Осада Отрара длилась с сентября 1219 по февраль 1220 г. Город был хорошо укреплен, обороной руководил Хайдар-хан Инал и присланный со вспомогательным войском от хорезмшаха Карача-хан. После пяти месяцев осады Карача-хан вышел из крепости со своими людьми и сдался монголам. Все сдавшиеся тут же на месте были изрублены монголами, был казнен и Карача-хан. После измены Карача-хана монголы через некоторое время взяли город, выгнали из города, как стадо овец, всех людей, а город разграбили. Хайдар-хан Инал с двадцатью тысячами воинов еще месяц сражался во внутреннем укреплении города – цитадели. Под конец он остался в живых почти один, был загнан на крышу, но и оттуда продолжал бросать в монголов кирпичи. Его стащили вниз, а затем казнили. По сведениям Насави, Чингис «велел привести к нему Инал-хана, затем приказал расплавить серебро и влить ему в уши и глаза» [Насави, с. 81]. Город Отрар был разрушен: монголы «крепостную стену и крепость превратили в прах» [Рашид-ад-дин, т. I, кн. 2, с. 199]. Большинство населения города было истреблено, оставшихся в живых, преимущественно ремесленников, отправили в полон.

В феврале 1220 г. армия Чингис-хана подошла к Бухаре. 7 февраля началась осада Бухары – «купола ислама в восточных странах и города мира этих стран, матери всех городов мусульман». Три дня длился приступ под прикрытием местных жителей и жителей Отрара, пригнанных под стены

Бухары. Через три дня гарнизон решил «силой решимости заменить позор поражения». Они вышли из города и в бою временно потеснили монголов, затем прорвали кольцо осады и стали уходить от города. Однако выход их за стены города оказался роковым. Монголы быстро организовали преследование и уничтожили почти всех, кто покинул Бухару. Только немногим удалось переправиться через Амударью.

Монголы вступили в Бухару 10 февраля. Цитадель Бухары, которую обороняли всего четыреста человек, держалась еще 12 дней. Монголы заставили жителей Бухары засыпать ров цитадели и помогать им в осаде. «Победили их неверные и ворвались в цитадель. Бывшие в ней мусульмане бились с ними до тех пор, пока не были истреблены все до последнего. Управившись с крепостью, он (Чингис-хан) приказал составить себе список главных лиц города и их старшин. Сделали это, и когда ему представили список, он приказал привести их к себе. Явились они, и он сказал: «Требую от вас серебро, которое вам продал хорезмшах, ведь оно принадлежит мне, отобрано у моих сторонников и находится у вас». Представил ему всякий, сколько у кого было этого серебра. Затем он велел им выйти из города, и они вышли из города, лишившись своего имущества: ни у одного из них не осталось ничего, кроме платья, которое было на нем. Вошли неверные в город, ограбили его и убили, кого нашли в нем. Он, Чингис-хан, окружил мусульман и приказал своим сторонникам разделить их между собою. Они (татары) поделили их, и был этот день ужасный вследствие обилия плача мужчин, женщин и детей. Разбрелись они (жители) во все стороны и были растерзаны, как лохмотья; женщин они поделили между собою; наутро Бухара оказалась разрушенною до оснований своих, как будто ее вчера и не было» [Ибн-аль-Асир, с. 9—10].

Мужчин погнали для осады Самарканда. По сведениям Рашид-ад-дина, монголы «умертвили больше тридцати тысяч мужчин, а женщин и детей увезли с собою рабами» [Рашид-ад-дин, т. I, кн. 2, с. 206]. В марте монголы подошли к Самарканду, ведя за собой толпы пленных, «которые шли за ними пешком в самом гнусном виде, всякий, кто уставал или изнемогал от ходьбы, был убиваем». К армии Чингиса присоединились войска Чагатая и Огодая, только перед этим уничтожившие Отрар.

Когда Карача-хан сдался, он был казнен (возможно, из особо подчеркиваемой монголами ненависти к Отрару). Появившиеся же во время взятия Бухары и позже перебежчики на сторону монголов были обласканы. Ими стали владетель Кундуза Алиаддин и владетель Балха эмир Мах Руи.

Монголы, чтобы запугать гарнизон Самарканда численностью своих войск, выстроили пленных в ряды и каждому десятку дали знамя. Однако самаркандцы не испугались. Они предприняли смелую вылазку, храбро сражались, но пали жертвой уже известной монгольской тактики ведения войны: «Сразились с ними пешие вне города; татары не переставали отступать, а жители городские преследовали их, надеясь одолеть их. Но неверные успели устроить им засаду, и, когда те зашли за засаду, выступили против них и стали между ними и между городом, а остальные татары, которые первые завязали бой, вернулись, так что те очутились в середине между ними. Поял их меч со всех сторон, и не уцелел ни один из них, а погибли все до последнего мучениками – да смилуется над ними Аллах; было их, как говорят, семьдесят тысяч» [Ибн-аль-Асир, с. Ю-11].

Неудачной оказалась и вторая вылазка, хотя во время ее в бой были введены боевые слоны. К Чингис-хану явилась делегация горожан во главе с духовным главой города шейх-ал-исламом для переговоров о капитуляции. 17 марта 1220 г. город был сдан. «В тот день монголы были заняты разрушением городской стены и гласиса и сровняли их с дорогой. Женщин и мужчин сотнями выгоняли в степь в сопровождении монголов… Через глашатаев объявили: «Да прольется безнаказанно кровь каждого живого существа, которое спрячется!» И монголы, которые были заняты грабежом, перебили множество людей, которых они нашли спрятавшимися по разным норам». Как и в других городах, цитадель в Самарканде держалась еще некоторое время. Под конец, не будучи в силах обороняться, тысяча человек заперлась в соборной мечети. Здесь они и были перебиты, а мечеть сожжена. Тридцать тысяч тюркских воинов, которые сдались Чингису вначале вместе с жителями города и были якобы приняты им на службу, после падения цитадели тоже были уничтожены монголами. Тридцать тысяч самаркандских ремесленников были розданы сыновьям и родственникам Чингиса. Оставшиеся в живых жители Самарканда «за свои души» обязаны были выплатить 200 тысяч динаров. Но так как и после монголы не раз уводили оставленных в живых самаркандцев, то «мало кто спасся, вследствие этого та страна совершенно обезлюдела» [Рашид-ад-дин, т. I, кн. 2, с. 206–208].

Корпус под командованием Чжочи завоевывал области государства хорезмшаха, лежащие вниз по течению Сырьдарьи. Вначале монголы подошли к городу Сыгнаку и направили сыг-накцам посла с предложением сдаться. Сыгнакцы посла убили и сражались с монголами до последнего. Когда же город был взят, то, «заперев врата прощения и снисходительности, монголы убили всех, мстя за одного человека» [там же, с. 199].

В апреле 1220 г. Чжочи подошел к Дженду. Кутлуг-хан, наместник и правитель города, бросил Дженд и ушел в Хорезм. 21 апреля Дженд был взят монголами без боя. Так как Дженд практически не сопротивлялся, жителям его была дарована пощада – монголы продержали их девять суток в степи, а сами в это время разграбили город дотла. Бенакент обороняли тюрки-канглы. Город сдался после трех дней осады. Часть воинов гарнизона монголы убили, жителей выгнали из города и отделили ремесленников и мастеров, которых угнали в плен.

Ведя войну в Средней Азии, монголы везде использовали местное население для осады городов – это называлось «ха-шар». При осаде Ходжента монголов было двадцать тысяч, а численность хашара составила пятьдесят тысяч человек. Добровольная сдача отнюдь не всегда гарантировала безопасность и доброе отношение. По пути на Бухару Чингис-хану добровольно сдались жители города Зарнук. Однако монголы выгнали их из города, а цитадель разрушили. Всю молодежь угнали в хашар. Добровольно сдался монголам небольшой город Нур-и Бухара. Шестьсот молодых горожан было забрано в хашар.