Кроме этой борьбы внутри временного правительства, постепенно усиливалось напряжение между правительством и миссией Ивакура. Иноуэ, по-прежнему преисполненный решимости сократить расходные статьи бюджета, предложил заменить жалованье самураев правительственными займами. Содержание самураев поглощало около половины государственного бюджета, и Иноуэ надеялся полностью прекратить эти выплаты в течение ближайших шести лет. Сайго, несмотря на свою сентиментальную привязанность к традициям, признал разумность плана Иноуэ и поддержал его программу в письме к Окубо. Но план Иноуэ вызвал ожесточенное сопротивление со стороны миссии Ивакура. Ивакура заявил, что этот план «слишком жесток», а Ки-до пожаловался на то, что от самураев требуют слишком больших жертв. Их оппозиция была основана больше на власти, чем на принципе. Сайго и Кидо обсуждали необходимость отмены содержания самураев, и на самом деле члены миссии Ивакура после своего возвращения взяли предложение Иноуэ за основание для соответствующей реформы. Но члены миссии не хотели обсуждать детали реформы на полпути своего кругосветного путешествия.

Сайго делал все, что мог, чтобы сгладить эти противоречия, но по своему характеру он не был искусным администратором. Главными достоинствами Сайго, как политика, были его честность и харизма, а не способность находить бюрократический консенсус или перечерчивать четкие административные границы. В глубине души Сайго был против повсеместного бюрократического планирования. В свете его понимания конфуцианства, главная задача правительственной элиты состояла в том, чтобы предоставить общее моральное руководство, а не вводить мелочное правовое регулирование. По мнению Сайго, детальные правила коммерции, образования и закона — это те вещи, которые следует оставить на усмотрение функционеров нижнего ранга или самого населения. Как он написал в 1870 году, государству необходимо установить законы, но еще более важно культивировать добродетель, с тем чтобы люди в своих поступках руководствовались «преданностью, сыновней почтительностью, гуманностью и любовью». В таком случае отпадет всякая необходимость в подробном правовом кодексе. Таким образом, большую часть 1872 и 1873 годов Сайго председательствовал над тем, что он сам считал маловажными дискуссиями.

Отчужденность Сайго приводила в отчаяние его коллег по временному правительству. Например, Окума Сингэнобу описал в своих мемуарах, как недостаток интереса Сайго к политике подрывал работу правительства:

«Когда наступал перерыв на обед, Сайго и Итагаки спешили удалиться в приемную. После этого они проводили время, ведя несущественные разговоры, и почти никогда не возвращались в кабинет, где проходило совещание. В редких случаях, когда за ними посылали, их все-таки удавалось вернуть. Все их разговоры неизбежно заканчивались обсуждением известных сражений, о чеіЧ они оба могли говорить часами, борьбы сумо или же охоты и рыбалки».

Окума, вполне обоснованно, считал позицию Сайго глубоко безответственной.

Ограниченные способности Сайго в деле управления временным правительством были еще больше ослаблены непрерывными тирадами Симадзу Хисамицу. Несмотря на многократные приглашения прибыть в Токио и занять символический пост в новом правительстве, Хисамицу отказывался и оставался в Сацума, где он продолжал критиковать правительство и сеять недовольство среди местных самураев. В конце 1873 года, раздраженный упразднением княжеств, Хисамицу начал требовать, чтобы его назничали губернатором префектуры. Сайго был потрясен и испуган требованиями Хисамицу. Назначение Хисамицу в качестве губернатора Кагосима, заметил он, подорвет основу хайхан тикен и вызовет серьезные потрясения в стране. Сайго не хотел открыто противостоять своему господину, но он боялся, что требование Хисамицу создаст угрозу государству Мэйдзи, поэтому он тайно сотрудничал с Кацу-ра Хисатакэ и Сандзё, чтобы блокировать требование Хисамицу. Сайго все это очень не нравилось, поскольку он подозревал, что план Хисамицу — это всего лишь предлог отложить свой официальный визит в Токио.

Сайго считал, что Хисамицу не воспринимает серьезно приказы императора. Хотя Хисамицу в конечном итоге отказался от своего плана стать губернатором, он продолжал выступать против политики центрального правительства. Возражения Хисамицу варьировались от серьезных до мелочных. Он был возмущен тем, что новое правительство лишило класс дайме власти и упразднило традиционные разграничения между самураями и простолюдинами. Но он также протестовал против принятия западной одежды, не позволяющей четко отличать благородных людей от низкорожденных; против образования женщин, что он рассматривал как нарушение ортодоксальных правил; и против браков между простолюдинами и членами самурайского сословия, которые он считал скандальными.

Выпады Хисамицу углубили внутренний конфликт Сайго между его обязательствами перед императором и долгом перед Симадзу. Его положение усугублялось тем обстоятельством, что он начал почитать императора Мэйдзи с той же страстью, которую когда-то берег для Нариакира. Император, писал он в письме своему дяде от 11/12/1871, был энергичным, умным, прилежным и доступным. Сайго испытывал благоговейный трепет от того, что император три раза в месяц приглашал его с ним отобедать и обсудить политические вопросы. «Его величество полностью отказался от высокомерных и властных манер [прошлого], благодаря чему господин и вассал теперь имеют возможность наслаждаться близкими, личными отношениями». Разумеется, Сайго изначально был готов к тому, чтобы восхвалять нового японского монарха, но даже западные наблюдатели достаточно благосклонно отзывались о Муцухито.

Уильям Уиллис, британский хирург, который встречался с императором в 1872 году, отметил, что это «несколько холодный», но «вполне здравомыслящий человек». Однако для Сайго спокойствие и учтивость императора имели первостепенное значение, и он перенес на свои отношения с императором Мэйдзи идеализированную модель взаимоотношений между господином и императором, которую он описывал Кацура в 1869 году.

Внутренний конфликт Сайго усилился 6/1872, в ходе поездки императора по юго-западу страны. Сайго был членом большой свиты, и при других обстоятельствах визит императора в Кагосима мог бы стать звездным часом в его карьере. Вместо этого Сайго мучился из-за растущего напряжения между Хисамицу и императорским государством. 19/6/1872, за три дня до той даты, на которую был назначен визит императора в Кагосима, Сайго сломался. Отбытие императора из Кумамото было отложено из-за ошибки в расписании, и Сайго, стоя в императорской гостиной, публично отчитал будущего адмирала Кавамура Сумиёси за его некомпетентность. После этого Сайго перенес свой гнев на арбуз, который был выброшен в сад и разбит вдребезги. Император при этом находился поблизости, и, согласно легенде, его забрызгало соком арбуза, но это его не обидело, а скорее даже позабавило. Данный инцидент, момент проявления искренней лояльности, нарушивший размеренное течение замкнутой жизни императора, стал одной из самых любимых его историй.

Прибытие императорской процессии в Кагосима внешне прошло абсолютно гладко. 22/6 императора приветствовал пушечный салют и военный парад, после чего у него состоялась ничем не примечательная встреча с Хисамицу. На протяжении последующих десяти дней император посетил целый ряд местных достопримечательностей, среди которых были деревня, изготавливающая традиционную керамику, текстильная фабрика и медицинский колледж, которым руководил британский хирург Уильям Уиллис. Единственную проблему, судя по всему, создали капризы погоды, которая внесла некоторые изменения в протокол и задержала отбытие посольства. Но тем не менее 2/7/1872 император отбыл в Токио без всяких происшествий. Однако, в тайне от Сайго, 28/6 Хисамицу встретился с императорским придворным Токудайдзи Санэнори и передал ему свой меморандум, наполненный горькими обвинениями. Политика правительства, заявлял Хисамицу, своей «вызывающей бесцеремонностью» унижала императорское государство. Если ее оставить без изменений, то эта политика приведет к тому, что Япония станет колонией «варварских наций». Чтобы остановить эту катастрофу, Хисамицу советовал вернуться к традициям. Различия между людьми высокого и низкого происхождения необходимо сохранять, одежда должна быть строго регламентированной, а образовательные стандарты следует вернуть к традиционным.