Опыт, накопленный Прюцманом на оккупированной Украине, а также хорошее знание Восточной Пруссии, откуда он был родом, предопределили решение Гиммлера. После того как немцы были изгнаны с территории СССР, а сам Прюцман остался не у дел, рейхсфюрер решил поручить ему создание «Вервольфа». При этом, сохраняя свой полицейский пост в Кенигсберге, он освобождался от каких-либо других поручений и заданий. Строительство партизанского движения из состава СС началось с создания так называемого «Бюро Прюцмана», которое располагалось в предместьях Берлина. Позже оно переехало в Рейнсбург, бывшую резиденцию Фридриха Великого, находившуюся северо-западнее немецкой столицы. Но долго пребывать в этом замке Прюцману было не суждено. Почти сразу же он начал колесить по всей стране, осуществляя инспекторские проверки.

В «Бюро Прюцмана» числился штандартенфюрер СС Карл Чирский, который в свое время отвечал за восточное направление в СД. Он был одним из тех людей, которые разрабатывали операцию «Цепеллин» — неудачную попытку создания повстанческого движения в тылу Красной Армии. Теперь навыки Чирского должны были пригодиться при обучении «вервольфов». Перевод на новую работу был также предопределен тем, что в СД Чирский повздорил с командиром эсэсовского «спецназа» — Отто Скорцени. Это сделало отношения между РСХА и «Вервольфом» еще более натянутыми. Когда конфликт перешел все мыслимые границы, Чирского заменили бригадефюрером СС Вальтером Опландером, который курировал протектораты Моравия и Богемия (Чехословакия).

Главными сотрудниками «Бюро Прюцмана» были: бригадефюрер-СА Зибель, отвечавший за общие вопросы обучения и техническое обеспечение (Инспектор Т); штандартенфюрер СС Гюнтер Д'Альквен, в свое время курировавший в Ваффен-СС вопросы военной пропаганды на Восточном фронте (штандарт «Курт Эггерс»); штандартенфюрер СС Коттхаус, ведавший кадровыми вопросами. Весной 1945 года к ним присоединилась фрау Майш, которой было поручено обработать «женский компонент» «Вервольфа». Приблизительно в то же время в «Бюро Прюцмана» появился генерал-лейтенант Юппе, что ознаменовало начало сотрудничества «вервольфов» с армейскими частями. Взглянув на биографии сотрудников бюро, можно заметить, что большинство из них работало на «восточном направлении», а стало быть, изначально основные действия «вервольфов» должны были быть направлены против Красной Армии.

На местах отряды «вервольфов» организовывались в строгом соответствии с военным делением Германии на военные округа (веркрайзе). Но весь контроль над формируемыми группками партизан находился исключительно у эсэсовско-полицейских чинов. Именно они осуществляли полномочия, отведенные им Гиммлером как шефом немецкой полиции. Каждый из соответствующих эсэсовцев в рамках свого веркрайзе должен был самостоятельно заниматься вербовкой, обучением и внедрением групп нацистских партизан в тыл противника. В рамках сотрудничества с вермахтом Прюцман привлекал некоторых армейских офицеров, которые должны были заняться строительством гражданских структур «Вервольфа», как бы сосредотачивающихся вокруг «военного ядра». Для этого каждая гражданская структура (НСДАП, CA, гитлерюгенд) должна была назначить специальных окружных уполномоченных, которые в тесной связке с эсэсовцами должны были помогать в построении гражданской части «Вервольфа». Учитывая хаос, царивший в Германии в 1945 году, кажется маловероятным, что подобные уполномоченные лица были вообще назначены.

Система разделения «Вервольфа» по военным округам имела свои плюсы и минусы. С одной стороны, очевидным преимуществом являлась тактическая инициатива, которая позволяла импровизировать в соответствии с местными условиями. С этой точки зрения структура «Вервольфа» была начисто лишена стандартных клише, которые в тоталитарной системе были обыденным явлением. В условиях, когда Германия потеряла территориальную целостность, это обстоятельство очень помогло нацистским партизанам. Но, с другой стороны, можно заметить, что «Бюро Прюцмана» было фактически изолировано от принятия решений на местах. Учитывая конфликт на самом верху, где противоборствующими сторонами оказались руководство «вервольфов» и РСХА, деятельность отрядов нацистских партизан изначально была обречена на неорганизованность и хаотичность.

Как бы там ни было, но подобная система сначала применялась в приграничных областях, а потом постепенно распространялась внутрь Германии. На Восточном фронте подразделения «Вервольфа» были созданы осенью 1944 года. Вначале они получали инструктаж в родовом имении Прюцмана, находившемся в Восточной Пруссии. Именно в этой немецкой области впервые стали формироваться не только подразделения «Вервольфа», но и отряды народного ополчения — Фольксштурм. В это же время в Восточной Пруссии стали создаваться первые тайники, где находилось оружие, боеприпасы и трехмесячные запасы провианта. Один из первых отрядов «вервольфов», состоящий из девяти человек, возглавил сержант Юксдорф, завербованный из рядов Второй парашютно-моторизованной дивизии «Герман Геринг». Снабженная взрывчаткой, радиопередатчиком и десятью почтовыми голубями (!), эта группа должна была проникнуть на территории, контролируемые Красной Армией, и организовать из остатков немецких частей и гражданских добровольцев полноценный партизанский отряд. Последняя часть задания не увенчалась успехом. Этой диверсионной группе удалось отправить десять разведывательных сообщений и взорвать два моста, после чего они были уничтожены красноармейцами. Прюцман лично контролировал деятельность «вервольфов» в Восточной Пруссии, так как ему до сих пор продолжали подчиняться кенигсбергские эсэсовцы и полицейские. К этому добавлялась личная заинтересованность — как-никак малая родина. Именно здесь в некоторой мере себя оправдала идея Прюцмана относительно базирования «вервольфов» в замаскированных бункерах.

Южнее и западнее Восточной Пруссии отряды «вервольфов» сразу же столкнулись с проблемами. Не стоило забывать, что эти районы не были полностью заселены этническими немцами, что было еще одной существенной проблемой. На территории Польши эсэсовцы просто не успели создать немецкие партизанские группы. Поэтому пришлось довольствоваться услугами нескольких «фольксдойче», а также антисоветски настроенных польских и украинских националистов. Не имея специальной подготовки, эти группы были почти сразу же уничтожены.

Несколько удачнее дела шли в Силезии (военный округ VIII), где немецкий этнический компонент был всегда националистически ориентированным. Именно в этой области «вервольфы» проявили себе наиболее активно.

Один из главных факторов подобной активности заключался в том, что фельдмаршал Фердинанд Шёрнер, командующий армиями группы «Центр», был фанатичным нацистом и всячески помогал эсэсовцам в формировании партизанских отрядов. В январе 1945 года фронтовая разведка выделила подразделение капитана Кирна, который по просьбе Гиммлера вызвался обучить «вервольфов» тактике партизанских действий. Та же фронтовая разведка в изобилии предоставила «вервольфам» оружие, боеприпасы и медикаменты. По оценкам польских историков, только на территории Нижней Силезии действовало множество партизанских групп, которые насчитывали более тысячи «вервольфов».

В целом же на Восточном фронте планомерная подготовка тайников и опорных пунктов началась только в ноябре 1944 года. Сама деятельность групп «вервольфов» на всей протяженности фронта началась только в начале 1945 года. В большинстве своем эти акции были плохо подготовленными и больше напоминали жест отчаяния, нежели часть хорошо спланированной тактики. Действия разрозненных групп вряд ли могли остановить лавину Красной Армии во время зимнего наступления 1945 года. Фанатизм, который проявляли «вервольфы», подавлялся буквально на корню. Обе стороны вели ожесточенную борьбу. Вот несколько примеров. Восточнее местечка Нилькопп спецчасти НКВД блокировали в одной из пещер небольшую группу «вервольфов», которая насчитывала около десяти человек. На предложение сдаться «вервольфы» ответили ожесточенным огнем. После недолгой перестрелки группа была полностью ликвидирована. В Восточной Австрии, близ Буркан-Лайта, немецкие партизаны обстреляли советскую бронетанковую колонну. В ответ был открыт огонь из танковых орудий. Группа «вервольфов» перестала существовать буквально в считаные минуты. Западнее Венского Леса «вервольфы», облаченные в немецкую униформу, напали на роту красноармейцев. Все немцы были уничтожены.