К счастью для Марго, Филипп, уже имевший «удовольствие» получить Екатерину в качестве собственной тещи, не стал поддерживать ее план стать тещей и его сумасшедшему сыну. Одновременно до Екатерины дошли другие слухи. Дядюшки Марии вели переговоры с императором Фердинандом Австрийским, желая устроить брак между нею и сыном императора, эрцгерцогом Карлом. Королева-мать немедленно написала своему послу в Вену: «Король желает, чтобы вы использовали все ваше искусство, дабы обнаружить, что было сказано и сделано в отношении брака между королевой Шотландии, моей дочерью, и принцем Карлом. Используйте все возможности выяснить истинное положение дел». Екатерина повелела своему дипломату держаться в курсе всех новостей и писать ей шифрованные письма, чтобы она могла разбираться в ситуации и «быть начеку, как должно, а это поможет мне найти нужное средство, если возникнет необходимость».

Екатерина с нетерпением стремилась избавиться от привлекательной, но приносящей большие неудобства молодой женщины, которая, став еще одной вдовствующей королевой, в политическом смысле являлась для Франции такой же обузой, как и в финансовом. В соответствии с брачным контрактом, Мария имела право выбирать: остаться во Франции или вернуться в Шотландию. Она владела достаточным количеством собственности во Франции, чтобы поддерживать необходимый стиль жизни и будучи вдовой короля, могла рассчитывать на высокое положение. Екатерину же присутствие при дворе юной, прекрасной женщины, вновь оказавшейся в статусе невесты, сильно раздражало, она предпочла бы обойтись и без шотландской королевы. Мария, чей официальный период траура истек в марте, и сама отважилась уехать на родину. Как ее там встретят, никто не мог заранее предположить. Она совершила прощальное турне, объехав родственников в ожидании отъезда. Недомогание не позволило ей присутствовать на коронации деверя, а 14 августа она покинула Францию, где была так счастлива в юности. Говорили, что, уплывая вдаль от французских берегов, она шептала пророческие слова: «Прощай, Франция, прощай, Франция, моя любимая Франция, не думаю, что увижу тебя вновь».

Коронация Карла IX состоялась 15 мая 1561 года в Реймсе без особой роскоши — нужды экономии заставляли всех затянуть пояса, так что событие прошло почти незамеченным. Фактически если бы папа римский не настоял на присутствии герцога де Гиза и его товарищей по Триумвирату на церемонии, опасаясь, как бы юный король не попал под влияние протестантов, то, возможно, они бы и вовсе держались в стороне. Их присутствие лишь доказало преданность трону как таковому — вне зависимости от занимающего его лица. Несмотря на то что Екатерина спросила коннетабля, может ли ее любимый сын, Эдуард-Александр, или Месье («Monsieur»), как называли младшего брата короля, — возглавить процессию пэров, а Монморанси отказал ей в этом, Екатерина все равно поставила второго сына рядом с королем. Именно Месье сам держал корону над головой братца, а кардинал Лотарингский, не заботясь о том, что перед ним маленькие дети, произнес жестокие слова, напомнив Карлу и всем присутствующим сторонникам протестантизма, что «всякий, кто советует королю сменить религию, как будто сам срывает корону с его головы».

Мальчик плакал, изнемогая под весом короны. Он представлял собой жалкое зрелище — физическое воплощение выродившейся и слабой монархии. Была слышна и открытая критика в адрес Екатерины. Герцог Гиз громко обвинял ее, будто она «цедит воду из двух источников», проявляя терпимость к реформаторам. Герцог и его сподвижники по Триумвирату, Монморанси и Сент-Андре, представляли серьезную угрозу для Екатерины, ибо они контролировали французскую армию. Создав свой тайный союз, заговорщики относились к королеве-матери с явной враждебностью. Но все выпады в ее адрес не могли сбить Екатерину с курса. Она по-прежнему верила: религиозная терпимость поможет Франции — и старалась не обращать внимания на угрозы могущественных подданных своего сына.

Немедленно после коронации Екатерина попыталась перетянуть коннетабля и Гизов на сторону короля. Нанеся визит кардиналу в Реймсе, она объявила коннетаблю, что проведет ночь у него в Шантильи, добавив с горечью, но не без насмешки, что, останься она подольше, он, наверное, «вышвырнет ее за дверь». Потом она настояла, чтобы Франсуа де Гиз прибыл в Париж возглавить процессию в праздник Тела Господня, чтобы «защитить честь Господа». Другой возможности привлечь его не было, и королева отлично это знала. Он отвечал: «Раз дело касается чести Господа, я буду, и, случись что-либо, если мне придется погибнуть, лучше этой смерти и желать нельзя». Он возглавил процессию, пройдя вместе с королем и Бурбоном по улицам Парижа, заполненным радостным людом. Париж, наиболее католический из французских городов, был, таким образом, представлен единым фронтом. Королева-мать опять сумела залакировать зияющие раны противоречий, чтобы все выглядело благопристойно.

Екатерина знала, что Филипп поддерживает триумвираторов, а потом случилось неслыханное: посол Испании Шантоннэ позволил себе угрожать королеве! Он заявил, что в наказание за ее снисхождение к протестантам Екатерина будет сослана в Шенонсо. Изыскивая возможность встретиться с зятем, Екатерина писала своему послу в Испании: «…этой встречи я жажду более всего на свете, ради плодов, которые она принесет». Она хотела показать миру, «что этот католический государь берет моего сына под защиту и покровительство». Несмотря на попытки заручиться поддержкой Филиппа, Екатерина весьма либерально относилась к чтению ее детьми протестантской литературы. Говорят, что ее сын, Эдуард-Александр, перестал ходить к мессе, а однажды вздумал петь протестантские псалмы своей сестре Марго, выхватив из ее рук молитвенник. Это вряд ли соответствовало принципам строгого католического воспитания, которое можно было продемонстрировать Филиппу. Слухи утверждали, будто Эдуард-Александр выказывал признаки принадлежности к гугенотам и даже называл себя «маленьким гугенотом». Насмехаясь над изображениями святых (ему было всего девять лет!), он однажды отбил нос у статуи святого Павла, а также заставлял сестру Марго «сменить религию и кидал ее часослов в камин». Однажды, когда Екатерина давала аудиенцию папскому нунцию, король, его кузен Генрих Наваррский и компания друзей, одетых кардиналами, епископами и аббатами, ворвались в покои королевы-матери верхом на ослах. То, что Екатерина громко расхохоталась, вряд ли осталось незамеченным, хотя она и пыталась извиниться за детскую глупость. В ужасе нунций доложил обо всем, вернувшись в Рим.

Марго вспоминает, что после коронации ее брата, двор был «заражен ересью». В своих воспоминаниях она утверждает, что Екатерина в конце концов очнулась и стала поддерживать в детях католическую веру и запрещать им читать протестантскую литературу, наставляя их «в святой, истинной и древней религии, в которой сама никогда не поколебалась».

Свобода воспитания, предоставленная королевским детям, была неверно истолкована кальвинистами в Женеве, надежды которых на смену религии королевской семьей все росли. Теодор де Без, ближайший помощник Кальвина, писал своему руководителю: «Эта королева, наша королева, лучше относится к нам, чем когда-либо. Если бы Господу было угодно позволить нам найти способ тайно написать вам о трех ее сыновьях, о которых мне многое известно из надежных источников! Они так развиты для своего возраста, что на лучшее и надеяться нельзя». Екатерина никогда не рассматривала детские заигрывания своих сыновей с протестантами иначе, чем юношеское любопытство. Ей и в голову не приходило, что кто-то из ее детей может сменить веру. Королева, однако, начала понимать: необходимо сохранять внешнюю строгость, иначе не избежать обвинений в ереси. Угроза, исходящая от различных лиц и группировок, так и кружила над ней и королевскими детьми. Проводя за бумагами долгие часы, посылая гонцов по всей Франции, Екатерина являла собой образец мужества и выносливости в дни, когда все вокруг было пропитано духом мятежа и враждебности. «Как мать, она держит короля близ себя, спит в его покоях, но никому другому этого не позволяет, и не оставляет его никогда», — писал венецианский посол.