Прекратив наконец свои убийства, стрельцы по внушению Софьи объявили государями обоих царевичей вместе; дума Боярская и выборные от разных сословий согласились на это двоевластие. Вслед за тем стрельцы настояли, чтобы правление за молодостью братьев было вручено царевне Софье.

Первым делом правительницы была борьба с раскольничьим движением. Число раскольников быстро умножилось, несмотря на преследования, которым подвергались приверженцы «старой веры» в царствование Алексея и Феодора (главные представители раскола — Аввакум, Лазарь и дьякон Феодор — были сожжены в Пустозерске в 1681 году). Учители раскола и основатели разных сектитолков укрывались по отдаленным областям государства и там собирали вокруг себя последователей; особенно много раскольничьих скитов появилось в глухих лесах пустынного Архангельского края. В самой столице раскольники были довольно многочисленны; к ним тайно принадлежала часть стрельцов.

После майского переворота стрелецкое войско стало смотреть на себя как на главную опору правительства: раскольники ободрились и начали действовать тем смелее, что новый начальник стрельцов князь Хованский был последователь их учения. Более других отличался своим фанатизмом расстриженный священник Никита, прозванный Пустосвятом. Однажды он с большою толпою явился в Кремль и вызывал патриарха на Лобное место для торжественного прения о вере. Патриарх принял вызов, но прение по желанию Софьи произошло не на площади, а во дворце, в Грановитой палате, где присутствовали правительница, оба царя, вельможи и выборные московские люди (в июле 1682 года). Прение было шумное и продолжалось до вечера; выходя из палаты, раскольники провозгласили победу. Когда, таким образом, соблазн в народе достиг опасных размеров, правительница решилась «прибегнуть к строгости»: спустя несколько дней после прения предводители раскольников были схвачены; Никите отрубили голову, а других заточили. Ученики их рассеялись в разные стороны, но ревностно продолжали дело своих учителей.

Между тем стрелецкое войско не переставало волноваться, а Хованский, потворствуя своеволию подчиненных, сделался их любимцем и начал питать честолюбивые замыслы. Пребывание в столице и ее окрестностях становилось небезопасно для правительницы; она вместе с двором удалилась в крепкий Троицкий монастырь, куда стала созывать служилых людей для защиты царского семейства. Хованский, отправившись по приглашению ее к Троице, был схвачен на дороге и без суда казнен вместе с сыном. Стрельцы сначала подняли бунт, но, устрашенные войском, собранным около Троицкого монастыря, они скоро смирились и упросили патриарха ходатайствовать за них пред царевною. Она потребовала, чтобы выборные от стрельцов принесли ей повинную; рассказывают, будто около 3000 человек отправились в монастырь с петлями на шее, неся в руках плахи и топоры. Им объявлено было прощение, а Стрелецкий приказ Софья поручила думному дьяку Шакловитому, вполне ей преданному.

В это время любимцем царевны и первым ее советником является князь Василий Голицын, вельможа умный, получивший отчасти европейское образование. Из внешних дел Софьи и Голицына самым важным был союз против Турции, предложенный польским королем Яном Собеским. Царевна приняла предложение короля только под условием вечного мира с Польшею, который должен был подтвердить статьи Андрусовского договора и упрочил за Москвою Киев. Поляки согласились на это тяжкое для них условие, и в Москве был заключен вечный мир (1686). Вслед за тем Россия в союзе с Польшею, Австрией и Венециею открыла войну против Турции. По условию русские должны были напасть на крымского хана, чтобы отвлечь его от соединения с турками. 100000 московского войска под начальством Голицына и 50 000 малороссийских казаков с гетманом Самойловичем выступили против крымцев (1687). Но поход по открытым степям был чрезвычайно труден для большого войска; татары зажгли степи, и лошади начали падать от бескормицы, люди терпели от дыма и зноя; оказался недостаток в съестных припасах. Голицын без битвы воротился назад. Первым следствием неудачи было свержение Самойловича; казацкие старшины не любили гетмана за гордость и корыстолюбие, обвинили его в измене и потребовали, чтобы он был сменен. Софья исполнила их требование: Самойловича сослали в Сибирь, а на его место был избран Иван Мазепа[111]. Весною 1689 года Голицын с Мазепою предприняли второй поход на Крым; на этот раз русские дошли до Перекопа, но опять воротились назад без успеха. Правительница, однако, щедро наградила своего любимца и других воевод, принимавших участие в крымских походах. В том же году русский уполномоченный Головкин заключил с Китаем Нерчинский договор; по этому договору плодоносные берега Амура, завоеванные горстью казацких удальцов, снова отошли к китайцам, и крепость Албазин, которую казаки прославили своею геройскою защитою, была разорена.

Младший сын Алексея Михайловича рос под надзором своей матери и получил воспитание, совершенно не похожее на то, которое прежде давалось московским царевичам. (Вполне подчиненные строгим правилам церемониала, господствующего при московском дворе, они до известных лет отрочества почти не покидали внутренних покоев дворца и оставались недоступными для глаз города; учителями их были преимущественно лица духовные.) Рано лишившись отца, Петр в царствование брата и правление сестры находился в некотором удалении от придворной жизни и пользовался гораздо большею свободою, нежели его предшественники. С детства он обнаружил необыкновенно деятельную, пылкую натуру, гениальные способности и чрезвычайную любознательность. Дьяк Зотов, приставленный к Петру для обучения грамоте, будучи недалек по уму и познаниям, не мог удовлетворить любознательности своего ученика. Царевич сам нашел себе учителей между обитателями Немецкой слободы, т. е. между иностранцами, состоявшими в русской службе. Из этих иностранцев наиболее известны голландец Тиммерман, учивший Петра арифметике, геометрии и артиллерии, и генерал Гордон, родом шотландец, главный наставник Петра в военном деле. Несколько позднее самым близким человеком и другом молодого царя сделался ловкий, веселый Франц Лефорт, родом женевец, который в конце царствования Алексея Михайловича приехал в Россию, чтобы искать счастия в царской службе. Рассказы иностранцев, знакомившие Петра с подробностями европейской образованности, еще сильнее возбуждали в нем жажду знания и деятельности.

Детские забавы Петра отличались военным характером; он окружил себя сверстниками из детей придворных служителей и, проводя большую часть времени в царских подмосковных селах, играл с ними в солдаты. С помощью иностранных офицеров он образовал из товарищей своих игр потешные роты, сформированные по образцу регулярного солдатского войска; число охотников, поступавших в эти роты, постоянно увеличивалось, и из них составились потом два первых гвардейских полка, Преображенский и Семеновский (названные так по двум подмосковным селам). Иностранные корабельные мастера помогли царевичу завести также потешный флот из судов, построенных по европейским образцам.