Подобное внимание к деталям характеризует личность Албукерка во всей ее сложности. Практичный и гибкий администратор, быстро ухватывающий специфику местных условий, он способен был действовать по ситуации и в случае необходимости корректировать планы. Но в то же время Албукерк страдал от непомерного эгоцентризма, из-за которого у него возникало немало проблем. На монетах меньшего достоинства кроме сферы была изображена также буква «А», «чтобы показать, кто их отчеканил». Подобные действия давали в руки врагов Албукерка оружие против него. Кроме того, из-за них в Португалии распространились слухи, что губернатор планирует превратить Гоа в свою собственную вотчину.

Первые шаги в сфере колониального управления сопровождались ошибками. Изначально собирать налоги пору чили Тимоджи, однако его действия вызвали недовольство обоих сообществ, и индуистского, и мусульманского. В результате политику пришлось менять. Хотя Албукерк обещал жителям свободу вероисповедания, индуистский обряд сати — сжигание вдовы на погребальном костре умершего мужа — привел его в ужас. Албукерк запретил эту практику. Приверженность христианской миссии и простое упрямство заставляли Албукерка принимать решения, вызывавшие неудовольствие местных жителей.

Вскоре прибыли два посла, один от шаха Измаила, шиитского правителя Персии, другой от давнего противника Албукерка, Хуага-аты из Ормуза. Оба собирались просить Адиль-шаха поддержать их в борьбе против португальцев. И тот и другой пришли в замешательство, обнаружив, что Адиль-шах бежал, а место правителя теперь занимает Албукерк. Тем не менее Албукерк рассудил, что наладить отношения с Измаилом будет весьма выгодно, поскольку он является заклятым врагом суннитов-мамлюков. Албукерк предложил совместную операцию. Португальцы нападут со Средиземного и Красного морей, а шах — с востока. «Затем, если Богу будет угодно, чтобы этот союз оказался долговечным, можно обрушить всю силу на город Каир и земли султана, а мой правитель король захватит Иерусалим и все земли с этой стороны». Таким образом, представлялся шанс исполнить мечту Мануэла о крестовом походе. Албукерк отправил своего посла к шаху с этим предложением, а также передал ему примирительное письмо, которое по пути должно было быть доставлено марионеточному правителю Ормуза. В нем Албукерк предлагал забыть былые разногласия. На роль посла был выбран Руй Гомеш, однако, к несчастью, до Персии он так и не добрался. Хуага-ата отравил его в Ормузе.

Губернатор понимал, что действовать нужно быстро. Пока оборонительные силы находились в неудовлетворительном состоянии. Было ясно, что рано или поздно молодой Адиль-шах объявится снова и попытается вернуть важный торговый порт. Ремонт стен тормозило слишком малое количество известки, из которой делали раствор. Приходилось возводить стены из камня и глины. Понимая, что время поджимает, Албукерк приказал вести работы сутками по сменам, чтобы как можно быстрее построить оборонительные укрепления на случай возможной атаки. Губернатор днем и ночью следил за ходом работ. Он был намерен удержать Гоа любой ценой. Но к апрелю португальцами овладело беспокойство. Многие португальцы не разделяли видения своего губернатора. Приближался сезон дождей. Кроме того, до Гоа доходили слухи, что Адиль-шах собирает большую армию. Из-за суровости Албукерка отношения с местными жителями несколько испортились, и некоторые капитаны хотели бы вернуться в Кочин. Если не отплыть в ближайшее время, придется надолго задержаться на острове из-за дождей, не говоря уже о том, что, возможно, к тому времени город окажется под осадой. Португальцы успели заметить, что излюбленная тактика их врагов — дождаться сезона дождей и морских штормов и нападать, когда поддержки извне не предвидится. Однако Албукерка трудно было сбить с толку. Гоа — португальский город, таковым и останется.

Между тем в апреле Адиль-шах поднял в своем королевстве восстание. Албукерк не знал, что ради своей цели Адиль-шах даже заключил мир с Виджаянагаром, на время забыв о былой вражде. Ловушка для португальцев была уже приготовлена. В том же месяце Адиль-шах поручил своему военачальнику Палуд-хану отправиться на Гоа с большой армией, численность которой, предположительно, составляла около 40 тысяч человек, и отобрать власть у захватчиков. В ряды этой армии входили хорошо обученные бойцы из Ирана и Центральной Азии. Когда военные силы добрались до берегов реки Мандови, они быстро справились с неорганизованной группой людей Тимоджи. За узкими ручьями и населенными крокодилами реками, отделявшими остров Гоа от Большой земли, защитники города теперь могли видеть шатры и знамена большой армии. Было очевидно, что, дабы защитить периметр острова — примерно восемнадцать миль, силам Албукерка придется сильно растянуться и рассредоточиться. Для этого у португальцев едва хватало людей. Кроме того, местность здесь была болотистой, а значит, во время отлива противник вполне может перебраться на другую сторону. Палуд-хан нарочно изматывал португальцев, заставляя их постоянно сохранять бдительность. Его войска постоянно предпринимали ложные маневры и пробные вылазки. Кроме того, Палуд-хан приказал отправить письма мусульманам Гоа. В результате жители города сбегали и присоединялись к исламской армии. Палуд ждал, когда испортится погода.

Однажды португальцы, находившиеся на боевом дежурстве, заметили на другой стороне человека, который приблизился к краю берега, размахивая белым флагом. На португальском он крикнул: «Мои португальские повелители… пусть кто-нибудь придет и поговорит со мной, ибо у меня есть [информация] для вашего губернатора». За ним прислали лодку. Мужчина сказал, что он португалец, и представился Жуаном Мачаду. Он просил предоставить ему полную неприкосновенность и говорил, что желает встретиться с губернатором.

Мачаду был заключенным, отправленным на побережье Суахили 10 лет назад. Он находился в услужении у Адильшаха, однако, похоже, по-прежнему испытывал симпатию к своим соотечественникам. Послание от шаха оказалось простым, но очень информативным. В числе прочего Мачаду сообщил, что скоро к Палуд-хану придет подкрепление — к нему присоединится сам Адиль-шах со своими войсками. Мачаду призывал португальцев покинуть остров сейчас, пока еще не слишком поздно, ведь приближается сезон дождей. Кроме того, Мачаду призывал португальцев передать Адиль-шаху женщин и детей из гарема, которые остались в городе после бегства гарнизона. Шах хочет наладить хорошие отношения с губернатором. Взамен он предоставит Албукерку землю в другой части побережья, где можно будет построить форт.

Таким образом, в послании содержались одновременно и угроза, и компромиссное предложение, и апелляция к здравому смыслу. Тем не менее Албукерк предпочел проигнорировать полученную информацию. Он заявил, что не принимает никаких условий. «Португальцы не возвращают завоеванного», — был его гордый ответ. Отказался Албукерк и возвращать «женщин или детей, которых он оставит в качестве невест [для португальцев] и которых он надеется обратить в христианство». Уже не в первый раз категоричная манера Албукерка вести переговоры возмущала и шокировала. Когда его ответ был передан Палуд-хану, военачальник «был очень удивлен, поскольку знал, сколь мало войск в распоряжении губернатора». Вернувшись в свой шатер, он приказал построить большие плоты и платформы, установленные на связанных вместе каноэ. На них войска должны были переправиться через реку.