Манко можно было также критиковать за то, что он лично не руководил штурмом Куско. Очевидно, он оставался в своем штабе в Кальке в течение всего решающего первого месяца осады. Он использовал свою власть и энергию для того, чтобы достичь почти невозможного: одновременно поднять восстание по всему Перу и организовать продовольственное и иное снабжение огромной армии. Но присутствие Инки было необходимо в Куско. Хотя в его армии и было много выдающихся военачальников, ей не хватало вдохновения, которое ей дал бы лидер такого масштаба, как Чалкучима, Кискис или Руминьяви.

Падение Саксауамана в конце мая ни в коем случае не означало конца осады. Огромная армия Манко формально владела городом еще в течение трех месяцев. Вскоре испанцы узнали, что атаки индейцев прекратились из-за религиозных праздников в каждое новолуние. Они полностью использовали каждое затишье, чтобы снести разрушенные пожаром дома, засыпать вырытые врагом рвы и починить свои собственные укрепления. В течение всего этого времени бои продолжались, причем обе стороны проявляли немалую храбрость.

Один эпизод послужит иллюстрацией типичной дневной стычки. Педро Писарро находился в боевом охранении вместе с двумя другими кавалеристами на одной из сельскохозяйственных террас на краю Куско. В полдень его командир Эрнан Понсе де Леон привез продовольствие и попросил Педро Писарро еще раз объехать патрулируемую территорию, так как ему некого было больше послать. Писарро перехватил немного еды и выехал на другую террасу, чтобы присоединиться к Диего Мальдонадо, Хуану Клементе и Франсиско де ла Пуэнте, которые несли караульную службу.

Пока они все вместе болтали, появились несколько индейских воинов. Мальдонадо поскакал за ними. Но он не разглядел ям, которые вырыли индейцы, и его конь упал в одну из них. Педро Писарро ринулся на индейцев, избегая ям, и дал шанс Мальдонадо и его коню, которые получили серьезные ранения, вернуться в Куско. Индейцы вновь вернулись, чтобы подразнить оставшихся трех испанцев. Писарро предложил: «Быстрее! Давайте прогоним этих индейцев и попробуем поймать кого-нибудь из них. Ямы, которые они вырыли, теперь позади нас». И вся троица бросилась вперед. Двое повернули на полпути и вернулись на свой пост, но Писарро на полном скаку «стремительно помчался за индейцами». В конце террасы у них были вырыты маленькие ямки-ловушки для лошадиных копыт. Когда он попытался повернуть коня, конь попал ногой в ямку и сбросил седока. Один из индейцев поспешил к коню и попытался его увести, но Писарро поднялся на ноги, догнал его и убил колющим ударом в грудь. Конь вырвался и убежал, чтобы присоединиться к другим конным испанцам.

Писарро стал защищаться при помощи меча и щита, сдерживая индейцев, которые подбирались к нему поближе. Его товарищи увидели, что его конь примчался без седока, поспешили к нему на выручку и атаковали индейцев. «Они зажали меня между своих лошадей, велели мне схватиться за стремена и скакали так во весь опор некоторое время. Но вокруг было столько индейцев, что это было бесполезно. Будучи обремененным доспехами и уставшим от борьбы, я не мог бежать. Я закричал своим спутникам, чтобы они остановились, так как я задыхался. Я предпочитал умереть в бою, нежели задохнуться насмерть. Итак, я остановился и повернулся, чтобы сразиться с индейцами, и два моих конных товарища сделали то же самое. Мы не могли отогнать индейцев, которые совсем осмелели, думая, что уже взяли меня в плен. Со всех сторон они испускали громкие вопли, как они обычно делали при захвате испанца или его коня. Габриэль де Рохас, который возвращался назад с 10 кавалеристами, услышал их вопли и посмотрел в ту сторону, откуда доносился шум и звуки боя. Он поспешил туда вместе со своими людьми, и благодаря его появлению я был спасен, хотя и получил серьезные ранения от ударов камнями и копьями индейцев. Так спаслись я и моя лошадь с помощью нашего Господа Бога, который придал мне сил, чтобы бороться и выдержать все напряжение».

В одной из таких стычек Габриэль де Рохас был ранен стрелой: она прошла через нос и достигла нёба. Гарсии Мартину выбили камнем глаз. Сиснерос упал с лошади, и индейцы схватили его и отрезали ему кисти рук и ступни ног. «Я могу засвидетельствовать, — писал Алонсо Энрикес де Гусман, — что это была самая ужасная и жестокая война на свете. Ибо между христианами и маврами есть хоть какое-то взаимопонимание, и в интересах обеих сторон щадить тех, кто захвачен живым в плен, потому что за них можно получить выкуп. Но в этой войне с индейцами ни с одной, ни с другой стороны этого понимания нет. Они умерщвляют друг друга самыми жестокими способами, какие только могут придумать». Этому вторил Сьеса де Леон. Война была «жестокая и ужасная. Некоторые испанцы рассказывают, что большое количество индейцев было сожжено и заколото… Но сохрани нас, Боже, от ярости индейцев, так как ее нужно бояться, когда они дают ей волю!» Но не одни индейцы были жестоки. Эрнандо Писарро приказывал убивать всех женщин, которых они захватывали во время боев. Смысл был в том, чтобы лишить воинов женщин, которые обслуживали их и во многом помогали. «С того времени так и повелось, и эта уловка отлично сработала и вызвала среди врага настоящий ужас. Индейцы стали бояться потерять своих жен, а те боялись погибнуть». Считалось, что эта война против женщин была одной из главных причин ослабления осады в августе 1536 года. Во время одной вылазки Гонсало Писарро встретил отряд, шедший из чинча-суйю, и захватил в плен 200 человек. «Посреди площади всем этим людям отрубили правую руку. Затем их отпустили, и они ушли. Это послужило страшным предупреждением остальным».

Такая тактика также способствовала моральному разложению армии Манко. Подавляющим большинством вражеского войска, собравшегося в горах вокруг Куско, были простые крестьяне со своими женами и люди, присоединившиеся к армии. Небольшое исключение составляли ополченцы, многие из которых получили только самую начальную военную подготовку, являвшуюся частью воспитания каждого инки. Только часть этой разношерстной армии была по-настоящему боеспособна, хотя кормить нужно было всех. К августу крестьяне стали расходиться на посевные работы. С их уходом увеличились потери индейцев в каждом бою с испанцами. Численный перевес был единственной эффективной стратегией Манко, так что сокращение его огромной армии означало, что с дальнейшими военными действиями против Куско, возможно, придется подождать до следующего года. Но Куско был только одной ареной национального восстания. В других районах действия коренных жителей Перу принесли значительно больший успех.

Пока Манко осаждал Куско, он доверил Кисо Юпанки и военачальникам Иллья Тупаку и Пуйю Вильке завоевание центрального нагорья. Другой его полководец, Тисо, уже давно подстрекал к восстанию индейцев в районе Хаухи, и небезуспешно. При первом же намеке на волнения испанцы отправили карательную экспедицию из 60 человек, в основном пехотинцев, под командованием Диего Писарро. Они действовали в районе Хаухи, но Тисо скрылся в джунглях на востоке и явился назад к Манко в Ольянтайтамбо.

Губернатор Франсиско Писарро впервые услышал о нападении на Куско 4 мая, находясь в своей новой столице Лос-Рейес, или Лиме. Он испугался за своих братьев и других испанцев, изолированных в Куско, и немедленно начал организовывать вспомогательные экспедиции. В Хауху он послал 30 человек под командованием капитана Франсиско Морговехо де Киньонеса, который был одним из двух алькальдов Лимы. Этот отряд отправился в глубь страны в середине мая с приказом продвигаться по королевской дороге и занять стратегически важный перекресток недалеко от Вилькасуамана.