Между тем беспорядки и не думали прекращаться – они лишь ширились. Началась забастовка железнодорожных рабочих, волнения перекинулись на соседние города. 2 апреля на почве продовольственного кризиса начались беспорядки в городе Рыбинске. События во многом напоминали ярославские – в продовольственный отдел явилась толпа крестьян из близлежащих деревень с требованием немедленной выдачи хлеба. К толпе присоединилась манифестация железнодорожников, враждебно настроенная к местному Совету. Свидетель сообщал: «Вся эта толпа направилась к Совету и к Старой Бирже, где находились склады муки. По отношению к отдельным деятелям Совета было применено грубое насилие; они были избиты. Затем толпа направилась к Старой Бирже, покушаясь разграбить мучные запасы. Назревала полная картина самосудов и погромов. В этот момент Красной армией была применена сила оружия и раздались выстрелы. Оказалось, что и железнодорожники запаслись на „всякий случай“ оружием и пулеметами. Началась форменная перестрелка, закончившаяся поздно вечером». Фактически в Рыбинске началось вооруженное антисоветское выступление.

На другой день, 3 апреля, Исполнительным Комитетом Советов г. Рыбинска было опубликовано следующее воззвание: «Товарищи и граждане! Контрреволюционные темные силы окончательно обнаглели. Примазавшись к демонстративному движению железнодорожников, требовавших освобождения из-под ареста М.Я. Михайлова, Левина и других, кучки разжалованных офицеров, студентов, помещичьих и купеческих сынков и прочей белогвардейской швали решили использовать момент и начать атаку против Советской власти. Через несколько минут движение переросло их инициаторов – меньшевиков и железнодорожников и приняло явный контрреволюционный характер. Потребовалось вмешательство вооруженной силы, чтобы спасти от самосудов толпы целый ряд членов Исполнительного Совдепа. Все громче и громче, смелее да смелее раздавались голоса, что пора уже окончательно расправиться со столь ненавистным для всей буржуазии и мародеров советом депутатов. Красными знаменами железнодорожников воспользовались все заклятые враги Революции, которые до сих пор и пикнуть не смели. Теперь эти черные гады вылезли из своих нор и пытаются задушить Рабоче-Крестьянскую власть. Но да не будет этого! Советская власть не допустит осуществления затаенных вожделений явных и скрытых контрреволюционеров». После этого последовала вполне недвусмысленная угроза: «Всякое скопление на улицах будет безжалостно рассеиваться пулеметным огнем».

Буквально за несколько месяцев в Ярославле советская власть успела полностью дискредитировать себя как идею, что было связано с бесконечными дрязгами, происходившими в местном Совете. Во-первых, революционеры (большевики и левые эсеры) выступали против реформистов (меньшевиков и правых эсеров). Последние контролировали профсоюзы и значительную часть активных рабочих. 9 апреля 1918 года они явились на заседание городского Совета с поддерживающими их рабочими и солдатскими депутатами и заявили о своих правах. Революционное крыло Совета отказалось признать полномочия вновь прибывших делегатов, а самих меньшевиков и правых эсеров едва ли не силой выгнали из состава Совета. После этого один из лидеров меньшевиков И. Шлейфер, переодевшись в солдатскую форму, проник в казармы 181-го пехотного полка и попытался поднять его на вооруженное восстание против советской власти, за что был тут же арестован и предан суду Военного трибунала. Это вызвало волну недовольства среди рабочих. В документах тех дней значилось: «Из доклада т. Петрова выясняется обстановка, при которой произошел арест Шлейфера. Когда т. Шлейферу было предложено дать подписку в том, что он не будет вести агитацию против Советов, он отказался, говоря, что не признает существующей власти. За это он был арестован. Но на другой день Губернский исполнительный Комитет счел возможным освободить его на поруки партии, пока пленарное заседание обоих Исполнительных Комитетов не разрешит этот вопрос. Целый ряд ораторов высказывается за то, что арест Шлейфера надо признать правильным, ибо, хотя Шлейфер, как меньшевик, и не выступает открыто с призывом против Советской Власти, он своей агитацией за учредительное Собрание, странными намеками на то, что Совет Народных Комиссаров выпустил три миллиарда не известно на что и другими недостаточными приемами, подрывает в массе доверие к Советам и способствует усилению Контр-Революции. Несколько иначе освещает этот вопрос т. Мусатов – он говорит, что массы поправели и этим объясняется успех агитации Шлейфера. Как чл. объединенной партии, Шлейфер не мог вести агитацию против Советов, как таковых, и веских оснований для ареста его нет».

Вторая линия конфликта проходила между большевиками и левыми эсерами. Однако при этом шла активная грызня и между самими большевиками, что больше походило на сведение личных счетов. Например, шла форменная война по вопросу о демобилизации ярославского гарнизона. Одни полагали, что демобилизация гарнизона привела бы к перегрузке расстроенного железнодорожного транспорта и возможному хищению военного имущества. Фракция левых эсеров и часть коммунистов губисполкома настаивали на скорейшем исполнении приказа. Фракция коммунистов Ярославского городского Совета решила приказа не выполнять, а потребовала переизбрания губисполкома. Начался острый и затяжной конфликт между партийными фракциями губисполкома и горисполкома со взаимными обвинениями в контрреволюционности и даже арестами отдельных лиц. «Коммунисты фракции губисполкома и городского комитета партии арестовывают друг друга», – писал в ЦК РКП(б) приехавший в то время в Ярославль С.М. Нахимсон, который должен был занять пост военного комиссара Ярославского округа. Форменная «дворцовая интрига» случилась, когда одна из фракций решила отставить с поста председателя губисполкома Доброхотова. Фактически ярославские скандалы, которые не прекращались ни на день, вызвали к жизни постановление о ревизии местных учреждений Российской Федеративной Советской Республики. На Высшую Советскую ревизию во главе с народным комиссаром М.С. Кедровым (опять же ярославцем), помимо ревизии военного хозяйства, возлагалось приступить к «выяснению дела, устранению беспорядков и преступлений, восстановлению нормального хода государственных [и] общественных дел, изобличению виновных» на местах. Первую остановку поезд М.С. Кедрова сделал в Ярославле 29 (30) мая, где он пробыл до 5 (6) июня, затем отбыл в Рыбинск, далее его путь лежал через Вологду.

О деятельности Советской ревизии в Ярославле и Рыбинске известно немного, в основном это приказы наркома М.С. Кедрова, опубликованные в ярославских «Известиях», данные в архивных документах, и незначительные ремарки в исторической литературе, посвященные этому вопросу. Установлено лишь, что правительственная комиссия произвела ревизию Ярославского военного округа. В приказе по итогам ревизии наряду с положительными сторонами отмечались серьезные недостатки и упущения в работе окружного военного управления. Однако правительственная комиссия занималась не только ревизией военного хозяйства, но и вопросами партийной и общественной значимости, состоянием работы советских учреждений, рассматривала заявления. Поэтому поступившей в Высшую Советскую ревизию жалобе рабочих фабрики Сакина (название фабрики по фамилии ее бывших владельцев) на компанию Н.Ф. Доброхотова, пьянствовавшую у директора этой фабрики, вместо того чтобы выяснять и улаживать имевшиеся на фабрике производственные конфликты, придали особое значение. Помимо Н.Ф. Доброхотова назывались Ф.М. Горбунов и Ф.Ф. Большаков. Доброхотов был отстранен от должности председателя губисполкома, но оставался в качестве его члена. По рекомендации наркома, 10 июня губисполком временно возглавил Сырнев, ранее занимавший довольно скромную должность в финансовом отделе. Он был скорее техническим работником, а не политиком, и в данный момент устраивал почти все конфликтующие стороны. На Сырнева возлагалась задача – провести подготовку к губернскому съезду Советов (его открытие готовилось на 1 июля) и не допустить усиления конфликта между большевиками и левыми эсерами, которые 20 июня провели свой II (крестьянский) губернский съезд Советов, не признанный большевиками. 7 июня 1918 года, после отставки Н.Ф. Доброхотова с поста председателя губисполкома, на заседании городского комитета РКП(б) рассматривался вопрос о кандидатах на замещение этой должности. Обсуждались две кандидатуры, в их числе Ф.Ф. Большаков. В ходе прений выступавшие высказывались против его кандидатуры, так как он был «замешан в разных скандалах… Его политическое поведение тоже не соответствует тактике большевиков. Не замечено за ним выдержанности и стойкости по отношению к партии коммунистов» (Г.И. Петровичев). Отмечалось, что «авторитет Большакова уже подорван в массах и поэтому нельзя выставлять его кандидатом».