Небольшое улучшение здоровья Франциска оказалось ложным, и Екатерина, проводившая неусыпно дни и ночи у его постели вместе с Марией, отвлекаясь, лишь когда того требовала политика, вновь вернулась к ложу тяжелобольного. Отвратительные снадобья почти не помогали, только продлевая страдания несчастного мальчика. Популярное лекарство, ревень, не смогло остановить распространение абсцесса на мозг короля, в то время как во всех церквях Орлеана молились о его выздоровлении. Пробыв на троне лишь шестнадцать месяцев, 5 декабря 1560 года король Франции Франциск II испустил последний вздох, и душа его покинула изможденное тело.

Екатерина незамедлительно взяла все управление хозяйством в свои руки. На следующий день после смерти Франциска она забрала у его вдовы все драгоценности, принадлежащие французской королевской фамилии, оставив несчастную, рыдающую от горя девушку в затянутых черным покоях. Никто не мог сказать, что Екатерина не страдала от потери сына, но в то время от нее требовалась высочайшая сосредоточенность, чтобы сохранить собственное положение и положение нового короля, десятилетнего мальчика. Потребовав закрыть доступ во дворец, королева-мать собрала частный совет, на котором объявила королем Франции Карла-Максимилиана, который отныне носил имя Карла IX. Она открыла заседание словами: «Богу было угодно забрать моего старшего сына, но я не позволю себе предаться отчаянию; я склоняюсь перед Его божественной волей и намерена отныне помогать и служить королю, моему второму сыну, в меру своих жалких сил». После чего ясно объявила о намерении править вместо сына, пока он не достигнет нужного возраста: «Таким образом, я решила держать его подле себя и править государством, как должна поступать всякая преданная мать. Принимая на себя эту обязанность, я желаю, чтобы вся адресованная ему корреспонденция в первую голову направлялась ко мне. Я буду вскрывать ее в вашем присутствии, а в особенности в присутствии короля Наварры, который займет первое место в совете как ближайший родич короля… такова моя воля. Если любой из вас желает говорить, пусть сделает это». Антуан де Бурбон, король Наварры, дал согласие, остальные также формально согласились, что и было нужно королеве-матери.

В день смерти Франциска герцог де Гиз и его люди, проводившие все ночи, дежуря у королевского ложа, явились выразить свою преданность королеве-матери и ее сыну. Среди присутствующих были королева Мария, другие королевские дети, кардинал Лотарингский, Антуан де Бурбон и несколько фаворитов двора. Для Гизов и Бурбона представился удобный случай обвинить во всех прошлых ошибках скончавшегося короля, расчистив себе путь на будущее. Королева-мать слушала их речи, в которых они обвиняли себя в промахах и ошибках, но ссылались на приказы короля Франциска. Как только герцог замолкал, Екатерина медленно кивала и отвечала тихим, скорбным голосом: «Все верно, все верно, все, сделанное вами, было сделано по распоряжению моего сына». Затем за самобичевание взялся Бурбон, уверяя, что хотел лишь блага для страны. Кардинал также пообещал действовать в защиту интересов королевы-матери и ее сына, нового короля. Все главные действующие лица этого спектакля повели себя точь-в-точь по тому сценарию, который Екатерина подготовила для них всего за несколько дней до случившегося. Трудно себе представить, какое удовлетворение испытывала королева-мать, получая заверения в преданности и скромные обещания верно служить от двух партий, которые столь долго не только смотрели на нее сверху вниз, но и вообще игнорировали. Она знала: все их покаяние — пустой звук, но ей был необходим хотя бы временный союз с ними для укрепления своей власти.

Время поджимало, ибо Генеральные штаты, еще не знавшие, что Бурбон передал право регентства Екатерине, должны были собираться, и королева-мать назначила на 21 декабря частный совет. Нейтрализовав как Гизов, так и Бурбона, она объявила себя правительницей королевства со всеми полномочиями монарха. Подобно тому, как поступили Гизы после смерти Генриха, она поставила народ перед фактом. В стране, где за семнадцать месяцев сменился третий монарх, Екатерина, царственная королева-мать в траурном одеянии, представляя собой нечто неизменное, вносила утешение в души народа. Наконец, в возрасте сорока одного года, она очутилась на самом пике настоящей власти и могущества. Опасность, грозившая Франции, не уменьшилась, но теперь она сможет справляться с нею сама.

В результате целого ряда «династических несчастий» и ловко использованных обстоятельств итальянка Екатерина Медичи, сорока одного года от роду, вдовствующая королева Франции, стала и де юре, и де-факто правительницей государства. Ее главным желанием было вернуть славные дни Франциска I и Генриха II. А для этого требовалось объединить объятое смутой королевство.

Екатерина занялась созданием национальных символов власти, отражавших ее новое положение. Для нее, «Правительницы Франции» изготовили огромную печать как для нового монарха. Изображение на ней было тщательно продумано: королева величественно стояла, держа скипетр в правой руке, а левую поднимала в указующем жесте. На голове ее — корона с отчетливо видимой вдовьей вуалью. Надпись по краю печати гласила: «Екатерина, милостью Божьей королева Франции, мать короля». Формулировка «мать короля» предполагала иной, более высокий статус, нежели звание королевы-матери или регентши, какие бывали в прежние времена. Екатерина начала творить свой уникальный образ, и могущество ее намного превышало возможности регента. По сути, она стала абсолютным монархом Франции.

Хотя Мишель де Л'Опиталь исполнял обязанности канцлера при Екатерине уже в первые дни правления Карла IX, он был официально назначен на эту должность только в марте 1561 года. Этот образованный человек с обширными знаниями в области права помогал Екатерине развивать многие из ее идей, озарявших ее под действием неких глубинных инстинктов, внутреннего чутья. Ее предварительные решения, базирующиеся на здравом смысле, требовали элегантного оформления. Королева-мать обладала способностью разбираться в ситуации, а Л'Опиталь переводил монаршую волю в необходимую для политического аппарата форму. Он также помогал королеве-матери составлять распорядок дня. С помощью Л'Опиталя ее речи приобретали такую точность и весомость, которые поражали и восхищали слушателей.

Екатерина заплатила Бурбону за сговорчивость, сделав его, как и обещала, наместником короля, а также освободив его брата Конде 8 марта 1561 года. Но, когда Бурбон заявил на одном из первых заседаний частного совета, что в случае, если королева-мать заболеет, он заменит ее на посту, Екатерина немедленно пресекла его поползновения: «Брат мой, я могу сказать только одно: никогда я не буду столь больна, чтобы уклониться от службы королю, моему сыну. Я бы попросила вас отказаться от вашего предложения. Случай, который вы предусматриваете, никогда не наступит». Возможно, она боялась и того, как бы «флорентийский недуг» — так условно называли отравление ядом — не скосил ее самое, если она оставит для Бурбона эту лазейку. Теперь Екатерина сама вскрывала все поступающие депеши, прежде чем их подавали королю, который никогда ничего не подписывал, пока его матушка не прочтет и не одобрит документа, а любое распоряжение Карла всегда сопровождалось письмом от королевы. Председательствуя на королевском совете, Екатерина принимала все политические решения, внешние и внутренние, она распоряжалась наградами и бенефициями, как подобает монарху. Карлу было всего десять, до его совершеннолетия оставалось еще четыре года, так что в планы королевы-матери входило править долго.