Никогда еще вопросы религии не вызывали столько разногласий. Некоторые говорили, что герцог Сомерсет зашел слишком далеко, другие, наоборот, жаловались, что принятых мер недостаточно. Признаки религиозных противоречий можно найти и среди членов королевской семьи. Эдуард проповедовал «душевный мир и покой», предпочитая его измененной религии, и начал даже писать трактат на французском языке о верховенстве папской власти; в то же время его старшая сестра Мария четыре раза в неделю посещала мессы. В церквях между разными группами — консерваторами и реформаторами — возникали стычки. В одной церкви отдавали предпочтение римским обрядам, в другой следовали Женеве, тогда как в соседних церквях могли отправлять службы, как в Цюрихе или Виттенберге. Широко тиражировались сатирические стихи, высмеивавшие и консерваторов, и реформаторов. Один из таких памфлетов носил название «Бей папистов! Написано мною, Гансом Гэтприком», а другой вышел в печати как «Балет, провозглашающий падение вавилонской блудницы, под заглавием „Привяжи кобылу, озорник“».

Согласно сообщениям церковных старост Станфорда в Вейле (тогда Беркшир), те годы стали «временами раскола, когда государство отделилось от католической церкви» и «все богоугодные церемонии и благие обряды были из церкви изъяты». Приходской священник Эдвик-ле-Стрит в Донкастере писал, что в молебственные дни перед Вознесением «по полям не совершали крестного хода, а жестокосердые тираны со злобою низвергли все кресты, стоявшие на открытой местности». В одной из школ Бодмина в результате ряда искусно проведенных битв мальчики разделились на враждебные группы «старой» и «новой религии». Когда же им удалось с помощью пороха взорвать теленка, вмешался школьный учитель со своими розгами. Общественный и религиозный порядок нужно было поддерживать любой ценой. В церкви Святой Марии Вулнот тринадцатилетнего мальчика высекли нагим; его проступок заключался в том, что во время мессы он бросил свою кепку в Святые Дары.

Поэтому весной 1548 года деятельность проповедников запретили, кроме тех, которые получили специальное разрешение. Это было сделано, чтобы усмирить «нерассудительных, вздорных, ожесточенных и несдержанных» людей, которые вечно подливали масла в огонь религиозной вражды. Однако даже таких мер оказалось недостаточно, и в конце того же года проповеди полностью прекратились. Единственное исключение было сделано для консервативного епископа Винчестерского Стивена Гардинера. Его выпустили из Флитской тюрьмы, взяв обещание, что он станет придерживаться новой религиозной системы, и едва епископ успел вернуться в свой дворец в Саутуарке, как получил известие, что должен выступить перед королем. Его попросили зачитать вслух и одобрить ряд пунктов относительно недавних религиозных изменений. Другими словами, епископу приказали дать публичное согласие на уничтожение образов и проведение двойного причастия.

Он отказался, ответив, что такая проповедь «напоминает урок для заучивания». Вследствие этого епископа Винчестерского вызвали в суд, где регент пригрозил лишить его сана за неповиновение королю. Стивен Гардинер немного смягчился, согласившись сочинить проповедь, которая затрагивала бы вышеуказанные предметы. Он дал согласие прочесть проповедь в День святого Петра, 29 июня, но накануне днем получил записку от регента, в которой тот запрещал ему упоминать о доктрине пресуществления. И, уже собираясь отправить капеллана с устным ответом, епископ внезапно передумал. «Не ходите, — остановил он капеллана. — Уверяю вас, я отлично справлюсь».

На следующий день епископ занял новое место для проповедей — открытую кафедру в личном королевском саду дворца Уайтхолл. Юный король сидел у окна галереи, откуда открывался хороший обзор, а в саду собралась «такая публика, какую едва ли видывали ранее». Все желали услышать о примирении епископа с переменами в религиозной системе. Он же начал свою речь со слов: «Я открыто провозглашу, что думаю о состоянии англиканской церкви на сегодняшний день, о том, насколько оно мне нравится, и о своем мнении по этому поводу». Заявление это было в определенном отношении неоднозначным. Скрепя сердце епископ согласился с отменой поминовений, считая, однако, что все же следует молиться за усопших. Он признал, что обряды и церемонии — по сути «вещи незначительные», поэтому он не имеет ничего против реформ, будучи тем не менее убежден, что священники должны соблюдать обет безбрачия. Несмотря на приказ регента избегать темы пресуществления, епископ подтвердил силу таинства фразой «Сие есть тело Мое».

По окончании проповеди Стивен Гардинер с «тихой радостью» отправился обратно в Саутуарк на своей барже. Когда до его капеллана дошел слух о скором заключении епископа в Тауэр, тот ответил, что «это лишь сказки, ведь едва ли он когда-либо в жизни доставлял тайному совету такое удовольствие». На следующий день его арестовали по обвинению в «умышленном неподчинении» и отправили в лондонский Тауэр, где продержали в строгом режиме следующие пять лет.

Даже в гуще подобных противоречий герцог Сомерсет был занят Шотландией. В начале 1548 года он издал «послание или наставление» шотландскому народу, призывая закрепить братские узы на основе общих интересов и «единого языка на одном острове», который, как прежде, должен носить «старое нейтральное имя Британия». Герцог вновь настаивал на заключении брака между Эдуардом и Марией в качестве основания для подобного объединения, шотландцы же вновь его не послушали. Поэтому подтверждение сведений о запланированной помолвке шотландской королевы Марии с дофином, старшим сыном короля Франции, стало настоящим ударом. Так началась государственная карьера юной принцессы, чья непростая жизнь в последующие тридцать девять лет бросила тень на дела Англии. По слухам, даже в десятилетнем возрасте Мария обладала «духом столь высоким и благородным, что выражала сильнейшее неудовольствие, если с ней обращались уничижительно». Мария де Гиз, вдова Якова V, стала фактически регентом Шотландии на время пребывания дочери во Франции, где юную девушку должны были воспитывать вместе с будущим мужем. Теперь на северных границах Англии ощущалось тягостное французское присутствие.

Французский король все еще хотел вернуть Булонь, однако решительная победа войск герцога Сомерсета в ущелье Пинки его остановила. Вдобавок в интересах Англии было избежать войны с Францией, поскольку любая военная кампания повлекла бы за собой неподъемные затраты. В феврале 1548 года юный король Эдуард благосклонно принял французского посла в Гринвиче, где проводилась учебная осада; для удобства общения они говорили между собой на латыни. Четыре месяца спустя французский отряд высадился в Лите, чтобы помочь шотландским союзникам. В районе города Хаддингтон в Восточном Лотиане было проведено несколько атак и контратак, однако стороны избегали масштабных сражений. Присутствие французских войск на шотландской земле раздражало, подчеркивая недостатки политики герцога Сомерсета, который предполагал усмирить шотландцев путем создания военных гарнизонов.

Младший брат регента барон Томас Сеймур продолжал вынашивать планы собственного возвышения. Новые доказательства их несостоятельности появились в то время, когда молодая леди Елизавета вошла в дом Екатерины Парр. Хотя девушке на тот момент было всего четырнадцать, столь юный возраст ничуть не смущал человека, с удовольствием признававшего себя ее «отчимом». Он мог войти к ней в спальню в одной ночной сорочке и домашних туфлях и устроить игривую потасовку, хлопая девушку по спине или ягодицам. Очевидно, привлекательный лорд-адмирал вскружил принцессе голову. Говорят даже, что Екатерина Парр в конце концов застала их в объятиях друг друга и Елизавете пришлось покинуть дом. Когда пошли слухи, что принцесса носит под сердцем ребенка Томаса Сеймура, члены тайного совета были вынуждены опросить ее ближайшее окружение. И хотя сообщения оказались ложными, иностранные послы не упускали возможности поделиться пикантными подробностями жизни дочери Анны Болейн. Эта история способствовала значительному росту естественной осмотрительности и скрытности Елизаветы.