Сторонники реформ, которым удалось уцелеть во время бунта ямаков, не потеряли надежды вернуть трон Селиму III. Их возглавил аян Рущука (Русе) Мустафа-паша Байрактар. В прошлом янычар и провинциальный помещик, не принадлежавший поначалу к числу активных сторонников реформ, Байрактар был приближенным влиятельного в Румелии аяна Рущука Исмаила Терсеникли-оглу. Последний сделал свой округ фактически независимым от Порты, хотя и проявлял к султану верноподданнические чувства. К реформам Селима III он относился двойственно, признавая необходимость военных преобразований, но выступая против жесткой централизации, которой хотел добиться султан-реформатор. После смерти Терсеникли-оглу Селиму III удалось постепенно наладить хорошие отношения с Байрактаром, ставшим рущукским аяном и обладавшим значительным собственным войском.

После майского переворота Байрактар защитил от янычар сторонников реформ в Силистре. Вскоре ставка Байрактара в Русе стала местом сбора всех оставшихся в живых сторонников Селима. Под руководством Байрактара здесь была создана тайная группа, участники которой вознамерились вернуть престол Селиму. Им благоприятствовала обстановка на русско-турецком фронте, где летом 1808 г. было длительное затишье. В июле 1808 г. 15-тысячная армия, собранная Байрактаром, двинулась из Русе на Стамбул.

Ранним утром 13 июля 250 всадников под командованием Хаджи Али-аги скрытно подошли к босфорскому форту Румели-Фанар, где находилась резиденция Кабакчи Мустафы – главаря ямаков. Воины Хаджи Али-аги внезапно ворвались в гарем Кабакчи и убили его. Отрубленную голову всесильного предводителя ямаков отвезли Байрактару. Налет произвел ошеломляющее впечатление на Мустафу IV и его министров. 21 июля в столицу прибыл сам Байрактар. Он был ласково принят султаном, а шейх-уль-ислам Атаулла-эфенди даже нанес ему визит. В тот же день Байрактар посетил Порту, причем вместо обычной пышной свиты его сопровождал вооруженный до зубов военный отряд. По настоянию Байрактара султан сместил Атауллу, сослав в отдаленные уголки империи ряд улемов – его единомышленников, убрал ряд неугодных повстанцам реакционных сановников.

28 июля в Стамбул вошло все войско Байрактара. В тот же день Байрактар занял здание Высокой Порты и сместил великого везира Челеби Мустафа-пашу. Затем Байрактар и его воинские части двинулись ко дворцу султана, намереваясь восстановить Селима на троне. Но по приказу Мустафы IV его приближенные зверски убили Селима. Султан велел убить и последнего отпрыска династии, своего брата Махмуда, но тому удалось спастись. Поэтому, когда сторонники Селима III захватили султанский дворец, им оставалось только одно – возвести на престол Махмуда II, которому со временем суждено было энергично продолжить реформы Селима III.

После переворота в руках Байрактара сосредоточилась вся военная и гражданская власть, на все ключевые посты были назначены его сторонники. Виновников гибели Селима III постигла участь казненных недавно сторонников реформ. Сотни активных участников майского мятежа ямаков также были преданы казни.

Байрактар и его единомышленники продолжили военные реформы Селима III. В частности, было решено восстановить рекрутский набор для новых воинских формирований. Власти энергично наводили порядок в столице и в Эдирне – очаге янычарского своеволия. Новый янычарский ага – ставленник Байрактара – ежедневно казнил в Эдирне по 50-100 янычар из числа замешанных в недавних бунтах.

Однако недолго было суждено Байрактару пребывать у власти. В ночь с 14 на 15 ноября 1808 г. в столице вспыхнул бунт янычар. Для Байрактара это оказалось полнейшей неожиданностью. Впрочем, он сам помог своим врагам, ибо был крайне жесток не только с сановниками, но и с простым народом, не соблюдал скромности в личном поведении, окружал себя роскошью. Более 12 часов героически защищался Байрактар, забаррикадировавшись в каменной башне. Он сам взорвал башню, выстрелив в бочку с порохом, когда сопротивление стало бессмысленным. После этого озверевшие толпы янычар расправились почти со всеми единомышленниками погибшего Байрактара. Утром 16 ноября мятежники и примкнувшие к ним горожане двинулись к султанскому дворцу, чтобы восстановить на престоле Мустафу IV. Лишь решительные действия Махмуда II и нескольких верных ему сановников, в числе которых был и сторонник Байрактара капудан-паша Рамиз, спасли положение. Махмуд II приказал немедленно казнить Мустафу. Таким образом, Махмуд остался единственным представителем османской династии. Это обстоятельство могло сохранить ему трон и в случае победы янычар.

Султан двинул против бунтовщиков части новых войск. По численности они значительно уступали им, но были хорошо организованы и потому смогли нанести им внушительные удары. Тем не менее, янычары потребовали от султана немедленной казни лиц, которых они считали сторонниками ненавистных им реформ, и упразднения новых военных формирований. Султану пришлось пойти на уступки, он лишь осмелился помочь бежать сановникам, казни которых добивались янычары.

Итак, реформы начала XIX в. оказались в целом малоуспешными. Но дальнейшая история Османской империи показала, что дело, начатое Селимом III, не погибло. Во всяком случае, вассал султана египетский хедив Мухаммед Али сумел осуществить военную реформу и в короткий срок обзавелся по-европейски обученным войском. Идеи и практика этого периода подготовили почву для последующих преобразований.

Реформаторские усилия султанов и Порты протекали в дальнейшем в весьма сложной ситуации. Внешнеполитические обстоятельства и стремление нетурецких народов империи к независимости постоянно побуждали правителей к действиям, направленным на восстановление военной мощи государства и поиски средств экономического и культурного прогресса. Вместе с тем борьба нетурецких народов и усиление экономического и политического влияния европейских держав одновременно входили в число важнейших факторов, затруднявших деятельность реформаторов.

Русско-турецкая война 1806–1812 гг. также оказала немалое воздействие на внутриполитическое развитие Османской империи. Вначале военные действия не принесли серьезного успеха ни одной из сторон. Правда, русские войска заняли Молдову и Валахию и нанесли туркам крупное поражение в сражении под Бухарестом. В августе 1807 г. было подписано перемирие. Поскольку достигнуть мирного соглашения не удалось (это стало очевидным после встречи русской и турецкой делегации в Яссах в марте 1809 г.), военные действия возобновились. Кампания 1809–1811 гг. оказалась успешной для русской армии. Русские войска под командованием фельдмаршала М. И. Кутузова нанесли летом и особенно осенью 1811 г. ряд ощутимых ударов по турецким войскам на Дунайском фронте. Особенно удачными были операции русских войск в районах Слободзеи и Рущука. У Слободзеи попавшая в окружение крупная группировка турецких войск под командованием великого везира Ахмед-паши была вынуждена капитулировать.

Сербские повстанцы, постоянно получавшие помощь от русского военного командования, также нанесли туркам ряд поражений, в частности в октябре 1811 г. в сражении при Нише. После побед армии М. И. Кутузова положение на сербско-турецком фронте решительно изменилось в пользу повстанцев. Дислоцированные здесь турецкие воинские части были настолько деморализованы победами русских войск, что прекратили военные действия против сербов; среди них началось массовое дезертирство. Все эти обстоятельства, дополнявшиеся угрозой антитурецкого выступления в Болгарии, вынудили Порту пойти на мирные переговоры с Россией.