Однако самое серьезное противостояние развернулось между ВЧК и местными ЧК и местными органами советской власти.

На Всероссийском съезде областных и губернских комиссариатов юстиции (июль 1918 г.) делегаты сообщали, что на местах возникают трения между органами ЧК, с одной стороны, и исполкомами Советов и органами юстиции — с другой. Критическую позицию в отношении к чекистам занял нарком юстиции Д.И. Курский, по предложению которого съезд предписал губернским исполнительным комитетам поставить деятельность ЧК под свой непосредственный контроль и, в частности, обратить «серьезное внимание» на персональный состав чрезвычайных комиссий. На Первом съезде представителей губернских советов и заведующих губернскими отделами управления, состоявшемся в конце июля 1918 г., и вовсе было зафиксировано в резолюции, что губернские и уездные ЧК должны входить в отделы управления исполкомов в качестве их подотделов. Проанализировав суть противоречий, Е.Г. Гимпельсон пришел к выводу о том, что «в ходе дискуссии отстаивались две точки зрения. Первая, разделяемая работниками ВЧК: губернские ЧК подчиняются только ВЧК, а уездные — губернским ЧК, те и другие исполкому местного совета дают отчеты, но от исполкома независимы. Именно так в большинстве случаев дело обстояло на практике, что приводило к конфликтам [и к] недоразумениям. Представители другой точки зрения придерживались рекомендации Первого съезда председателей губернских советов и заведующих губернскими отделами управления: ЧК входят в отделы управления исполкомов в качестве их подотделов. Глубинная суть вопроса заключалась в следующем: могут ли Советы на деле воспользоваться всей полнотой власти, если ЧК независимы от них?»

В августе 1918 г. на и без того непростую ситуацию наложилось очередное межведомственное разногласие по вопросу о юрисдикции губернских исполкомов в случае «крайних мер» чрезвычайных комиссий. Наркомат юстиции разработал проект Положения о ВЧК, содержавший пункт, которым предусматривалось утверждение смертных приговоров исполкомами Советов, однако нарком внутренних дел допускал лишь наделение исполкомов «правом отмены выносимых чрезвычайными комиссиями смертных приговоров». Время было упущено — Наркомат внутренних дел вступился за местные советские органы, находившиеся в его ведении, лишь осенью 1918 года.

18 сентября наркомат телеграфировал губернским и уездным исполкомам, что он настаивал на включении ЧК в качестве подотдела «с определенной автономией в действиях в отдел управления», в то время как ВЧК — на полной независимости местных ЧК от советских органов власти. НКВД получил 147 ответов (125 — от уездных исполкомов, 22 — от губернских). Преобладающее большинство высказывалось за полное подчинение ЧК исполкомам Советов, причем 99 — за включение их подотделами в отделы управления, а 19 — за включение в исполкомы в качестве самостоятельных отделов (за независимость ЧК от исполкомов — 19 ответов, 10 ответов неопределенные).

Следует заметить, что помимо отмеченных Е.Г. Гимпельсоном объективных предпосылок для противостояния имел место еще и субъективный фактор — раздражение видных большевиков, занимавших ответственные посты в местных партийных и советских органах, деятельностью ЧК, нередко оборачивающейся произволом. Самоутверждаясь за счет местных государственных органов, ВЧК в частности столкнулась с противодействием Московского губернского исполнительного комитета. Первоначально последний попытался установить контроль над деятельностью местных чрезвычайных комиссий, однако те, как заявил позднее (3 января 1919 г.) в своем выступлении один из членов Мосгубисполкома (Иванов), «ускользали от этого контроля, т. к. ВЧК, со своей стороны, создать такого контроля не удалось». ВЧК стремилась контролировать территорию Московской губернии, однако получалось это, мягко говоря, довольно скверно. Мосгубисполком, убедившись в невозможности поставить местные чрезвычайные комиссии под свой контроль, счел необходимым создать собственный орган по борьбе с контрреволюцией, в связи с чем 27 сентября 1918 г. на заседании Московского губернского исполкома был вынужден объясняться ответственный сотрудник органов государственной безопасности — некто «Морозов». В дальнейшем, как и в протоколе заседания, будем величать таким образом, вероятно, секретаря отделов По борьбе со спекуляцией и Иногороднего Г.С. Мороза. В «Докладе Всерос[сийской] чрезв[ычайной] комиссии» он сразу заявил о безосновательности обвинений комиссии «в беззакониях». «Этот боевой орган пролетариата представляет собой пожарную трубу, заливающую со всех сторон вспыхивающий пожар [контрреволюции], — пояснил Морозов. — Разнообразность работы не дала возможность влить ее в юридическое рамки и только с переводом в Москву, после конференции, которая определила Всероссийскую чрезвычайную] комиссию единственным органом борьбы с контрреволюцией, и начинается ее (ВЧК. — С.В.) творческий период». Творчество, как выясняется, заключалось в том, что ВЧК, «организуя по уездам и губерниям чрезвычайные комиссии […], нашла ненужным существование такового учреждения при Московском губсовдепе, т. к., работая в Москве», комиссия желала «сама руководить работой по всем уездам». Зная, что у руководства Московской губернии возникнет вопрос об эффективности работы ВЧК на территории, советская власть в которой принадлежала Мосгубисполкому, ответственный чекист перешел «к освещению работы по Московской губ[ернии]» и справился с этим вопросом, по всей видимости, весьма скверно. В протоколе заседания по этому поводу едко замечено: «…кроме кулацких выступлений, гораздо подробнее известных [Мос]губисполкому, трений, возникающих между уездными чрезвычайными комиссиями и исполкомами, и стремлением привлечь партийные комитеты к контролю над работой местных органов, докладчик ничего нового не сообщает. Доклад его был выслушан с большим вниманием и вызвал живой обмен мыслей, обнаруживших неудовлетворенность докладом, по которому выяснилось полное отсутствие всякого плана и контроля во Всероссийской чрезвычайной комиссии, деятельность которой не предупредила ни одного крупного заговора, но спасла ряды пролетариата от потерь некоторых вождей». За исключением последнего (а под «некоторыми вождями», по всей видимости, подразумевался В.И. Ленин, подготовка покушения на которого велась англичанами летом 1918 г.) ВЧК, вероятно, не могла в конфликте с Мосгубисполкомом привести никаких доводов, свидетельствовавших о ее дееспособности не то, что на подмосковной, но и на столичной территории.

Заседание Мосгубисполкома не стенографировалось, но протокол содержит исчерпывающие сведения о сути дискуссии: «Все это признается оппонентами результатом формы организации [Всероссийской] чрезвычайной комиссией уездных органов, которые, не подчиняясь единственной власти на местах — исполкомам, непосредственно подчинены Всероссийской чрезвычайной комиссии, не имеющей живой связи с жизнь[ю] (так в тексте. — С.В.) на местах. Докладчику были указаны конкретные факты, дискредитирующие советскую власть, которые являются результатом отсутствия всякого контакта [с местными советами], т. к. публичные казни в уездах не могут быть признаны директивами центра (массовый красный террор в качестве государственной политики был официально свернут в ноябре 1918 года. — С.В.). Доклад еще более убеждает членов исполкома в необходимости создания губернской чрезвычайной комиссии, которая, выработав план действий вместе со Всероссийской чрезвычайной комиссией, практически проводила бы на местах ее директивы». Очевидно, периодически отчитываясь о проделанной работе перед членами Московского губернского исполкома (соответствующее указание в протоколе до резолютивной части счел нужным сделать председатель заседания Т.В. Сапронов). На заседании присутствовали представители Московского губернского комитета бедноты, которые, не понимая сути декрета о комбедах, просили Мосгубсовет о материальной помощи вследствие отсутствия «субсидий из центра», и Моссовета, среди членов Мосгубисполкома была член Президиума Мосгубисполкома и председатель губернского совета народного хозяйства И.Ф. Арманд. Видимо, сообщение о казнях было недвусмысленным намеком на Я.М. Свердлова с его массовым красным террором. И, видимо, отнюдь не случайно, что на заседании была принята резолюция, предложенная И.Ф. Арманд как умной женщиной и духовно близким вождю мирового пролетариата человеком: «Заслушав доклад представителя Всероссийской чрезвычайной комиссии, [Мос]губисполком убедился, что борьба с контрреволюцией ведется по губернии случайно, непланомерно, неорганизованно, что [ВЧК] мало осведомлена о том, что делается в губернии, что, таким образом, пока чрезвычайные комиссии не находятся под контролем местных исполкомов и пока при [Московском] губернском совете не будет создана [Московская] губернская чрезвычайная комиссия, борьба с контрреволюцией в губернии будет протекать совершенно бесконтрольно и без должного руководства. Принимая это во внимание, [Московский] губернский исполком постановляет — присоединяясь к предложению [НКВД], создать при [Мос]губсовете чрезвычайную комиссию, которая, находясь под контролем [Московского] губернского исполкома [и] работая в теснейшем контакте с [ВЧК], упорядочит борьбу с контрреволюцией в губернии». Московская губернская ЧК была сформирована в ближайшие же дни, на что указывает решение Мосгубисполкома о праве проведения обысков в домах этого исполкома именно Московской губернской чрезвычайной комиссией.