Прямая угроза детям, исходившая от Гизов, глубоко потрясла Екатерину. Эдуард-Александр, второй сын королевы, был ее любимцем. Красивый и обладавший для своего возраста высоким ростом, Эдуард-Александр, казалось, унаследовал скорее итальянские черты, нежели французские. Его больше увлекало чтение, живопись, занятия разного рода искусствами, чем поединки и верховая езда, что было не характерно для Валуа. Современники отмечали изящные, длинные пальцы Эдуарда-Александра, его миловидное лицо и хорошо сложенную фигуру. Матери он был дороже всех.

Екатерина решила притвориться, будто давно знает об этом заговоре, хотя Гизы и отрицали свое участие. Королева была поражена, когда посол Шантоннэ явился говорить с ней от лица короля Испании, который вовсе не был участником плана похищения. Посол передал предложение короля Филиппа: было бы разумно забрать детей и доставить их в надежное место, ибо королевство вот-вот может постичь беда. Екатерина не замедлила ответить: если ей придется расставаться с сыновьями ради их же безопасности, то она предпочтет отправить их к королю Испании, нежели в другое место. Затем Екатерина попыталась арестовать Немура, но он ускользнул в Савойю, прислав гонца с письмом, в котором говорилось, что затея с похищением принца была не более чем фантазией. Руководствуясь государственными соображениями, Екатерина решила положить конец этой истории, и 9 июня 1562 года де Немур вернулся ко двору. Но верная своим привычкам, Екатерина не забыла этого происшествия.

В течение поздней осени 1561 года на юго-западе Франции росло движение гугенотов. Их отряды убивали монахов, грабили церкви. В отместку парижские католики разгоняли гугенотские собрания. Для того чтобы остановить эти беспорядки, протестантам запретили проводить моления внутри городских стен и велели полностью отказаться от них по воскресеньям и в дни католических праздников. Де Без писал Кальвину, что у него есть тайное разрешение, в котором протестантам предписывается собираться в безопасных местах и ждать эдикта, который «даст нам больше прав и более безопасные условия». Екатерина предпринимала последние тщетные попытки объединить две веры. Удерживая французских церковников от посещения Трентского Собора, она героически боролась, ища выхода из сложившейся ситуации. Она продолжала грезить примирением враждующих, но это было химерой. В этом случае прагматизм и отсутствие воображения сослужили королеве плохую службу, и она, в ослеплении, не поняла, с какой страстностью люди могут отстаивать свои духовные идеалы и веру.

Последняя попытка Екатерины направить события по мирному пути нашла отражение в январском эдикте. Л'Опи-таль выступил с речью перед собравшимися для обсуждения эдикта, где дал понять, что действует заодно с королевой-матерью. Подчеркнув, что задача ассамблеи — не решать, чья вера лучше, но найти способ восстановить равновесие в государстве, он заявил: можно быть гражданином, не будучи христианином, и даже будучи отлученным от церкви. Дебаты и последующее голосование состоялись 15 января 1562 года. Эдикт признал и легализовал протестантскую религию во Франции, которая прежде была вне закона. Дав протестантам хоть это минимальное признание, Екатерина отныне разрешала им считаться гражданами, пусть и второго сорта. Отсюда вытекало, что они могут исповедовать свою религию, но только за городскими стенами. Закрывая совет проникновенной речью, в которой она объяснила свои чаяния и надежды, королева заверила всех, что «она и ее дети и королевский совет желают жить в католической вере и быть послушными Риму». Католиков эдикт привел в ярость, парламент отказался ратифицировать его. Даже Елизавета писала из Испании: мол, лучше пусть мать однозначно признает католичество, примкнет к католикам и получит поддержку от Испании — либо же к протестантам, и в этом случае получит врага в лице Испании. Наконец Екатерина послала своих делегатов на Трентский Собор и заявила, что эдикт следует считать временной мерой до завершения Собора.

Антуан де Бурбон, который, со своей всегдашней непоследовательностью, на протяжении последних месяцев посещал и мессы, и протестантские службы, наконец отказался от новой религии и примкнул к триумвираторам. Испанцы и другие католические силы обещали ему призрачный трон, обширные владения и даже руку Марии Стюарт. Эти льстивые речи не имели под собой никаких оснований, но они превратили тупоголового увальня в поборника католицизма, и он решительно отверг недавний эдикт и заявил о своем намерении «жить в тесной дружбе с Гизами». Его жена, Жанна Д'Альбрэ, королева Наваррская, хотя и давно симпатизировала протестантам, сама лишь недавно приняла новую веру. Она пришла в отчаяние от того, что муж, страстно любимый ею, так ее публично унизил. Когда Екатерина попросила ее убедить собратьев по религии вести себя сдержаннее, королева Наваррская — сын которой Генрих, в ту пору восьмилетний, должен был унаследовать трон от собственных сыновей Екатерины, если у тех не будет потомства — отвечала: «Мадам, будь у меня, кроме сына, все королевства мира, я и тогда скорее бросила бы их на дно морское, чем отреклась бы от спасения». Кальвин пришел в ярость, наблюдая поведение Бурбона: «Этот негодяй погубил себя окончательно и намерен погубить всех и вся». В то время как католики и протестанты продолжали накалять обстановку, эдикт ничем не помогал, лишь раздражал тех и других. Луи Конде быстро занял место брата-перебежчика, став официальным лидером гугенотов. Екатерина все же сумела убедить парламент принять эдикт, хотя большинство католиков требовали его отмены.

Решив, что настал момент продемонстрировать чистоту рук и намерений, Екатерина попыталась заставить критиков замолчать, показав себя убежденной католичкой. До этого момента надежда, что она перейдет в их веру, жила в сердцах многих протестантов. Хотя Екатерина неосторожно создала впечатление, что готова прислушаться к новому учению, она наивно полагала, что сумеет остаться вне подозрений. Ведь у нее и в мыслях не было изменить свою веру — такую, какой она была для нее: смесью суеверия, привычки и всепоглощающей любви к католическим ритуалам. Когда Шантоннэ критиковал королеву-мать за всеядность (имея в виду пищу духовную), которую она дозволяла королю и его братьям, и за свободомыслие в вопросах религии, Екатерина не удержалась и съязвила: «Это не вас касается, но меня одной». Королева-мать добавила, что она лучше знает: послу солгали относительно ее действий, и, если она обнаружит, кто распространяет неправду, то «заставит их понять, как неумно выражать столь мало почтения своей королеве». Тем не менее шаткость позиции Екатерины — которую она сама подрывала наивной неоднозначностью поведения — заставила ее написать примирительное письмо Филиппу. Ее объяснения были все те же: «время, в которое мы живем» не позволяет действовать так, как в идеале хотелось бы. С этой поры Екатерина стала неукоснительно ходить с детьми к мессе, участвовала в каждой религиозной процессии и соблюдала все церковные правила. Более того, она велела своим дамам вести себя безупречно относительно религии, пригрозив в противном случае изгнать их со двора. Племянники коннетабля, Колиньи и д'Андело, оставили Фонтенбло 22 февраля после жестокой ссоры с дядей Монморанси, который сожалел, что «зря вознес их так высоко».

Начало 1562 года герцог Гиз проводил в семейных владениях на территории Шампани; в воскресенье, 1 марта, он выехал с вооруженным эскортом послушать мессу. Проезжая по улицам городка Васси, принадлежащего его племяннице Марии Стюарт, он услышал пение, доносящееся из сарая близ городской стены. Там шла протестантская служба и, поскольку это происходило в пределах города, налицо было нарушение нового эдикта. Герцог посетил мессу в церкви неподалеку от этого сарая. К его вящему неудовольствию, голоса поющих псалмы отчетливо доносились сквозь церковные стены. Кто спровоцировал побоище, непонятно — согласно официальной версии герцога, это был «достойный сожаления инцидент» — но завязалась жестокая схватка между гугенотами и людьми Гиза, в результате которой семьдесят четыре протестанта погибли и более сотни были тяжело ранены. Среди пострадавших оказались женщины и дети. Сам Гиз получил рану в лицо. Некоторые из его людей также были ранены. Инцидент стал печально известен под названием «Резня в Васси» и немедленно превратился в искру, из которой разгорелось пламя французских религиозных войн.