Султану пришлось приложить немало усилий для подавления сепаратистов. Много хлопот приносили султану и анатолийские аяны, также выступавшие против реформ.

В ряду событий, усложнивших деятельность реформаторов и общее положение империи, была франко-турецкая война 1798–1802 гг. В числе важнейших операций французов была военная экспедиция в Египет под командованием Наполеона Бонапарта. В июле 1798 г. пал Каир. Однако султан решился вступить в войну против Франции лишь тогда, когда Высокая Порта добилась поддержки России. В сентябре 1798 г. русская эскадра стала на якорь в водах Босфора. Объединенными силами русского и турецкого флотов от французов были освобождены Ионические острова. В январе 1799 г. Турция заключила союзные договоры с Россией и Англией.

Тем временем положение французов в Египте, где они столкнулись с сильным сопротивлением арабов, серьезно ухудшилось. Не в их пользу изменилась и ситуация в Средиземном море, где господствовали русский и английский флоты. В Сирии войска Бонапарта потерпели неудачу, а вскоре, несмотря на отдельные успехи (победа над турками при Абукире), положение французской армии в Египте стало критическим. Большая турецкая армия двинулась через Сирию в Египет, и вскоре турецкие войска встали лагерем вблизи Каира. В марте 1801 г. сменивший Бонапарта Клебер напал на турецкую армию и разгромил ее. Правда, в Каире тут же вспыхнуло восстание против французских оккупантов. Хотя оно было подавлено, положение экспедиционного корпуса стало безнадежным. В июне 1801 г. французы в Каире сдались на милость окруживших город английских и турецких войск.

В 1802 г. Османская империя заключила мирный договор с Францией, по которому вернула себе все потерянные ею в ходе войны в Египте земли. Французским подданным были возвращены льготы и привилегии, в частности в торговле, которыми они обладали раньше. Франция была признана наиболее благоприятствуемой нацией. Она приобрела те торговые и таможенные льготы, которых были лишены даже союзники Турции по закончившейся войне – Англия и Россия.

Реформаторам в Османском государстве серьезно мешали не только внешнеполитические осложнения. В начале XIX в. резко пошло на подъем национально-освободительное движение в балканских провинциях империи. Усилилась партизанская борьба против турецкого владычества в Греции, где карательные меры султанского правительства не приносили ощутимых результатов. Начались вооруженные антитурецкие выступления в Болгарии и Черногории. Освободительное движение черногорцев было столь сильным, а их противостояние турецким войскам столь успешным, что Селим III вынужден был признать Черногорию независимой.

В 1804 г. антитурецкое восстание вспыхнуло в Сербии. Грубый произвол турецкой администрации, в особенности бесчинства янычар, стали в Сербии настолько ненавистны, что восстание быстро распространилось по всей стране. Возглавил его вожак гайдуков Карагеоргий. Повстанцам удалось захватить в свои руки ряд городов. В 1805–1806 гг. султанские войска не раз терпели поражения от повстанцев. В конце декабря 1806 г. отряды Карагеоргия заняли Белград. А вскоре началась русско-турецкая война (1806–1812), позволившая сербам получить поддержку России.

Антитурецкие выступления происходили не только в балканских провинциях империи. В 1805 г. против османского наместника выступили жители Каира, антитурецким движением были охвачены некоторые районы Центральной Аравии.

В таких условиях Селим III и его сподвижники еще раз попытались увеличить численность и повысить боеспособность новых воинских формирований. В своих планах султан опять опирался на Францию, дружественные отношения с которой были восстановлены после неудачи египетской экспедиции Наполеона Бонапарта. В 1806–1807 гг. французский посол в Стамбуле генерал Гораций Себастиани был едва ли не главным советником Селима III в вопросах реформ. Французский офицер Жюшеро де Сен-Дени стал главным инспектором саперных войск в турецкой армии. В разных правительственных ведомствах работали французские военные эксперты, инструкторы, инженеры и мастера.

В 1805 г. султан пошел на неожиданную меру – распорядился начать принудительный набор солдат для новых войсковых контингентов, что сразу же вызвало резкий отпор населения. Высокой Порте пришлось отказаться от этого новшества.

Весной 1806 г. султанское правительство начало перебрасывать в Румелию подразделения новых регулярных войск, а в июле того же года туда прибыл большой их контингент под командованием Кади-паши. Общая численность армии Кади-паши, в которую влились формирования, ранее отправленные в Румелию, составляла около 30 тыс. человек. Когда эта армия приблизилась к Эдирне, местные янычары подняли мятеж против султана и Порты, преградив новым войскам путь к городу и потребовав сместить чиновников – сторонников реформ. Мятежники даже установили артиллерийские батареи на дороге, ведущей к Эдирне. Известие о янычарском бунте и о его поддержке в других районах Румелии вызвало панику в Стамбуле. Султан пошел на уступки реакционерам, отозвав в столицу из Румелии контингент новых войск. Слабость правительства использовали противники реформ. Улемы стали открыто проповедовать, что реформы противоречат установлениям Корана и шариата.

Позиции султана и его сторонников резко ослабила начавшаяся осенью 1806 г. Русско-турецкая война. Армию по традиции возглавил великий везир – сторонник реформ Хильми Ибрагим-паша. Обязанности великого везира были возложены на Кесе Муса-пашу, который был тайным врагом султана и противником реформ. Вместе с группой других реакционно настроенных сановников он организовал заговор против Селима III. Опираясь на поддержку ямаков – солдат вспомогательных войск, заговорщики 25 мая 1807 г. выступили против султана. Нерешительность Селима III лишь подогрела пыл мятежников. 29 мая Селиму пришлось отречься от престола, на трон был возведен султан Мустафа IV, устраивавший реакционеров как безвольностью, так и консервативностью. Начались казни министров и приближенных низложенного султана, отличившихся в проведении реформ. Янычары разыскали скрывшегося активного сторонника реформ, главу нового финансового ведомства, созданного Селимом III, Хаджи Ибрагим-эфенди. Ему отрубили голову на стамбульской площади Баязид. Был схвачен и личный секретарь бывшего султана Ахмед Фаиз-эфенди. Он также был убит. На Этмейдан (Мясную площадь) янычары одну за другой доставляли отрубленные головы реформаторов из числа сподвижников Селима III.

Многие внутренние и внешние причины предопределили неудачу реформаторской деятельности Селима III. В числе наиболее значительных причин были крайне узкая социальная база реформаторов, сила и сплоченность реакции, безраздельное господство идеологии феодального клерикализма, слабость центральной власти в условиях феодального сепаратизма, рост антитурецких национально-освободительных движений и сложная международная обстановка.

После драматических событий 29–30 мая ямаки стали подлинными хозяевами столицы. Они и янычары контролировали все действия султана и Порты. Ситуацию хорошо иллюстрирует такой случай. Когда Мустафа IV сместил шейх-уль-ислама Атауллу-эфенди, фактического патрона янычарской вольницы, янычары взбунтовались и в течение 36 часов принудили султана восстановить его в должности. После этого с султаном просто перестали считаться. Янычары вели себя в столице, по образному выражению турецкого историка, писавшего о янычарском корпусе в 20-х годах XIX в., «как горячие скакуны, носившиеся на воле по лугам беспорядка».