Прошло уже несколько месяцев с тех пор, как Франсиско Писарро получил вести от своих братьев из Куско, и он боялся, что они, вероятно, уже мертвы. «Губернатор был глубоко обеспокоен ходом событий. Четверо из его военачальников к этому времени были уже убиты вместе с почти двумя сотнями солдат и таким же количеством лошадей». Когда началось восстание, Писарро немедленно предпринял попытку объединить все свои войска в Перу. Алонсо де Альварадо был отозван с его завоевательного похода на индейцев-чачапойяс на северовостоке Перу за Кахамаркой; в конечном счете он вернулся в Лиму с 30 кавалеристами и 50 пехотинцами. Гонсало де Ольмос привел с собой некоторое количество людей и 70 лошадей из Портовьехо на побережье Эквадора; а Гарсиласо де ла Вега, отец историка, оставил свою попытку колонизировать берега бухты Сан-Матео и привел 80 человек назад в Лиму. Единокровный брат Писарро Франсиско Мартин де Алькантара был отправлен с поручением объехать прибрежную равнину, предупредить испанских поселенцев об опасности и собрать их всех в Лиме.

Но Писарро мог искать помощи и за пределами Перу. Его вторжение в страну было только одним щупальцем испанской колонизации обеих Америк. Сначала Писарро надеялся подавить восстание собственными силами: в июле он послал Хуана де Панесу в Панаму, чтобы купить оружие и лошадей на 11 тысяч марок из его собственных средств, которые там хранились. Но вскоре он понял, что восстание приняло слишком большой размах, и решил обратиться за помощью ко всем испанским губернаторам в обеих Америках. В отчаянии он даже написал 9 июля письмо Педро де Альварадо, губернатору Гватемалы, человеку, который предпринял попытку вторжения в Кито, подвергся унижениям и всего лишь восемнадцать месяцев назад был выкуплен с помощью Писарро. Теперь Писарро обращался к нему с красноречивой просьбой: «Инка осадил город Куско, и в течение пяти месяцев я уже не получаю известий об испанцах, находящихся в нем. Страна настолько разорена, что местные вожди уже не служат нам, они выиграли у нас уже не одно сражение. Это вызывает во мне такую глубокую печаль, что она поглощает всю мою жизнь». Диего де Аяла отвез это письмо в Гватемалу и поплыл дальше в Никарагуа, где он в конце концов навербовал много хороших солдат. В это же самое время судья Кастаньеда проезжал через Панаму по пути в Испанию, и Паскуаль де Андагойя написал в конце июля императору из Панамы, что «владыка Куско и всей страны поднял восстание». «Восстание распространилось от провинции к провинции, и все они охвачены мятежом. Восставшие вожди уже появились в 40 лигах от Лимы. Губернатор Писарро просит о помощи и получит ее отсюда, насколько это возможно».

Весть о восстании в Перу постепенно достигла самой Испании. В начале февраля 1536 года пожилой епископ Тьерры Фирме Берланга, который только что вернулся из Перу, где он был по поручению короля, доложил королю Карлу, что губернатор Писарро позволяет своим конкистадорам нарушать королевские указы относительно хорошего обращения с коренным населением. Он также передал зловещее сообщение о том, что «губернаторы использовали в своих целях Инку, владыку Куско, и так же поступали и другие испанцы, которым этого захотелось». В апреле Гаспар де Эспиноза написал из Панамы королю о первых убийствах отдельных испанцев в районе Куско. Но вести об осаде Куско достигли той стороны Атлантики не раньше конца августа. В первых сообщениях о мятеже говорилось, что «это восстание спровоцировал Эрнандо Писарро, так как говорят, что он подверг пыткам главного вождя, чтобы тот дал ему золото и серебро».

Инка Манко, обрадованный победами Кисо, приказал ему спуститься с гор к Лиме и «уничтожить город, не оставив ни одного целого дома, и убить всех испанцев, которых он там найдет», за исключением самого Писарро. Но Кисо хотел обеспечить безопасность своего тыла. Поэтому весь июль он занимался вербовкой новобранцев среди индейцев племени хауха, уанка и яуйо, пытаясь убедить эти племена, враждебно настроенные по отношению к инкам, присоединиться к восстанию. По понятным причинам Кисо не хотел воевать с испанцами на равнинной местности — к тому же он не был знаком с окрестностями прибрежной равнины, — пока у него не будет значительного численного превосходства. Ему удалось собрать большую армию за счет племен, живущих на западных склонах Анд, и в конечном счете он привел свою огромную разношерстную армию к самой низкой горной цепи в предгорьях Анд, откуда в неясной дымке были видны воды Тихого океана. Самую первую весть о приближении индейцев привез Диего де Агуэро. Он «первым прибыл в Лос-Рейес и сообщил, что индейцы все вооружились и пытались поджечь его усадьбу в деревне, что приближается огромная армия индейцев. Эта весть повергла весь город в ужас, тем более что в нем находилось очень мало испанцев». Губернатор Писарро отправил 70 кавалеристов под командованием Педро де Лермы попытаться предотвратить спуск индейцев на равнину. Произошел жестокий бой, в котором многие индейцы расстались с жизнью, «был убит один испанский всадник, и много других получили ранения, а Педро де Лерме выбили зубы». Индейская армия продолжала надвигаться на город европейцев.

«Когда губернатор увидел такое количество врага, у него не было сомнений в том, что все кончено». Воины армии Кисо продвигались по равнине, а некоторые даже заходили в дома на окраине города. Но «кавалеристы спрятались в засаде, и в соответствующий момент они бросились в атаку, убивая и пронзая копьями индейцев в большом количестве, пока они не отступили и не попрятались в холмах. Ночью было выставлено сильное охранение, а кавалерия патрулировала город». Кисо переместил свою армию на крутобокий, похожий на сахарную голову холм Сан-Кристобаль, расположенный по другую сторону реки Римак от центра Лимы. В настоящее время этот холм покрыт пыльными трущобами, он словно темная бородавка, выступающая на теле современного города. Другой холм заняли воины, которые были родом из долин провинции Атавильо к северо-востоку от Лимы. Эти люди были более привычны к равнинной местности и насыщенной атмосфере Лимы, чем их соратники из высокогорных племен. Другие индейцы расположились на холмах между Лимой и портом, находившимся на расстоянии нескольких миль от города Кальяо. Таким образом, испанское поселение было окружено и почти отрезано от морских коммуникаций.

Испанцы отчаянно стремились выбить воинов Кисо с холма Сан-Кристобаль. Кавалерия была бесполезна против его крутых склонов. Смелое ночное нападение, обычно приносящее успех, «так как индейцы очень трусливы ночью», казалось самоубийством, если учитывать крутизну склонов холма, занятого таким многочисленным врагом. И тем не менее пять дней было потрачено на подготовку к такому нападению. «Было решено построить щит из досок для защиты от камней. Но когда его сделали, оказалось, что его невозможно нести».

И как обычно, во время осады подверглась испытанию верность индейских слуг своим хозяевам-испанцам. «Многие слуги-индейцы ушли питаться и жить и даже воевать против своих хозяев на стороне врага, но ночевать они приходили в город». Франсиско Писарро заподозрил в предательстве свою наложницу-индианку. Первая любовь Писарро Донья Инес обвинила сестру Атауальпы Асарпай, которая «жила в доме губернатора», в том, что та поощряла осаждающих. «Итак, без дальнейших рассуждений он приказал задушить ее гарротой и таким образом убил ее, тогда как мог посадить ее на корабль и отправить в ссылку». Но, с другой стороны, в городе были «дружески расположенные к испанцам индейцы, которые очень хорошо воевали. Благодаря им кони не испытывали перенапряжения, чего они не смогли бы выдержать».