первыми арабами. Исламский образ жизни постепенно утверждался в стране: были закрыты винные лавки, а виноградники уничтожены; церкви и монастыри потеряли финансовые льготы, ранее предоставленные арабами; мусульмане повсеместно сменяли христиан на постах деревенских старост.

Омейяды были энергичными завоевателями, они расширили границы своих владений вплоть до Индии и Китая на востоке, до Северной Африки, Испании и Южной Франции на западе, пока их не остановил в 732 г. в битве при Пуатье Карл Мартелл. Построив флот, они также стали осуществлять набеги на византийские пределы, дважды осаждали Константинополь (в 668–673 и 717–718 гг.), хотя и не сумели одержать решающую победу, которая сделала бы их властителями всего Средиземноморья.