Упрямо цепляясь за свои имперские идеи, Албукерк не слушал ничьих советов. Он полагал, что сумеет продержаться до сезона дождей, в августе же прибудут корабли из Лиссабона. Албукерк не догадывался, насколько перемирие с Виджаянагаром развязало Адиль-шаху руки. На недовольство же среди своих людей он решил попросту закрыть глаза. Частые вылазки вражеских войск утомили португальцев. Кроме того, работы по возведению стен шли крайне интенсивными темпами, что доводило до изнеможения их участников. Португальцам было хорошо видно, насколько велики силы противника. Люди были измучены жарой, запасы продовольствия сокращались. Настроения в рядах португальцев царили мрачные. Многие фидальго и простые солдаты не понимали, почему Албукерк решил действовать именно таким образом. Даже Тимоджи поссорился с губернатором из-за его несгибаемости. Между тем начались дожди, море стало неспокойным. Португальцы понимали, что попали в ловушку. Некому было прийти на помощь губернатору. Похожая ситуация наблюдалась в Ормузе. Албукерк полагался на небольшую группу фидальго, которые были ему преданы. Самым именитым из его сторонников был племянник Албукерка, молодой Антониу ди Норонья. Он отличался предприимчивостью и храбростью.

Между тем жители Гоа, как мусульмане, так и индуисты, взвесили все за и против и заключили, что будет правильнее поддержать армию, стоящую за воротами.

Палуд-хан, которому сообщили о растущем недовольстве среди португальцев, хорошо спланировал нападение и совершил его в самый подходящий момент. В ночь с 10 на 11 мая, воспользовавшись благоприятными для операции погодными условиями, войска переправились на другую сторону на плотах. В темноте началась суматоха. Смешанная армия, состоявшая из португальцев и местных малабарских войск, оказалась застигнутой врасплох. Кроме того, союзники действовали неслаженно. Натиск врага оказался настолько быстр и яростен, что войска в панике бежали, бросив пушки. Вскоре португальцам пришлось отступить на территорию города. Некоторые представители малабарских войск дезертировали. В городе же мусульмане поднялись против своих новых правителей. Начались уличные стычки между ними и португальцами. Албукерк старался взять ситуацию под контроль. Скоро португальцы закрепились в цитадели. На протяжении двадцати дней губернатор призывал своих людей бороться, постоянно объезжал командные посты и даже ел в седле. Но восстановленные в спешке стены, камни которых скрепляла всего лишь глина, неумолимо разваливались. К бунтовщикам примыкало все больше жителей Гоа. Стало понятно, что в распоряжении Албукерка слишком мало людей и долго так продержаться не получится. Вскоре прибыл сам Адиль-шах собственной персоной. С городских стен португальцы видели море шатров, а также синие и красные флаги. «Над всеми шатрами развевались знамена, и пугающие боевые кличи сломляли дух наших людей». Все больше и больше капитанов призывали Албукерка отступить пока не поздно. Шансы благополучно выйти из гавани и добраться до Кочина таяли с каждым днем. Губернатор, поддерживаемый приближенными, упорно утверждал, что город можно удержать даже при таких обстоятельствах и скоро Адиль-шах будет снова вынужден вернуться к стычкам с Виджаянагаром. Когда Албукерк узнал о перемирии между этими двумя правителями, Жуан Мачаду пришел снова и предупредил, что Адиль-шах намерен сжечь португальские корабли. Более того, одно судно затопили в канале, чтобы таким образом преградить португальцам путь к отступлению. Только тогда Албукерк понял, насколько серьезная складывается ситуация.

Побег из окруженной врагами цитадели был запланирован на ночь с 30 на 31 мая. Подготовка проходила в обстановке строгой секретности. В полночь должен был зазвонить один-единственный колокольчик. Этот звук служил сигналом. Корабли приготовили к отплытию. Отступление к берегу прикрывал элитный отряд капитанов. Предложение поджечь город Албукерк отклонил. Он поклялся вернуться и снова покорить Гоа. В остальном же Албукерк был беспощаден. Он приказал Тимоджи убить всех мусульман, которых они удерживали в плену, — мужчин, женщин и детей. Было велено никого не оставлять в живых. Кроме того, Албукерк распорядился вывести из строя пушки и убить лошадей, чтобы не было погони. Арсенал и все запасы должны были быть сожжены.

Тимоджи взялся за печальное задание. Маленькими группами мужчин-мусульман вызывали к губернатору, потом убивали на улице. Однако Тимоджи действовал избирательно. Многих женщин и детей он оставил запертыми в доме. У самых красивых женщин Тимоджи забрал украшения, переодел в мужчин и спрятал у себя на кораблях. Несмотря на то что португальцы старались не привлекать внимания к своим действиям, скоро стало очевидно, что они уходят. Люди Адиль-шаха вбежали в ворота. Албукерк придумал план, который должен был задержать врага. Он приказал разбросать по дороге мешки с перцем и свинец. Таким образом, погоня сбавила темп. Люди останавливались, желая поживиться. Остальные в ужасе застыли, увидев на улице своих убитых родных. Несмотря на все предосторожности португальцев, к причалам пришлось прорываться с боем. Только отчаянный арьергардный бой помог им добраться до своей цели. Армада вышла в канал, который потопленное судно заблокировать не смогло. Вероятно, все, за исключением губернатора, радовались успешному побегу. Но беды португальцев только начинались.

Португальцы плыли вниз по течению. Вслед им летели ядра из пушек. Адиль-шах же приказал своим людям дуть в трубы, дабы возвестить о победе и возвращении города законному правителю. Но эти ликующие звуки мешались с горестными воплями мусульман, родственников которых убили, а жен и дочерей похитили. Корабли встали на якоре возле устья реки Мандови, в том месте, где она расширялась. Там стоял стратегически важный форт Пангим.

Португальцы слишком затянули с побегом. Уже было начало июня. Сезон дождей был в самом разгаре, бури разыгрались всерьез. Корабли заливал проливной дождь, ветер хлестал клонящиеся к земле пальмы. Река разлилась так сильно, что корабли приходилось привязывать и с носа, и с кормы, чтобы их не развернуло бурным течением. На борту среди высшего командования происходили свирепые споры. Капитаны обсуждали, смогут ли выйти из устья и дойти по морю до острова Анджедива. Настроения среди них царили мрачные. Во всех своих несчастьях они винили Албукерка, повторяя, что следовало уплыть раньше. Капитанам не терпелось выбраться из ловушки, в которой они очутились. Тем не менее лоцманы утверждали, что сейчас это невозможно. Наконец Албукерк согласился рискнуть одним кораблем под командованием Фернао Переса в надежде, что тому удастся преодолеть песчаные косы в устье реки. Однако быстрые течения вынесли корабль на мель, где его разбили волны. Правда, команде удалось не только выбраться с корабля, но и спасти пушку. Еще один капитан тайком попытался сбежать, но был схвачен и лишен должности. Португальцы оказались в ловушке. Им предстояла речная осада, которая могла продлиться вплоть до августа. В таких ситуациях им до сих пор оказываться не приходилось. Португальцы сразу осознали всю трудность своего положения.

Вдруг показалась лодка с белым флагом. Адиль-шах снова послал Жуана Мачаду, чтобы тот попытался договориться с португальцами. Мачаду предлагал мирный договор. Но на самом деле шах просто тянул время. Боясь, что захватчики могут штурмовать форт, Адиль-шах решил задержать их, чтобы потом захватить его самому. Однако ответ Албукерка был короток и резок: «Гоа принадлежит его господину, королю Португалии, и ни о каком мире с шахом речи быть не может, пока тот не одумается и не вернет (город) вместе со всеми землями».