Между тем формального запрета на общение с иностранцами не содержали ни российские законы, ни Уголовный кодекс Российской федерации.

9 сентября 2000 г. Путин утверди "Доктрину информационной безопасности", предполагавшую восстановление элементов государственной цензуры: "укреплять механизм правового комплекса ограничений на доступ к конфиденциальной информации". "Доктрина" не столько устанавливала цензуру, сколько указывала на новые веяния в области гражданских свобод и свободы слова. Основываясь на этом документе ФСБ приступило к активной поимке шпионов, а государственные чиновники - к рьяной охране государственных тайн. ФСБ была настолько уверена в том, что граждане России шпионят против своей страны в большом количестве, что поместила следующее объявление на своем официальном сайте fsb.ru:

"Граждане, сотрудничающие с иностранными разведками, могут связаться с ФСБ России по телефону доверия с тем, чтобы стать агентами-двойниками. В этом случае денежное вознаграждение, получаемое такими агентами от иностранных спецслужб, будет полностью сохранено, и с ними будут работать сотрудники ФСБ РФ высочайшего класса. При этом будет гарантирована анонимность и конфиденциальность".

Это объявление было подкреплено примечанием к статье 275 (государственная измена) УК России: "Лицо, совершившее преступление, предусмотренное настоящей статьей, а также статьями 276 (шпионаж) и 278 (насильственный захват власти или насильственное удержание власти), освобождается от уголовной ответственности, если оно добровольным и своевременным сообщением органам власти или иным образом способствовало предотвращению дальнейшего ущерба интересам РФ и если в его действиях не содержится иного состава преступления".

24 мая 2001 г. в "Эхо Москвы" поступил документ за подписью заместителя директора Института общей генетики (ИОГ) Российской академии наук (РАН) И. Захарова, основанный на распоряжении президиума РАН "О плане мероприятий РАН по воспрепятствованию нанесения ущерба Российской Федерации".

Уважаемые коллеги!

В связи с распоряжением Президиума РАН "О плане мероприятий РАН по воспрепятствованию нанесения ущерба Российской Федерации" прошу вас срочно (к 1 июня) представить информацию о наличии в лаборатории (группе) Международных соглашений (договоров, контрактов). Прошу также принять к сведению необходимость выполнения нижеследующего:

1. О подготавливаемых заявках на международные гранты своевременно сообщать в дирекцию с предоставлением копии их ученому секретарю.

2. Информировать иностранный отдел ИОГен о всех визитах иностранцев в лабораторию (группу).

3. Своевременно представлять в иностранный отдел отчеты о результатах научных поездок за границу.

4. Копии всех статей, направляемых для публикации за рубеж, представлять Ученому секретарю Института".

Можно предположить, что аналогичные документы были разосланы во все научные учреждения страны. Понятно, что требование к российским ученым в 2001 г. сообщать о контактах с иностранцами, о заявках на международные гранты, предоставлять копии отправляемых за границу для публикации статей и отчитываться о загранпоездках было равносильно введению инквизиции.

Волна уголовных дел против ученых, военнослужащих и государственных служащих началась в 1990-х гг. с двух химиков, которые занимались проблемами разработки и уничтожения химического оружия - Вила Мирзоянова и Льва Федорова. Несмотря на то что доказать вину не удалось, Мирзоянова и Федорова несколько месяцев продержали в СИЗО. Арестовали их из-за того, что они написали статью, в которой рассказали о создании в России современных форм химического оружия.

В 1994 г. Вадим Синцов, директор по внешнеэкономическим связям АО "Спецмашиностроение и металлургия", бывший начальник Главного управления Министерства оборонной промышленности СССР, арестован за измену Родине в форме шпионажа (ст. 275 УК РФ). Передал британской разведке секретные сведения о российских вооружениях. Приговорен к 10 годам лишения свободы.

В конце 1995 г. началось дело Александра Никитина, журналиста-эколога. В феврале 1996 г. он был арестован и обвинен в государственной измене в форме шпионажа. Инициатором этого дела был друг Владимира Путина Виктор Черкесов, занимавший в тот момент пост руководителя Санкт-Петербургского УФСБ. Никитин участвовал в написании доклада "Беллоны" о ядерной безопасности на Северном флоте. И именно это было сочтено государственной изменой.

Никитин провел 10 месяцев в изоляторе ФСБ в Санкт-Петербурге, пока в декабре 1996 г. заместитель Генерального прокурора Михаил Катышев не подписал приказ о его освобождении из-под стражи. Несмотря на это, обвинения с него не были сняты. И эколога несколько лет таскали по судам.

В процесс вмешался директор ФСБ Владимир Путин: "Наше ведомство поступает, - заявил Путин по поводу дела Никитина, - исходя из государственных интересов. Остановлюсь на Никитине. Ведь что там на самом деле произошло? Он проник в библиотеку и взял сведения, которые являются секретными. Кстати, за свою "общественную деятельность" он получил денежное вознаграждение. Конечно, есть другой вопрос: насколько эти сведения актуальны сегодня? И с точки зрения политеса, в том числе международно-экологического, наверное, можно подумать о смягчении наказания. Но это должен решать суд. К сожалению, зарубежные спецслужбы, помимо дипломатического прикрытия, очень активно используют в своей работе различные экологические и общественные организации, коммерческие фирмы и благотворительные фонды. Вот почему и эти структуры, как бы на нас ни давили СМИ и общественность, всегда будут под нашим пристальным вниманием".

Но в 1999 г. Путин еще не был президентом, и Никитин был вчистую оправдан, поскольку те сведения, которые ФСБ и лично Путин считали "на самом деле секретными", по мнению суда такими не оказались. 13 сентября 2000 г. президиум Верховного суда России оправдал Никитина окончательно.

Дело корреспондента газеты Тихоокеанского флота "Боевая вахта" капитана 2-го ранга Григория Пасько началось в 1997 г. ФСБ утверждала, что Пасько обнародовал факты нанесения военными ущерба окружающей среде, в частности, передал японской стороне секретные данные об авариях на российских атомных подводных лодках, что являлось государственной тайной. В результате он был арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа, по 10 эпизодам.

Однако прямых доказательств, указывающих на намерения Пасько передать свои записи японским СМИ, в материалах дела не было, хотя ФСБ вела за Пасько активную слежку: вся его почта контролировалась, телефон прослушивался, в квартире Пасько была установлена подслушивающая аудиоаппаратура, а сам он находился под пристальным наблюдением оперативных сотрудников.

20 июля 1999 г. Пасько был осужден, правда, по совсем другой статье: ст. 285, ч. 1-я УК РФ ("злоупотребление служебным положением"), однако тут же был амнистирован и освобожден из-под стражи в зале суда, причем обе стороны - и Пасько, и ФСБ - были недовольны приговором: амнистированный направил апелляцию в военную коллегию Верховного суда (а также подал иск о защите чести и достоинства к начальнику УФСБ по Тихоокеанскому флоту контр-адмиралу Николаю Соцкову), а руководство управления ФСБ по Тихоокеанскому флоту направило в военную коллегию протест на "неоправданно мягкий" приговор.