Сайго одобрил реформы, но он стремился к военной деятельности. Весной 1869 года центральное правительство начало кампанию против последнего оплота военной оппозиции — самопровозглашенной «республики» Эномото Такэаки на Хоккайдо. Эномото, бывший морской офицер сёгуната, 8/1868 скрылся вместе с восемью боевыми кораблями и присоединился к северо-восточному союзу. После поражения коалиции северо-восточных княжеств он бежал дальше на север, на Хоккайдо, где оккупировал город Хакодатэ. 11/5/1869, после того как на севере страны закончилась весенняя распутица, правительство начало атаку на его силы. Сайго собрал войска и направился на север, чтобы принять участие в кампании. Но Эномото сдался уже на седьмой день, и Сайго прибыл после того, как война уже закончилась. Униженный и измотанный, он вернулся в Кагосима. Ожидавшие его там новости были совсем неплохими: 2/6/1869 центральное правительство назначило ему содержание 2000 коку, и это была самая щедрая в финансовом отношении награда за его службу императорскому двору. Однако ничто не могло развеять его горечи, вызванной тем, что он не успел принять участия в боевых действиях на Хоккайдо. Карьера Сайго, как солдата на службе у государства Мэйдзи, закончилась не так, как бы ему хотелось.

После возвращения в Кагосима Сайго сразу же направился на север, чтобы укрыться от жары и отдохнуть на горячих источниках в горах Миядзаки. Здесь он получил письмо от своего друга Кацура Хисатакэ, где тот сообщал ему о том, что собирается уйти в отставку из правительства княжества. Эта поразительная новость задела Сайго за живое, поскольку он сам испытывал двойственное отношение к своей общественной службе. Сайго упрекнул Кацура в вежливом, но достаточно откровенном письме от 8/7/1869. Сайго понимал, что Кацура болен, но он не считал, что данное обстоятельство может служить уважительной причиной для отставки. Сайго сам испытывал сильное недомогание: после пяти дней на водах у него поднялась температура и заболел живот. Затем у Сайго началась диарея, и его тело покрылось волдырями и сыпью. «Я испражняюсь двадцать четыре или двадцать пять раз в день, порою с кровью, но это совершенно не меняет мое настроение». Сайго настаивал на том, что пребывает в прекрасном расположении духа, поскольку эти симптомы всего лишь свидетельствуют о том, что горячие воды очищают его тело от всех болезней. Признавшись в том, что страдает от физической слабости, Сайго рассказал про свой глубокий внутренний конфликт и мучительную тоску по Нариакира:

«Однажды я был назван неверным вассалом и даже брошен в тюрьму, однако я проявил бы крайнее неуважение к своему покойному господину [Нариакира], если бы позволил себе там сгнить. Я думал, что если у меня появится шанс принять участие в великих делах государства и очистить себя от всех обвинений в неверности, то я скромно доложу об этом Нариакира в ином мире, закрою рот и больше не произнесу ни слова. Это была моя единственная забота, и с одной этой мыслью я служу своему господину Хисамицу. Однако нет никаких причин полагать, что господин и вассал будут испытывать одинаковые чувства любви и долга [дзоги по отношению друг к другу, и я служу [своему нынешнему господину, Хисамицу], основываясь на единственном слове: «долг». Разве ты не находишь оснований пожалеть меня [в этом затруднительном положении]?»

Излив душу Кацура, Сайго попросил его отложить свою отставку на два года и уйти позднее вместе с ним. «Ты знаешь, что твоя отставка из-за болезни окажет серьезное воздействие на общественное мнение в государстве [кокудзю, и если даже не учитывать данное обстоятельство, с твоей стороны будет просто жестоко оставить меня одного». Сайго буквально умолял Кацуро не уходить в отставку. Сайго находил детали административной реформы смертельно скучными, и перспектива работы в правительстве княжества без компании верного друга превосходила то, что он был способен вынести.

В основе страданий Сайго находилось его представление о службе самурая. Имея такую тесную связь с Нариакира, Сайго не хотел соглашаться на что-то меньшее, чем идеальные взаимоотношения господина и вассала: узы, сцементированные как глубокой личной преданностью, так и обоюдной верностью долгу, который Сайго называл дзоги. Большинство самураев жили и умирали, ни разу не удостоившись чести личного разговора с дайме, так что Сайго в этом отношении обладал уникальной привилегией. И вот, после того как он имел возможность наслаждаться кодексом жизни идеального самурая, Сайго не мог довольствоваться любыми другими, менее совершенными отношениями. Самурайский идеал Сайго не имеет аналога в современной западной культуре, но один аспект его кризиса полностью доступен для нашего понимания. Сайго не хватало страсти. Он перенес на правительственную службу те же самые двойственные, возможно противоречивые, ожидания, которые англо-американское общество теперь связывает с браком: любовь и долг. В современном идеальном браке супругов объединяет как глубокая эмоциональная привязанность, так и правовые нормы. Брак, который удерживается только за счет правовых санкций, обычно рассматривается как неудачный и пустой. Сайго связывал аналогичные ожидания с правительственной службой. Он не хотел служить исключительно по долгу верности. Сайго хотел служить, потому что он испытывает глубокое чувство. Удивительно, но Сайго не испытывал подобной проблемы в браке. Как всякий хороший самурай, он женился ради внешнего приличия и статуса. Сайго никогда не приходило в голову жаловаться на то, что он не любит свою жену. Жены должны быть послушными, и Сайго был вполне удовлетворен, как Ито исполняет свои обязанности. Сайго удовлетворял свою потребность в интимных чувствах за счет взаимоотношений с «Принцессой свиньей», и он открыто признавался в том, что любит эту гейшу, хотя их связь не имела социального статуса. Однако в политике Сайго хотел сразу иметь и чувство, и долг. Поэтому после 1869 года он писал о правительственной службе с тихим, но постепенно усиливающимся отвращением супруга, пойманного в ловушку брака без любви.

При поддержке Кацура Сайго сумел преодолеть свой эмоциональный кризис. Кацура согласился остаться в правительстве княжества и даже умер вместе с Сайго на склонах Сирояма через восемь лет. Сайго продолжал служить княжеству, хотя его мысли по-прежнему были сосредоточены на смерти и искуплении. Его страстное признание Кацура, по всей видимости, являлось катарсисом, и в последующих письмах Сайго проявляет большее хладнокровие. Как Сайго объяснил Окубо в письме от 3/8/1870, «теперь я преисполнен решимости развеять все сомнения Хисамицу [обо мне] или умереть», и эта решимость сделала его жизнь более легкой. Вместо того чтобы беспокоиться о будущем, Сайго теперь проживал каждый свой день так, словно он был последним в его жизни. Он отметил, что «поскольку теперь я уделяю внимание не более чем одной вещи за один раз, мне стало проще служить». Это был мрачный путь к душевному спокойствию, но он дал Сайго ощущение умиротворенности.

16/11/187 Cайго отметил трагическую дату, тринадцатую годовщину смерти Гэссе. Сайго давно переживал из-за собственного спасения, и эта годовщина, должно быть, возродила в нем старые тревоги. Свои мысли он изложил в памятном стихотворении:

Мы поклялись броситься вместе

в пучину вод.

Увы, кто мог знать, что мне суждено