Шпете в одном из своих отчетов предлагал построить один прототип с мотыльковым хвостовым оперением, но никто не хотел перечить авторитету Липпиша, который определенно был против такого нововведения. Поэтому продолжения эта история не получила.

21 февраля 1943 года в Пенемюнде Опиц впервые поднял в воздух Me 163В, оснащенный двигателем. Это был «холодный» двигатель R II-203, стоящий и на Me 163А. Двигатель поставили для того, чтобы выяснить летные качества машины в ожидании «горячего» R II-211. Двигатель установили на Me 163B (V8, VD+ER), который выступал в качестве предсерийной машины Me 163B-0, собираемых на фирме Klemm. Самолет нес 20-мм пушку — вооружение, надо признать, символическое.

Чтобы ускорить работу, к облетам «Кометы» подключили двух гражданских пилотов: Ганса Бойе и Бернхарда Гоманна. Оба пилота под руководством Опица прошли курс подготовки на Me 163А, а затем были допущены к рабочим полетам. В число их задач, в частности, входила калибровка махометра, установленного на Me 163А.

В апреле 1943 года опять начались споры вокруг аэродинамической концепции Me 163B. Снова бесхвостая схема подверглась критике. 14 апреля 1943 года в Берлине в DVL состоялось совещание, посвященное данной проблеме. После долгих споров было решено, что проект Me 163 зашел уже так далеко (70 самолетов на разных стадиях сборки, заказ еще на 200 машин), что прерывать его уже поздно. Кроме того, спорящие стороны приняли во внимание тот факт, что Me 163B прост в пилотировании, и в его конструкции широко используются материалы, не имеющие стратегической важности.

Разрушенный руль направления Me 163В (V18), преодолевшего 6 июля 1944 года скорость звука.

«Комета», подготовленная для транспортировки.

Отчет Шпете № 20 от 17 апреля 1943 года описывал дальнейшие работы по совершенствованию навигационного оборудования машины, полозьев и нового амортизированного кресла пилота.

Кресло создавалось по предложению врача, доктора Шнайдера, который лечил пилотов «Кометы» от травм позвоночника. Доктор Шнайдер был известным в Германии специалистом по авиационной медицине. Он предложил поставить на Me 163 анатомическое кресло со специальным амортизатором, поглощающим удары в момент касания земли. Тем самым создавался еще один барьер для ударов, не поглощенных амортизаторами посадочных полозьев. Конструкцию амортизатора кресла разработал инженер Лачер, взяв за образец амортизатор кресла на Volkswagen'e профессора Порше. Кресло установили на Me 163А, а амортизатор испытывался пилотами ЕК 16.

28 апреля 1943 года личный конфликт между Мессершмиттом и Липпишем вылился в разрыв. Abteilung L был расформирован. Основной причиной для разрыва послужило упрямое нежелание Липпиша установить на Me 163B обычный авиационный двигатель. Надо также учитывать, что сам Мессершмитт, имевший в своем портфеле два перспективных проекта Me 210 и Me 262, желал бы видеть Me 163 также своей разработкой, или не иметь к ней никакого отношения вообще. Липпиш вместе с несколькими своими сотрудниками, работавшими с ним вместе еще в DFS, перебрался в Luftfahrforschung Wien (Институт воздухоплавания в Вене), где продолжил работу над своими бесхвостыми машинами.

В мае 1943 года в RLM приняли решение о том, что фирма Klemm в Бёблингене закончит под руководством Вилли Мессершмитта первую партию «Комет», а затем продолжит выпуск этих самолетов уже самостоятельно. До этого времени на предприятиях Мессершмитта в разной степени готовности находились 23 «Кометы». Необходимо было освободить место для наращивания выпуска остро необходимых истребителей Bf 109 и Bf 110. 23 мая 1943 года из Рейхсминистерства пришло указание отстранить Клемма от руководства выпуском «Комет», а на его место назначить доктора Венца. Клемм, фанатичный пацифист, был против того, чтобы выпускающиеся его фирмой самолеты использовались в качестве боевых машин. Предельным компромиссом для него был выпуск учебных самолетов для люфтваффе.

Шпете в разговоре с новым директором предприятия получил заверение в том, что фирма готовится к выпуску самолетов. Завод № 2, находящийся на Зиндельфингерштрассе, должен был выпускать фюзеляжи и крылья, а выпуск других узлов планировалось наладить на других предприятиях: Flettner, Focke-Achsnels, Wolf Hirth, Shemp & Boser. Бронированный нос фюзеляжа делали румыны, бензобаки поставляло предприятие из Коттбуса (Хотебужа), а гидравлическое шасси — из Зонненберга. Окончательная сборка проводилась на заводе № 1 Клемма на Кальверштрассе. Как сообщал директор Венц, основную рабочую силу на заводе составляли девушки, угнанные из Советского Союза.

Шпете потребовал подготовить трех пилотов, которые должны были облетывать новые машины. Этими пилотами стали: Вуа, Першалль и Лам. Они проходили обучение в составе ЕК 16 летом 1943 года.

В то время несколько Me 163 без двигателей проходили испытания в Пенемюнде. Другие машины в это время летали в Регенсбурге: VI служил для испытаний тормозного парашюта, V2 — для наземных испытаний вооружения и других узлов, V3 — для испытаний двигателя на заводе Walter6 V4 с двигателем R II-203 — для испытаний радиооборудования в полете, V7 — для испытаний пушки МК 108, a V8 (также оснащенный мотором R II-203) летал в Пенемюнде, испытывая вооружение и радиостанцию.

Постоянная неопределенность с двигателем Вальтера заставила конструкторов Me 163 искать другие двигатели.

На Me 163B (V10) планировалось установить ракетный двигатель BMW Р.3330А. Этот двигатель был создан на фирме BMW в качестве альтернативы двигателю Вальтера. В реестре RLM баварский двигатель обозначался как RLM 109–510. Для Me 163C был создан вариант двигателя с двумя камерами сгорания (Р.339 °C/3391; RLM 109-708А). Тяга двигателя изменялась в пределах от 600 до 2500 кг.

На Me 163B V11 и V12 планировалось установить двигатель Argus 109–014, который позднее использовали на «Фау-1». Однако эти планы осуществить не удалось, и оба прототипа простояли без дела в ожидании лучшего времени.

24 июня 1943 года Me 163V21 (VA+SS) совершил первый полет с «горячим» двигателем HWK 109–509 (RII-211). Во время полета на прототипе не стояли ни закрылки, ни хвостовое колесо. Этот полет во многом определял дальнейшую судьбу проекта. В случае провала можно было ожидать свертывания всей программы.

Два снимка, иллюстрирующих способ перевозки «Кометы» в железнодорожном вагоне.