На следующий день в знак протеста Коми, Мюллер, Гольдсмит и ряд других чиновников министерства юстиции решили подать в отставку со своих постов. О своем решении они сообщили Ашкрофту, который уговорил их не делать этого до его возвращения из госпиталя.

В пятницу 12 марта 2004 года Коми и Мюллер отчитывались перед Бушем о проведенной работе по борьбе с терроризмом. После отчета Буш попросил Коми задержаться, чтобы побеседовать с ним с глазу на глаз. Входе беседы с президентом Коми рассказал, какие изменения по его мнению следовало внести в программу наблюдения за террористами, чтобы министерство юстиции могло снова санкционировать ее проведение. Эти изменения, в первую очередь, касались отмены нескольких операций, проводимых АНБ в рамках программы. Помимо этого Коми предложил Бушу в качестве правового основания легальности программы наблюдения за террористами использовать ссылку не только на неотъемлемые президентские полномочия, но и на разрешение конгресса применять военную силу против Аль-Каиды. Буш согласился с Коми, и конфликт между президентской администрацией и министерством юстиции по поводу программы наблюдения за террористами был исчерпан.

В конце лета 2004 года Хейдену позвонил корреспондент газеты «Нью-Йорк тайме» Джеймс Райзен, который сказал, что хочет поподробнее узнать о программе слежки за американцами без получения разрешения от комиссии по надзору за внешней разведкой. Хейден уклончиво ответил, что все, чем занимается АНБ, делается на вполне законных основаниях.

Повесив трубку, Хейден понял, что о программе наблюдения за террористами стало известно за пределами круга лиц, знающих о ней по долгу службы. Перед Хейденом отчетливо замаячила перспектива повторить судьбу одного из своих предшественников на посту директора АНБ Лью Аллена, который в середине 1970-х годов был вынужден давать показания на открытых слушаниях в конгрессе по поводу операции «Трилистник». Тогда многим высокопоставленным сотрудникам АНБ грозил возможный арест с последующим тюремным заключением за участие в этой операции.

С учетом этого печального опыта Хейден отдал приказ начать готовить сотрудников АНБ к участию во всевозможных слушаниях и расследованиях. Согласно приказу, необходимо было разъяснить всем, что можно было делать, получив повестку, и что нельзя, а также как лучше всего было уклониться от ее получения. В АНБ срочно приступили к съемкам учебного видеоролика о том, как сотрудникам следовало себя вести, выступая в конгрессе или на судебном заседании. По этому случаю в АНБ вспомнили про бывшего сотрудника АНБ Томбу, который в 1970-е годы оказался в эпицентре скандала вокруг АНБ. Томбе было предложено сняться в учебном видеоролике и поделиться своими соображениями о том, что ожидало теперешних сотрудников АНБ, участвовавших в программе наблюдения за террористами, если вся правда о ней выплыла бы наружу.

Началась игра в кошки-мышки, в ходе которой АНБ и президентская администрация пытались убедить редакцию «Нью-Йорк тайме» отказаться от публикации статей по поводу программы наблюдения за террористами. Сначала правительственные чиновники говорили о программе только в сослагательном наклонении. Например, они предупреждали «Нью-Йорк тайме» о том, что если бы программа АНБ существовала на самом деле, то обнародование любой информации о ней нанесло бы ущерб национальной безопасности». Но потом от сослагательного наклонения пришлось отказаться и вести обсуждение безо всяких намеков.

Осенью 2005 года администрация президента пригласила редакторов «Нью-Йорк тайме» на встречу в Белый дом. Помимо Хейдена в этой встрече приняли участие государственный секретарь Кондолиза Райс и советник президента по вопросам национальной безопасности Стивен Хедли. На совещании Хедли предупредил исполнительного редактора «Нью-Йорк тайме» Уильяма Келли о том, что публикация в газете сведений о программе АНБ насторожит террористов и сделает ее продолжение невозможным. И если США подвергнется второй террористической атаке, подобной той, которая была 11 сентября 2001 года, то ответственность за случившееся будет лежать в том числе и на «Нью-Йорк тайме». Однако эти аргументы не убедили Келли.

5 декабря 2005 года в Белом доме состоялась встреча Буша с владельцем «Нью-Йорк тайме» Артуром Шульцбергером. Буш сказал Шульцбергеру, что если его газета напишет про программу АНБ и будет новая террористическая атака на США, то и Буш, и Шульцбергер будут сидеть рядом в конгрессе и объяснять, почему это произошло и как это могло случиться. На что Шульцбергер сказал, что ничего нового от Буша не услышал и что своего решения не изменит. 16 декабря в «Нью-Йорк тайме» была опубликована статья о программе наблюдения за террористами.

На следующий день Буш затронул эту программу в своем субботнем радиообращении к американской нации: «Через несколько недель после нападения террористов на нашу страну в соответствии с законодательством и конституцией я поручил Агентству национальной безопасности осуществлять перехват сообщений, которыми обмениваются лица, связанные с Аль-Каидой и ей подобными террористическими организациями. Но перед тем, как перехватывать какие-либо сообщения, мы должны убедиться в их несомненной связи с террористической сетью». Далее Буш сказал: «Порученные мной действия подвергаются тщательному анализу примерно через каждые 45 дней. Этот анализ базируется на последних оценках степени террористической угрозы в отношении способности нашего правительства управлять страной и угрозы нанесения невосполнимого ущерба нашей родине. Каждый раз в ходе проводимого анализа оцениваются предпринятые по моему поручению действия. Результаты анализа передаются на рассмотрение нашим высшим судебным чиновникам, включая министра юстиции и советника президента. После атак 11 сентября я повторно санкционировал эту программу более 30 раз и намереваюсь делать это до тех пор, пока наша нация стоит перед лицом террористической угрозы со стороны Аль-Каиды и ей подобных групп».

Чтобы избежать появления в американской прессе выражений типа «незаконное прослушивание» или «незаконная слежка» в отношении программы АНБ, Буш попытался внедрить в сознание американцев другое название для нее. Программа в том виде, какой она приобрела в апреле 2004 года после внесения в нее изменений по требованию Коми, стала публично именоваться программой наблюдения за террористами, а то, что существовало с октября 2001 года по апрель 2004 года, «другой разведывательной деятельностью».

Почти сразу после публикации в «Нью-Йорк тайме» Американский союз защиты гражданских свобод подал в суд на АНБ, требуя признать программу наблюдения за террористами незаконной и запретить ее дальнейшее продолжение. 17 августа 2006 года 73-летняя судья Анна Тейлор вынесла решение в пользу Американского союза защиты гражданских свобод, признав необоснованными все доводы президентской администрации, включая ссылки на неотъемлемые президентские полномочия и на разрешение конгресса применять военную силу против Аль-Каиды. Тейлор постановила, что программа наблюдения за террористами является незаконной, поскольку нарушает «Закон о надзоре за внешней разведкой» и конституцию США: «Авторы конституции никогда не имели намерения предоставить президенту неограниченные полномочия, особенно в случае, когда его действия откровенно нарушают положения Билля о правах. Три ветви государственной власти в США были учреждены именно для того, чтобы контролировать и уравновешивать друг друга». По мнению Тейлор, неотъемлемые президентские полномочия не могли служить основанием для слежки за американскими гражданами: «В Америке нет наследных монархов и нет полномочий, которые не порождались бы конституцией. Поэтому любые «неотъемлемые права» должны быть установлены конституцией».