Пока министр юстиции Джон Ашкрофт каждые 45 дней механически продлевал срок проведения операции АНБ по незаконному электронному прослушиванию, необходимости рассказывать о ней Коми, как и его предшественнику на посту заместителя министра юстиции Ларри Томпсону, не было. Тем более, что добропорядочный юрист Коми, лишенный каких-либо политических амбиций, не очень-то хорошо ладил с амбициозным Аддингтоном.

Коми узнал об этой операции, которая позднее стала именоваться программой наблюдения за террористами, по настоянию Джека Гольдсмита, советника Ашкрофта. Гольдсмит не стремился, как Чейни и Аддингтон, превратить президентство в монархию. Он руководил группой юристов, которые, подобно ему, были возмущены тактикой президента Буша беззастенчиво попирать мешавшие ему американские законы, включая «Закон о надзоре за внешней разведкой».

Гольдсмит называл Аддингтона «главным юридическим архитектором программы наблюдения за террористами». Он и вице-президент Чейни, по мнению Гольдсмита, терпеть не могли «Закон о надзоре за внешней разведкой», считая, что он ущемляет президентские полномочия. В октябре 2003 года Чейни и Аддингтон попытались сделать Джона Йоу советником Ашкрофта, но последний посчитал, что Чейни позволяет себе слишком много вмешиваться в работу министерства юстиции, и должность советника была отдана Гольдсмиту.

Когда после вступления в должность Гольдсмит узнал о программе наблюдения за террористами, она ему очень не понравилась. В начале марта 2004 года Гольдсмит написал Ашкрофту докладную записку, озаглавленную «Законность программы наблюдения за террористами». В этой записке Гольдсмит высказал мнение о том, что в программе АНБ имеются несколько аспектов, которые не являются юридически оправданными, и рекомендовал Ашкрофту отказаться продлевать ее действие. Очередное решение о продлении программы наблюдения за террористами Ашкрофту предстояло принять самое позднее в четверг 11 марта 2004.

4 марта 2004 года Ашкрофт встретился с Коми, чтобы обсудить сложившуюся ситуацию. На этой встрече Коми поддержал точку зрения Гольдсмита: «Программа вызывает у нас опасения в том, что касается нашего подтверждения ее легальности». Ашкрофт согласился и сказал, что не подпишет бумагу о повторной сертификации программы. По словам Ашкрофта, эта программа не понравилась ему с самого начала, но администрация Буша «подпихнула ее мне под нос и сказала, чтобы я ее подписал».

Через несколько часов после встречи с Коми Ашкрофт почувствовал себя плохо и был немедленно госпитализирован. У него неожиданно обострился хронический панкреатит. 9 марта 2004 года Ашкрофт был прооперирован, после чего оставлен в госпитале под наблюдением врачей.

В этот же день в полдень Коми встретился в Белом доме с руководителем президентской администрации Энди Кардом.

На него была возложена задача добиться продления программы наблюдения за террористами. На встрече Коми и Карда также присутствовали Чейни, Аддингтон, директор АНБ Хейден, директор ФБР Мюллер, заместитель директора ЦРУ Джон Маклафлин и юридический советник президентской администрации Альберто Гонзалес. Входе встречи Коми объявил присутствующим, что министерство юстиции не видит законных оснований для продления программы наблюдения за террористами: «В качестве исполняющего обязанности министра юстиции я не смогу подтвердить легальность программы».

10 марта 2004 года Кард и Гонзалес провели срочное совещание в Белом доме с участием членов комиссии конгресса по делам разведки. Гонзалес сказал конгрессменам, что по мнению Коми «у президента нет полномочий разрешать подобного рода деятельность» и попросил содействия в срочном принятии закона, который бы ее разрешил.

Однако присутствовавший на этой встрече сенатор Джон Рокфеллер позднее заявил, что фамилия Коми вообще при нем не упоминалась, что ничего не было сказано ни про какие разногласия с министерством юстиции и что никто не высказывал просьбу принять закон, чтобы урегулировать вопрос с министерством юстиции. А член палаты представителей Нэнси Пелоси потом рассказывала, что в ходе встречи ясно дала понять Гонзалесу, что не согласна с его предложениями.

У Карда и Гонзалеса оставалась последняя надежда: поехать в госпиталь к Ашкрофту, сказать ему, что они заручились поддержкой конгресса и попросить продлить программу наблюдения за террористами. Но сначала требовалось договориться с Ашкрофтом, чтобы он согласился встретиться с ними.

11 марта 2004 года примерно в 7 вечера Коми позвонил начальник секретариата министерства юстиции Давид Айерс. Он рассказал, что с ним связалась миссис Ашкрофт. Она запретила медперсоналу госпиталя пускать к Ашкрофту посетителей и давать ему разговаривать по телефону. Тем не менее, по словам миссис Ашкрофт, полчаса назад ее мужу кто-то все-таки дозвонился и договорился, что к нему подъедут Кард и Гонзалес. Коми сразу решил, что этот «кто-то» был сам президент Буш.

Коми позвонил Мюллеру, который обедал в ресторане с женой и дочерью, и рассказал ему про звонок миссис Ашкрофт. Они договорились встретиться в госпитале у Ашкрофта. На служебной машине с завывающей сиреной и проблесковыми сигналами Коми примчался в госпиталь. Когда он вошел в палату к Ашкрофту, тот лежал на кровати, рядом стояла миссис Ашкрофт. Коми попытался ввести Ашкрофта в курс дела, но Ашкрофт слишком плохо себя чувствовал, чтобы реагировать на обращения к нему со стороны Коми. На всякий случай Коми попросил прибывшего Мюллера приказать своим агентам ни при каких обстоятельствах не позволять удалить Коми из палаты Ашкрофта.

Через несколько минут туда ворвались Кард и Гонзалес. «Как себя чувствуете, сэр?»— с порога спросил Гонзалес. «Очень плохо», — ответил Ашкрофт и, предвидя просьбу Гонзалеса подписать разрешение на продление программы наблюдения за террористами, продолжил: «Но это не имеет значения. Я не министр юстиции, исполнение обязанностей министра возложено на Коми, по всем вопросам обращайтесь к нему». Не сказав больше ни слова, Кард и Гонзалес вышли из палаты.

После этого Ашкрофт пожаловался Коми и Мюллеру, что его держали в неведении относительно деталей программы наблюдения за террористами и что администрация президента запретила ему обращаться к кому бы то ни было за юридическим советом по поводу законности этой программы, сославшись на ее секретность.

Несколько минут спустя в палату к Ашкрофту вошел агент ФБР и сказал, что Кард просит Коми срочно приехать в Белый дом. Коми перезвонил Карду и сказал, что при сложившихся обстоятельствах не хочет встречаться с ним наедине без свидетеля и что этим свидетелем будет главный юрисконсульт министерства юстиции Теодор Олсон.

На состоявшейся в 11 часов вечера встрече с Кардом Коми снова отказался подписывать разрешение о продлении программы наблюдения за террористами. В ответ Кард сообщил Коми, что Буш уже принял решение о ее продлении вне зависимости от мнения министерства юстиции по этому поводу. И Кард, и Коми прекрасно понимали, что программа наблюдения за террористами была незаконной с самого начала, и регулярная санкция министра юстиции на ее проведение не могла сделать ее законной. Но теперь президент лишался даже этого липового прикрытия своих противоправных действий со стороны министерства юстиции.