Выдающимся эпизодом стала история Кола ди Риенцо. Человек скромного происхождения, но прекрасно образованный, воспитанный на античной литературе, он стал своего рода просвещенным трибуном и в 1347 году захватил Капитолий — местопребывание римского правительства — при помощи толпы, вдохновленной его красноречием, в котором цитаты из античных авторов переплетались с модными тогда пророческими фантазиями. Враждебное отношение к нему знатных римских родов и Папы, который направил против Кола ди Риенцо войско под командованием кардинала Альборноза, заставили его покинуть Рим. Вернувшись обратно, он уже не смог возвратить себе власть и в 1354 году был убит. Однако этот эпизод потряс не только Рим, но и весь христианский мир и сыграл свою роль в подготовке умов к возрождению античной римской философии. Перенос папского престола в Рим при Григории XI не только не восстановил мир внутри Церкви, но и привел к новому, еще более серьезному кризису. Ранняя смерть этого Папы вызвала созыв конклава, который обернулся мятежом. Новый Папа Урбан VI, избранный в этих условиях, тут же вызвал к себе резко враждебное отношение, и большинство участников конклава аннулировали свое предыдущее решение и избрали на место Урбана Климента VII. Но Урбан VI не пожелал отдать власть, и таким образом появилось одновременно два Папы: итальянец Урбан VI в Риме и уроженец Женевы Климент VII в Авиньоне. Вокруг каждого из них сплотилась часть христианского мира, в результате последний оказался разделен на две сферы влияния. В подчинение Авиньона попали Франция, Кастилия, Арагон и Шотландия; в подчинение Рима — Италия, Англия, германский император и отдаленные королевства Восточной и Северной Европы. У каждого из двух Пап имелись свои кардиналы, и после смерти Пап они созывали отдельные конклавы. Преемниками Урбана VI стали Бонифаций IX (1389–1404), Иннокентий VII (1404–1406) и Григорий XII (1406–1409). Климента же в 1394 году сменил Бенедикт XIII. Важно отметить, что, как это случится и в XVI веке во время Реформации, Церкви отдельных государств следовали решениям своих монархов и политических руководителей. Многие христиане в лоне Церкви и среди мирян были травмированы и дезориентированы сложившимся положением дел. Франция предложила произвести с 1395 года уступку прав (цессию), то есть одновременную отставку обоих Пап сразу. Бенедикт XIII не согласился с этим предложением. Тем не менее собор 1409 года, составленный из кардиналов обоих лагерей, дал отставку обоим Папам и назначил на их место Александра V, которого в 1410 году сменил Иоанн XXIII — традиция не считает его подлинным Папой, и его имя даже не внесено в официальный список Пап. А Бенедикт XIII и Григорий XII не пожелали сложить с себя полномочия, и теперь в христианском мире было одновременно уже не два соперничающих между собой понтифика, а сразу три. Иоанн XXIII был изгнан из Рима и низложен Констанцским собором 1415 года, Григорий XII отрекся от престола, а Бенедикт XIII, оставшийся в одиночестве, был повторно низложен, и 11 ноября 1417 года собор избрал наконец единого Папу — Мартина V. Потом последовал еще один рецидив раскола — чуть менее длительный и менее тяжкий — в 1439–1449 годах. Флорентийский собор и Папа Евгений IV положили конец расколу и попытались в последний момент (in extremis) достигнуть перемирия между Римской католической церковью и Греческой православной, но это соглашение было перечеркнуто захватом Константинополя турками в 1453 году.

Великий раскол стал тяжелым испытанием для христианской Европы. Ее единство было подорвано на многие годы. И хотя христиане продемонстрировали, что в их мироощущении силен авторитет римской Церкви, но способность этой Церкви к объединению верующих дала серьезный сбой. Государственные Церкви отдалились от Рима, и монархии приготовились к заключению двусторонних соглашений с Папским престолом. Складывалась Европа конкордатов.

В XIV и XV веках происходит ослабление главных еретических течений предыдущего периода. Движение катаров потихоньку сходит на нет, вальденсы сохраняются лишь в изоляции, в частности в долинах Альп и в некоторых отдаленных районах Северной Италии. Но дают о себе знать другие, «новые» еретические движения, непосредственно предвещавшие протестантскую Реформацию XVI века. Два главных течения — это движение Уиклифа и лоллардов, возникшее в Англии в XIV веке, и движение гуситов под руководством Яна Гуса в Богемии в начале XV века. Джон Уиклиф (ок. 1335–1384) преподавал теологию в Оксфорде. Уиклиф вернулся к старому представлению о том, что действенность церковных таинств зависит не от служебного положения лица, которое их совершает, а от того, есть ли на нем благодать Божья. Поэтому таинства, совершенные недостойными священниками, не являются действенными. С другой стороны, он принимал только те составляющие христианской религии, что упоминаются в Библии. Таким образом, Уиклиф не признавал никаких решений Церкви, принятых в русле традиции, если они не основывались непосредственно на Священном Писании. Поэтому он не признавал и священных изображений, а также практики паломнических странствий и выдачи индульгенций умершим. В конце жизни он стал проповедовать радикальные взгляды на евхаристию, отрицая пресуществление, а также нападал на религиозные ордена, которые он считал «частными» религиями.

Взгляды Уиклифа на евхаристию были осуждены в Оксфорде в 1380 году и в Лондоне в 1382 году. Распространился слух, что Уиклиф явился вдохновителем восстания рабочих 1381 года и чуть ли не открыто его поддерживал. В исторической перспективе главной заслугой Уиклифа, без сомнения, является выполненный им перевод Библии на английский. Идеи Уиклифа продолжали распространяться и после его смерти, особенно сильным их влияние было в Оксфорде. Они стали предметом споров в начале XV века и продолжали существовать в той или иной форме до протестантской Реформации XVI века, в которой можно найти отзвуки некоторых из них.

В конце XIV века у Уиклифа нашлись последователи, лолларды, которых именовали также беггарды (попрошайки) — так уничижительно называли маргиналов от религии; это прозвище дали ученикам Уиклифа, проповедникам из Оксфорда, к которым присоединились и «бедные священники». Они были довольно влиятельны в высших политических и общественных кругах, где у них были покровители, распространяли Библию, переведенную Уиклифом на английский, и вдохновляли радикальные проекты, к примеру проект секуляризации богатств, принадлежащих священникам, по которому парламент должен был в 1410 году предписать конфискацию епископских и монастырских владений. Лоллардов ожесточенно преследовали и в первой половине XV века приговаривали к сожжению на костре, но их влияние ощущалось до XVI века, когда некоторые их идеи получили развитие в период протестантской Реформации.

Другое значительное движение, близкое к ереси и ставшее со временем открыто еретическим, возникло в Богемии, и основоположником его был Ян Гус (1370–1415). Будучи преподавателем только что созданного Пражского университета, Гус оказался вовлечен во все более жестокие конфликты, в которых чехи сталкивались с немцами, причем причины этих столкновений бывали как профессионального, так и этнического характера. Гус стал ректором университета в 1409–1410 годах. Он внушал студентам идеи, в которых чувствовалось влияние Уиклифа, и, в то время как немцы придерживались номиналистской философии, сам он преподавал с позиций крайнего реализма — теории, которая настаивала на существовании универсалий в сознании Бога и считала идеи трансцендентными реалиями. Взгляды Гуса распространились далеко за пределы университетской среды после того, как начиная с 1402 года он стал читать проповеди на чешском в Вифлеемской часовне в Праге. Он требовал нравственного обновления Церкви и строгого соблюдения Слова Божьего. Так он вступил в конфликт с представителями церковной верхушки. Вместе со своими чешскими коллегами он добился от короля Богемии подписания декрета в Кутна-Гора (1409), который вынудил немецких преподавателей и студентов покинуть Пражский университет. В результате они основали университет в Лейпциге. Книги Уиклифа были подвергнуты публичному сожжению, а Яна Гуса в 1410 году отлучили от Церкви. Он покинул Прагу и посвятил себя проповедям и подготовке полемических трудов. Например, в книге «О Церкви» («De ecclesia») он определяет Церковь как собрание людей, избранных Богом, и отвергает главенство Папы. Он согласился на предложение явиться на собор 1414 года в Констанце для оправдания. В результате его бросили в тюрьму, и, хотя Гус публично отрицал предъявленные ему обвинения, он был осужден и сожжен 6 июля 1415 года, а прах его развеян над Рейном.