Таким образом, разногласия между ВЧК и Московским губернским исполнительным комитетом как одним из наиболее серьезных региональных советских органов носили принципиальный характер, а Мосгубисполком состоял из старых большевиков, имевших серьезное лобби в большевистских верхах и прежде всего в Московском комитете РКП(б) как очаге левого коммунизма, в котором были широкие связи у председателя Мосгубисполкома Т.В. Сапронова, во ВЦИК как центре советской «демократии» во главе с Я.М. Свердловым и его подчеркнутым уважением к революционной элите и в Наркомате по внутренним делам РСФСР, занимавшемся строительством системы местных органов.

2 октября ЦК РКП(б) поручил Ф.Э. Дзержинскому составить проект Положения о ВЧК. 5 октября вопрос о ВЧК был рассмотрен на заседании Московского комитета РКП(б) — надо думать, с подачи Московского губернского исполкома. МК постановил просить ЦК дать возможность принять участие в работе по ограничению компетенции чрезвычайных комиссий. Исследователь Д.С. Новоселов справедливо обратил внимание на тот факт, что наступление на ВЧК, представлявшую собой ленинский карающий меч, было развернуто во время пребывания вождя мировой революции в Горках.

8 октября началась широкая дискуссия по вопросу о целесообразности дальнейшего существования ВЧК. Ее открыл член редколлегии «Правды», один из старейших членов партии М.С. Ольминский, обвинивший ВЧК в «недосягаемости» и стремлении встать выше других органов власти, в т. ч. и партийных. О недостаточной информированности Ольминского свидетельствует заявление о том, что ВЧК «совершенно самостоятельна, производя обыски, расстрелы, давая после отчет Совнаркому и ВЦИК», поскольку в действительности ВЧК отчитывалась исключительно перед СНК и его председателем. Однако вполне справедливо было заявление, что определенные гарантии личной безопасности при таком разгуле чрезвычайщины оставались только у членов СНК, ВЦИК и исполкомов, а остальные коммунисты могли быть «во всякое время расстреляны, с отчетом “после” любой уездной ЧК». К мнению Ольминского присоединилось и руководство НКВД РСФСР, обвинявшее чрезвычайные комиссии в неподконтрольности исполкомам Советов, что противоречило Конституции РСФСР, а также в угрозе местных чрезвычайных комиссий для самих коммунистов.

В ответ на статью М.С. Ольминского в журнале «Еженедельник ЧК» была напечатана статья с таким же названием, но диаметрально противоположной оценкой выводов о характере деятельности чрезвычайных комиссий. В статье члена ВЧК В.В. Фомина говорилось: «Мы предлагаем вам, товарищ, привести хотя бы один пример о расстреле какого-либо коммуниста, если он не взяточник, не прохвост, и где случаи подбора специально “поводов для обвинения” этого привести вы не могли и не можете, т. к. таковых случаев нет. И где “непартийность” ЧК вы подметили? нас имеются данные от большинства местных комитетов в нашей партии с пометой “на должности председателя ЧК старый партийный работник”, “выдержанный коммунист” и т. п. Кроме того, право отвода, смещения и т. п. никто никогда у партийных коммунистов не отнимал и не намеревался отнимать». В поддержку чрезвычайных комиссий выступили, что характерно, на страницах того же выпуска журнала такие известные политические деятели, как Г.Д. Закс, Г. Шкловский, а также исполком Ростовской области и Торошинский совет. Статьи в защиту ЧК вышли и в последующих номерах.

Что характерно, пока Фомин сотоварищи организовывали кампанию по защите ВЧК, председатель комиссии, тяжело переживая происходящее, свое мнение в печати не излагал. «“Лично” — в хор[ошем] см[ысле] — относится к этому только Д[з]ер[жинский], — писал В.И. Ленину Л.Б. Каменев в первых числах января 1919 г. — Ему просто “больно”, и он [рассматривает все] как вопрос своей чести». Выступления других ответственных сотрудников ВЧК, как установил Д.С. Новоселов, отличались крайней непоследовательностью. С одной стороны, они пытались опровергнуть аргументы ответственных сотрудников НКВД РСФСР, обвиняя их в сочувствии «воплям пострадавшей буржуазии», настаивали на автономии местных ЧК и особо подчеркивали подконтрольность ВЧК большевистской партии. Одновременно ответственные сотрудники ВЧК признавали кадровый кризис в чрезвычайных комиссиях, отсутствие квалифицированных сотрудников. Хуже всего для чекистов было то обстоятельство, что руководство ведомства, и прежде всего Я.Х. Петерс, не удержалось от оскорбительного в отношении М.С. Ольминского тона. В статье «Нашим противникам», напечатанной в № 231 «Известий ВЦИК», Я.Х. Петерс заявил: «И пусть не плачут ольминские, что мы требуем лучших сил для Ч.К. В данный момент решаются вопросы — быть или не быть советской власти». Старый большевик апеллировал к Центральному комитету РКП(б). 25 октября В.И. Ленин, видимо, специально явился на Пленум ЦК РКП(б), состоявшийся под председательством Я.М. Свердлова, для того, чтобы отстоять ВЧК и свои собственные политические интересы. ЦК, заслушав требование М.С. Ольминского о назначении партийного суда, отказал в таковом, сославшись на отсутствие «каких бы то ни было оскорблений в этих статьях», и тут же, вопреки недовольству двух наркоматов, партийных и советских региональных и местных органов, одобрил выработанное Всероссийской чрезвычайной комиссией Положение о ВЧК в целом, поручив внести редакционные изменения Я.М. Свердлову и Ф.Э. Дзержинскому. В качестве незначительной уступки недовольным были приняты решения о запрете пыток как метода работы чрезвычайных комиссий и о запрете на издание «Еженедельника ЧК». Но, пожалуй, главным итогом заседания стало избрание Комиссии ЦК по политической ревизии ВЧК в составе Л.Б. Каменева, И.В. Сталина и Д.И. Курского. Состав этой комиссии был в известной степени компромиссным: Д.И. Курский был противником ВЧК по определению, Л.Б. Каменев был недоволен подконтрольностью ВЧК исключительно Совнаркому и его председателю, И.В. Сталин по тактическим соображениям — отстаивал взгляды В.И. Ленина и, следовательно, в данном случае интересы чекистов. Как уже говорилось, выработанный Всероссийской ЧК проект Положения о ВЧК поручалось отредактировать и представить на утверждение ВЦИК совместно Я.М. Свердлову и Ф.Э. Дзержинскому, однако Я.М. Свердлов, надо признать, довольно бестактно по отношению к Ф.Э. Дзержинскому отправился с Пленума ЦК прямиком на заседание Президиума ВЦИК[62], на котором лично выступил с докладом о ВЧК. По итогам Президиум ВЦИК утвердил не отредактированный своим председателем совместно с Ф.Э. Дзержинским проект, представленный чекистами, а Комиссию для выработки нового Положения о ВЧК во главе с самим Я.М. Свердловым в составе представителей НКЮ, НКВД и Моссовета. Комиссия эта полностью состояла из противников ВЧК и даже была расширена на пленарном заседании ВЦИК, состоявшемся в отсутствии В.И. Ленина, за счет критиков карательно-репрессивного аппарата. Следует особо подчеркнуть, что постановление Президиума ВЦИК по сути перечеркнуло решение ЦК РКП(б) (в истории становления советской политической системы явление, по всей видимости, уникальное), поскольку Ф.Э. Дзержинский не принял никакого участия в редактировании проекта Положения о ВЧК. Даже если такой шаг Я.М. Свердлов сделал с ведома части членов ЦК, это не могло не отразиться на его отношениях с Ф.Э. Дзержинским.