Однако у истории ареста Ходорковского кроме политической была еще и экономическая сторона. Экономический аспект ареста Ходорковского состоял в том, что за некоторое время до неожиданного ареста было достигнуто соглашение о продаже 20% акций Сибнефти, принадлежавших Роману Абрамовичу, за 3 млрд долларов ЮКОСу. Ходорковский уже перечислил деньги на подконтрольные Абрамовичу счета и ожидал передачи 20% акций. В этот момент и случился, очень кстати для Абрамовича, арест Ходорковского. 25 октября 2003 г. олигарх был арестован по обвинению в уклонении от налогов и мошенничестве.

Вскоре после ареста правительство аннулировало сделку по продаже 20% акций Сибнефти ЮКОСу. Акции остались у Абрамовича, а полученные за них деньги Абрамович ЮКОСу не вернул. Параллельно Абрамович шантажом и вымогательством выкупил у Березовского и его делового партнера Бадри Патаркацишвили почти 50-процентный пакет акций Сибнефти за 1 млрд 350 тыс. долларов, после чего продал 70% акций Сибнефти Газпрому примерно за 13 млрд долларов. Обо всех этих ошеломляющих экономических новостях Ходорковский узнавал из газет, доставляемых ему в камеру.

Следует отметить, что голова казалось бы непотопляемого карьериста Волошина полетела как раз из-за ЮКОСа. Самоуверенный Волошин согласился быть гарантом сделки между Абрамовичем и Ходорковским (конечно, не бескорыстно), не зная, что целью сделки является не объединение Сибнефти и ЮКОСа, как официально декларировалось Абрамовичем, а задуманная Абрамовичем и Путиным многоходовая операция, в результате которой Ходорковский потеряет ЮКОС, а Абрамович продаст Сибнефть не разоренному государством ЮКОСу, а государственному Газпрому. Поняв, что был использован Путиным и Абрамовичем втемную в многомиллиардной афере, Волошин, не сумевший гарантировать сделку Ходорковского, 30 октября ушел в отставку.

Дело Ходорковского и ЮКОСа оставалось одним из самых громких новостных поводов и во время второго президентского срока Путина. 31 мая 2005 г. суд над Ходорковским завершился, и под неумолкающие протесты оппозиции и зарубежных критиков бывший олигарх был приговорен к девяти годам лишения свободы. 22 сентября 2005 г. срок был сокращен на один год. Однако серьезных оснований считать, что Ходорковский когда-либо выйдет на свободу, наверное, нет.

Разгром ЮКОСа и арест Ходорковского был смягчен молчаливой реакцией большей части российской деловой элиты и положительными экономическими сдвигами в стране в целом. Очевидно, что основной причиной этих положительных сдвигов были высокие в период правления Путина цены на нефть и газ (в отличие от исключительно низких цен на нефть и газ в период правления Ельцина). Но фактом оставалось то, что средний годовой прирост ВВП страны при Путине составлял 6,5%; наблюдался профицит бюджета и внешней торговли, выросли золотовалютные резервы страны, а внешний долг уменьшился с 50% ВВП до 30%. Безусловной заслугой Путина было введение в России нового налогового кодекса: значительное снижение так называемых "оборотных налогов" для организаций и "плоская шкала" в 13% для подоходного налога граждан.

Основой идеологической программы президента было усиление контроля государства как общего принципа взаимоотношений со всеми структурами, объединениями, партиями и группами. Достигалось это законодательной деятельностью и кадровыми перестановками.

После победы Путина на президентских выборах во власть на местном и центральном уровне устремилось большое число кадровых офицеров ФСБ, офицеров действующего резерва и других силовых ведомств: прокуратуры, милиции, армии. Проследить все новые выдвижения и назначения силовиков трудно еще и потому, что не все бывшие или действующие сотрудники органов объявляют о себе открыто. Правильнее сделать вывод, что открытые назначения являются лишь верхушкой айсберга.

Стоящие перед российскими спецслужбами задачи дня были откровенно сформулированы в инструкции, попавшей в распоряжение газеты "Московские новости" и опубликованной 8 октября 2002 г. По смыслу этой инструкции неназванные руководители предлагали бывшим сотрудникам российских спецслужб "непосредственное внедрение" "в хозяйственные, коммерческие, предпринимательские и банковские структуры, органы государственного управления и исполнительской власти". "Создание учреждений и фирм прикрытия, - говорилось в документе, - позволит через контакты внутри этих структур расширить круг общения с предпринимателями и деловыми людьми, создать широкую агентурную сеть, иметь непосредственную возможность путем ознакомления с различными документами получать информацию, представляющую оперативный интерес".

Эта инструкция по существу не добавляла ничего нового к давно введенному институту офицеров действующего резерва, кроме того факта, что инструкция эта появилась на свет, была опубликована, и не явилась предметом расследования независимой общественности и парламентских комитетов. Факт тайного внедрения ФСБ в повседневную гражданскую жизнь страны в России никого уже не удивлял.

В период правления Путина "жандармско-полицейский" клан, или "питерских чекистов", олицетворяют заместитель руководителя администрации президента Виктор Иванов, помощник президента Игорь Сечин, директор ФСБ Николай Патрушев, бывший министр внутренних дел, спикер новоизбранной Госдумы Борис Грызлов, министр обороны и вице-премьер Сергей Иванов, бывший замдиректора ФСБ Юрий Заостровцев, директор Федеральной службы охраны (ФСО) Евгений Муров. Ядро этой группировки сложилось еще в питерский период деятельности его основных лиц. В то время они представляли скорее региональную бизнес группу отчасти чекистского, отчасти милицейского происхождения. Многие члены этого клана (в частности, В. Иванов, Б. Грызлов, Н. Патрушев) были тесно связаны между собой перекрестным со учредительством в ряде коммерческих структур (МП "Блок", ТОО "Борг", ЗАО "Телеплюс" и др.), находившихся под покровительством Комитета по внешним связям (КВС) Санкт-Петербурга - т. е. Путина.

Соратники Путина в бытность его вице-мэром Санкт-Петербурга, такие, как управделами президента Владимир Кожин и глава Газпрома Алексей Миллер, не являющиеся формально выходцами из КГБ, тоже входят в "новопитерскую" группу. Летом - осенью 2000 г. на сторону клана "чекистов" переметнулся бывший ставленник "семьи" генпрокурор Владимир Устинов. Теперь он связан с чекистами и династической унией (осенью 2003 г. сын Владимира Устинова и дочь Игоря Сечина поженились).

Под административным контролем чекистского клана находится государственная система производства и торговли оружием. В частности, Виктор Иванов возглавляет совет директоров ОАО Концерн ПВО "Алмаз-Антей", образованный в результате слияния концерна "Антей" и ЦКБ "Алмаз" (производство систем противовоздушной обороны).

Из крупных бизнесменов с этим кланом наиболее тесно связаны банкиры Сергей Пугачев и Сергей Веремеенко (Межпромбанк), нефтяные магнаты Вагит Алекперов ("Лукойл"), Сергей Богданчиков (государственная компания Роснефть), Владимир Богданов (Сургутнефтегаз), Геннадий Тимченко (Кириши-нефтехимэкспорт).

Теневым идеологом чекистского клана не без оснований считается архимандрит Сретенского монастыря Тихон (Шевкунов). О Тихоне Шевкунове, который является духовником "православного банкира" Сергея Пугачева, ходят также упорные слухи, что у него исповедуется Людмила Путина.