Вместо военных делами в Малороссии стали управлять канцеляристы. Генеральный писарь Иван Выговский взял все дела в свои руки и решил сделать Малороссию вассалом Польши и союзником татар. В этом имелась логика. Когда-то именно местная элита предала Западную Русь и кланялась то литве, то полякам. О духовных и материальных интересах «быдла» никто из казацкой старшины, естественно, не думал. Но народ стремился воссоединиться с Русью, где в малороссийских холопах видели единоверцев. По этой причине интриги мазеп и выговских терпели неизменный провал. Правда и то, что никому из русских царей не приходило в голову добровольно отдать хотя бы кусок малорусской земли.

В 1657 году поляки отбросили шведов. В борьбу против шведов на стороне Польши ввязались датчане и австрийцы. Речь Посполитая возродилась. В этом же году интриган Выговский повел дело так, что его избрали гетманом, а Юрась был смещен и удалился в Киевскую духовную академию, чтобы стать монахом.

Для начала Выговский уничтожил нескольких сторонников России, оклеветав их перед царем. К тому времени поляки окрепли, собрались силами и атаковали русских по всему фронту. Те стали терпеть поражения и вынуждены были помириться со шведами на условиях статус-кво. Речь Посполитая переиграла и шведов, и русских.

Дальнейшее известно. Выговский подписал с поляками т. н. Гадячский трактат, по которому часть Малороссии (без Волыни, Брацлава и Русского воеводства) превращалась в автономную область в составе Речи Посполитой. Одновременно новый гетман начал переговоры с крымским ханом о союзе. Мухаммед-Гирей IV счел это подарком судьбы и согласился не раздумывая. Выговский присягнул крымскому хану, то есть перешел в двойное подданство. Но всё это мелочи. Усиление России пугало всех ее врагов. В 1658 году Выговский и поляки заключили открытый союз. Гетман разгромил восставшую против него Полтаву и вместе с ляхами дважды осаждал Киев, но взять не смог. Татары нападали на окраины русских владений. Но что-то пошло не так. Значительная часть казаков взбунтовалась против Выговского и вновь выбрала гетманом Юрася Хмельницкого, который скинул иноческие одежды, вернулся в мир и подчинился царю Алексею.

Затем в Малороссию вступили войска князя Ромодановского. К нему сразу примкнула часть казаков. Выговский запросил мира и клялся в верности царю. Ромодановский отошел в Лохвицу, где ждал исхода переговоров между гетманом и московским правительством. Но Выговский хитрил, чтобы выиграть время. В декабре 1658 года он дождался подхода польских войск и крымцев и выступил против русских.

Царь послал на юг отборную дворянскую конницу во главе с князем Трубецким. Воевать со своими, русичами, никто не хотел, поэтому князю предписали сперва вступить в переговоры с Выговским. Это стало ошибкой: изменника следовало уничтожить. Трубецкой провел в переговорах больше месяца. За время переговоров гетман собрался с силами. Видя это, Трубецкой прекратил дипломатические маневры и осадил крепость Конотоп. Подошли войска других воевод: Ромодановского и Куракина, а также верные царю казаки. Осада продолжалась долго, за это время русским удалось взять несколько окрестных городов, включая Батурин и Нежин. Военные действия развивались в целом успешно для москвитян. Казалось, еще немного, и Выговский капитулирует. В этот момент стало известно, что крымский хан двинул в Малороссию крупные силы – примерно 30 000 всадников. Ордой руководил лично Мухаммед-Гирей IV. К нему присоединились войска Выговского и поляков – примерно 18 000 бойцов. Русских под Конотопом было всего 24 000, то есть противник превосходил их вдвое.

Развернувшееся сражение было трагическим для россиян. Татары заманили в засаду дворянскую конницу и рейтар (6000–7000 воинов), на которую обрушился хан с главными силами. Части дворян удалось прорваться, остальные погибли. В этот момент на поле боя явился Выговский. Русские стали медленно отступать к переправе на реке Куколке. Правда, солдаты гетмана дрались плохо, полки Трубецкого контратаковали и продолжали отход. Наконец, царский воевода собрал остатки войск в укрепленном лагере, который окружили татары и казаки. Выговский пошел на штурм, но был отбит, причем его войска бросились бежать, а русские пошли в контратаку. Отступили и татары. Трубецкой решил отступить к реке Сейм и соорудил гуляй-город, под защитой которого начал медленный отход. Татары и казаки несколько раз атаковали, но понесли огромные потери – примерно 6000 воинов. Трубецкой вывел остатки своих отрядов из-под удара. Современные украинские националисты, впрочем, превратили битву при Конотопе в миф о грандиозной победе малороссийского оружия, хотя если кто и может гордиться победой, так это крымцы.

Последствия сражения были скверные: южнорусские волости остались без защиты, и Мухаммед-Гирей IV тотчас этим воспользовался. Крымские загоны разграбили земли вплоть до Воронежа, уведя в полон 25 000 человек. Они обошли землю Войска Донского и атаковали Слободскую Украину и прилегающие районы России.

Набрав добычи, Мухаммед возомнил себя суверенным правителем, но в Османской империи к этому времени закончился кризис. К власти пришли энергичные везиры из албанского семейства Кепрюлю и сумели привести в порядок внутренние дела. Во внешней политике везиры главное внимание сосредоточили на Балканах. В 1657 году они начали войну с Трансильванией. Трансильванское княжество в годы нестабильности вышло из-под контроля османов и расширило территорию. Князь Дьердь Ракоци пытался даже занять польский престол и вел переговоры на эту тему с Богданом Хмельницким. Это переполнило чашу терпения османов; везир Мехмед Кепрюлю вторгся в княжество и сместил Дьердя. Ракоци сражался два года с превосходящими силами врага и наконец умер от ран, полученных в одном из сражений (1661). От Трансильванского княжества османы отделили значительную часть территории. Кое-что перепало и Габсбургам. Это венгерское княжество превратилось в небольшое владение, полностью зависимое от турок. Больше того, множество венгров было вырезано, и их место заняли румыны, бежавшие с юга. Трансильвания румынизировалась.

Но борьба продолжалась. Один из офицеров Ракоци, Янош Кемень, поднял восстание против турок. Австрийцы послали на помощь трансильванцам корпус под командованием генералиссимуса Монтекукколи. Однако вскоре он вернулся в Австрию в результате политических интриг османов, которые заверили, что не собираются присоединять к своей империи всю Трансильванию. Кемень погиб (1662). Тем временем хорватский бан Миклош Зриньи развязал пограничную войну с турками. Так как Зриньи был австрийским наместником, османы развязали полномасштабную войну против Габсбургов. В 1663 году османы собрали 100 000 воинов и бросили их на Венгрию. От крымского хана падишах потребовал участия в этом походе. Причем соответствующий приказ был составлен сухо и унизительно, без обычных цветистых комплиментов. Хану дали понять, кто он такой. Мухаммед-Гирей IV отказался воевать лично, но отправил в поход своих сыновей Ахмеда и Мухаммеда, а с ними – 20 000 татар и казаков.

Хан больше не участвовал и в войнах за Малороссию, хотя и следил за ними. Взаимно ослабленные поляки и русские сражались между собой. В 1660 году воевода Шереметев вместе с Юрасем Хмельницким выступил в поход на Львов, но проиграл битву с татарами и поляками под Чудновом и попал в окружение. Одним из виновников поражения был Юрась, который в решающий момент переметнулся на сторону поляков. Шереметев капитулировал, часть его армии оказалась в плену и была угнана в Крым. На севере, в Белоруссии, потерпел поражение от поляков другой воевода – князь Хованский. Однако левобережная часть Малороссии упорно хранила верность царю. Разгорелась двухлетняя война между казаками, причем Юрась Хмельницкий сперва потерпел сильное поражение от царских и казацких войск. Тогда Юрась позвал татар и добился успеха, разгромив под Бужином царских воевод и соперников-казаков. Русские потеряли в этом сражении 300 человек, потери казаков с обеих сторон были выше, из чего можно заключить, что перед нами не большие сражения, а мелкие схватки.