В качестве основного политического инструмента чекистский клан выбрал себе сначала Народную партию Российской Федерации (НПРФ) Геннадия Райкова и Геннадия Гудкова (созданную под патронажем В. Суркова). Однако НПРФ не преодолела 5-процентный барьер, хотя и провела в Думу два десятка своих одномандатников. Так как из них нельзя было создать даже отдельную депутатскую группу, почти все народники вступили во фракцию "Единая Россия".

Прикармливая НПРФ, "силовики" не оставляли своим вниманием и "Единую Россию". Сначала в нее был делегирован Владимир Беспалов, старый соратник Путина по петербургскому НДР. Беспалов с задачей оседлать "Единую Россию" не справился и был переведен в Газпром, а на посту секретаря генерального совета ЕдРа появился ставленник Виктора Иванова Валерий Богомолов. Был возвращен к партийной работе Грызлов, ставший председателем Высшего совета партии.

Чекисты обратили также внимание на блок - затем думскую фракцию - "Родина", созданный Сергеем Глазьевым и Дмитрием Рогозиным и пытались взять их под свой контроль. Изначально "Родина" была создана чтобы уменьшить процент голосов, поданных за КПРФ. Но затем Сурков помощь "Родине" приостановил, увидев, что она выходит за пределы обозначенной для нее задачи. А вот силовики, наоборот, предоставили свое покровительство "Родине" - по крайней мере ее лояльному, рогозинскому крылу, поскольку идеологически Рогозин им довольно близок.

В регионах чекисты предпочитают идти напролом, не стесняясь в средствах; меняют губернаторов - лишь бы было на кого. Это они по приказу мстительного Путина, не простившего Руцкому резкой критики гибели однофамилицы-лодки, свергли Руцкого в Курске, навязали ингушам своего Зязикова, интриговали в Якутии против Михаила Николаева, пытались сковырнуть Кирсана Илюмжинова в Калмыкии и Муртазу Рахимова в Башкирии. Были и относительно мирные успехи: победы на губернаторских выборах фээсбешников Виктора Маслова в Смоленской области и Владимира Кулакова в Воронежской (последний - два раза), равно как и избрание генерала Владимира Шаманова губернатором Ульяновской области.

Чекистам приписывают, и не без оснований, инициативу "нового курса" президента Путина - курса на передел "крыш" над экономическими структурами под предлогом восстановления некогда нарушенной законности. Сначала чекисты разгромили медиа-бизнес Гусинского, рассорили Путина с Березовским (Путин и сам, конечно, "рассориться" был рад), вытеснили Березовского из России. Затем они "наехали" на "Интеррос" Владимира Потанина, бизнес которого вырос под покровительством Чубайса, и, видимо, переподчинили его себе (а в обмен на понимание поддержали кандидатуру потанинского компаньона Хлопонина на губернаторских выборах в Красноярском крае). Полугосударственный Газпром был очищен от частных коммерческих "прилипал", связанных с Черномырдиным - Вяхиревым ("Итера"), и облеплен другими коммерческими "прилипалами" (Eural tg., а позже Росупрэнерго).

Одна из подгрупп чекистского клана (Ю. Заостровцев и его союзники в прокуратуре) приняла чрезмерно явное и активное участие в борьбе за "крышевание" мебельного импорта, столкнувшись в этом с интересами "семейного" Таможенного комитета (М. Ваниным). Скандальное дело фирм "Три кита" и "Гранд" стало примером открытой борьбы государственных силовых структур за право "крышевать" бизнес. Если в других делах чекисты делали вид, что стоят на страже государственных интересов и сажают нарушителей, то в данном случае ФСБ не смогла надеть маску защитников государства, поскольку Таможенный комитет пытался посадить бизнесменов-нарушителей, а ФСБ и прокуратура их защищала и старалась, в свою очередь, посадить следователей, пытавшихся посадить бизнесменов.

Чекисты вряд ли ставят под вопрос частную собственность как таковую (они и сами ею владеют еще с петербургских времен). Но, похоже, у них довольно дикие представления об экономике частного бизнеса и имеется искренняя уверенность в том, что административное регулирование экономики - это благо, особенно когда речь идет о так называемых "стратегических" отраслях. Наконец, у чекистов напрочь отсутствует опыт управления бизнесом вообще и крупными активами в частности. Вместе все это сулит экономике большие потрясения, поскольку корпорация чекистов и в самом деле прочно и надолго завладела ухом президента, тоже чекиста, и уходить от власти не собирается.

Основным кандидатом на пост премьер-министра от чекистов долгое время считался С. Иванов - министр обороны "в штатском", у которого падают самолеты и вертолеты, тонут подводные лодки, ракеты не взлетают, солдаты дезертируют ротами и батальонами, а призывники умирают по дороге в часть от холода. Впервые слухи о назначении С. Иванова председателем правительства вместо Касьянова прошли еще в октябре 2000 г. В ответ на эти слухи противники такого назначения провели тогда спецоперацию в прессе. Газета Stringer опубликовала "строго секретный" текст: "Тактико-техническое обоснование передачи власти от президента РФ к его преемнику с одновременным усилением роли государства в обществе". Текст этот попал в редакцию из неведомого источника. В публикации описывались действия, необходимые для того, чтобы Путин сначала назначил некоего "Андропова-2" премьер-министром, а затем добровольно назначил его своим преемником. Под псевдонимами "Андропов-2" и "преемник" легко угадывался С. Иванов.

В ноябре 2000 г. газета Александра Проханова "Завтра" обвинила СМИ, распространяющие слухи о грядущем повышении Иванова, в ведении целенаправленной кампании против него с целью предотвратить его повышение: "Эти силы, потратившие в свое время немало времени на дискредитацию “питерских чекистов”, сегодня больше всего муссируют тему грядущего “премьерства” Иванова. […] Пытаются изобразить некий “виртуальный фальстарт” Иванова, рассчитывая таким образом снизить вес и значение этой фигуры".

Неизвестно, поверил ли Путин в существование плана "Андропов-2" и в премьерские амбиции Иванова, но премьером Иванов тогда не стал. Не стал он главой правительства и тогда, когда Касьянова в самом деле сместили.

Помимо С. Иванова, обсуждаемым кандидатом от чекистской группы на пост премьера был Б. Грызлов, в 2003 г. ставший спикером Государственной думы (а его пост министра внутренних дел перешел к другому ставленнику В. Иванова - Рашиду Нургалиеву). Однако довольно неожиданно для всех правительство возглавил Михаил Фрадков - министр-представитель России в Европейском союзе, "почетный контрразведчик России" и бывший министр налоговой полиции. Несмотря на свою ведомственную связь с КГБ-ФСБ, Фрадков к ядру группировки "питерских чекистов" ранее не принадлежал. Он в достаточной степени "свой" для чекистов и Путина, чтоб ему можно было доверить пост "технического премьера", отнятый у "семьи", но в то же время он не настолько "свой", чтоб его было не жалко в случае необходимости "спалить". Фрадкова сменил Виктор Зубков, который сам по происхождению не чекист, но входит в клиентелу чекиста Сечина.

Начиная с 2003-2004 гг. питерский чекистский клан, захвативший все политическое пространство, начал раскалываться, и в 2006-2008 гг. существовало уже 3-4 чекистские группировки, которые то враждовали между собой, то объединялись в коалиции.

В некотором отдалении от президентского "двора" находится четвертая по значимости федеральная олигархическая группировка, возглавляемая мэром Москвы. Административное крыло этого клана в 2000-2004 гг. представляли руководство столичной мэрии - Юрий Лужков, Владимир Ресин, Валерий Шанцев, Иосиф Орджоникидзе, Олег Толкачев, экономическое - Владимир Евтушенков и Евгений Новицкий (АФК "Система"), Елена Лужкова-Батурина ("Интеко").