Связавшись с Брюсом Маккензи, израильтяне попросили его убедить президента Джомо Кениата предоставить территорию Кении в качестве плацдарма для подготовки антитеррористической операции. Дело в том, что тяжелые военно-транспортные самолеты на своем горючем могли достигнуть только самой Уганды, однако на обратном пути им требовалась дозаправка. Такое разрешение было получено от кенийских властей, но при одной оговорке: вся операция должна быть обставлена как обычная дозаправка самолетов, зафрахтованных авиакомпанией «EL-AL». Таким образом, пусть даже формально будут соблюдены все международные юридические нормы, что позволит Кении отмежеваться от высадки израильского десанта в угандийском аэропорту Энтеббе.

В четверг 1 июля сотрудники «EL-AL» наконец-то смогли установить точные списки израильских пассажиров, в то злополучное воскресенье поднявшихся на борт угнанного французского авиалайнера. Сотрудники израильской службы безопасности ШАБАК тут же навестили родственников заложников и убедительно попросили их сохранять в строжайшей тайне то, что их близкие удерживаются в Уганде. Израильские спецслужбы небеспочвенно опасались, что у заложников в Израиле и за рубежом могут оказаться высокопоставленные, весьма влиятельные родственники, что еще более усложнит ситуацию, поскольку террористы получили бы дополнительное преимущество. За рубежом, как и в самом Израиле, у палестинских террористов было достаточно глаз и ушей. Поскольку в демократическом обществе пресса практически не контролируется органами государственной безопасности, самой незначительной утечки информации было вполне достаточно, чтобы она попала на страницы газет.

Подобная тактика, предпринятая сотрудниками ШАБАК, как нельзя лучше оправдала себя в последующие дни. Так выяснилось, что среди заложников находилась некая Нили Толифман, единственная дочь Йосефа Толифмана (Joseph Tolifman), директора израильского ядерного центра в Димоне. Террористы даже не догадывались, какая «козырная карта» находится в их «прикупе». Дочь одного из самых засекреченных людей Израиля. Жутко даже подумать, каковы могли быть последствия, если бы эта информация каким-либо образом просочилась к террористам.

Срок ультиматума, выдвинутого угонщиками самолета, подходил к концу. Никто не мог с полной уверенностью сказать, как поступят террористы после того, как израильское правительство откажется немедленно выпустить на свободу 40 палестинских заключенных. Были все основания полагать, что террористы, желая продемонстрировать всему миру серьезность своих намерений, по истечении срока ультиматума выборочно казнят нескольких заложников. Чтобы выиграть еще немного времени, 1 июля 1976 года в 13:00 премьер-министр Израиля Ицхак Рабин заявил о том, что его правительство готово пойти на обмен заложников и вступить в прямые переговоры с угонщиками самолета.

Но те, кто принимал решения, прекрасно отдавали себе отчет, что о переговорах с террористами не может идти и речи. Хотя версия обмена заложников на осужденных террористов теоретически рассматривалась, но как самая крайняя мера.

В пятницу 2 июля полковник Эхуд Барак неожиданно был вызван в канцелярию начальника Генштаба. Услышанное потрясло Барака до полной потери речи. Как оказалось, после того, как из Кении пришел положительный ответ, Мота Гур решил отстранить Барака от операции и специальным рейсом отправить его в Найроби, чтобы подготовить прием военно-транспортных самолетов. Дальнейшая разработка антитеррористической операции взваливалась на плечи командира «Сайерет Маткаль» подполковника Йонатана (Йони) Нетаньяху. Между Эхудом Бараком и Мота Гуром произошел неприятный разговор. Забыв о субординации, полковник Барак в довольно грубой форме настаивал на том, что именно он должен возглавить десант, поскольку в Израиле на тот момент не было ни одного человека, имевшего за плечами такого количества спецопераций подобного рода. В свою очередь начальник Генерального штаба аргументировал свое решение тем, что Барак был посвящен во все детали предстоящей операции и, если она по каким-то причинам пойдет не в том русле, именно ему придется организовать высадку десанта с территории Кении. Учитывая боевой опыт Барака, по мнению Мота Гура, ни один человек не сможет справиться с этой задачей лучше, чем он. К тому же на его отстранении от операции продолжал настаивать непосредственный начальник Барака, руководитель военной разведки «Аман» генерал Шломо Газит (Shlomo Gazit). Поскольку полковник Эхуд Барак занимал пост начальника оперативного отдела «Амана» и был человеком более чем информированным, его пленение могло бы стать настоящей катастрофой не только для внешней разведки, но и для всей системы обороны государства Израиль.

Так или иначе, но уже через два часа после натянутого разговора с начальником Генштаба полковник Эхуд Барак летел спецрейсом в Найроби. Рядом с ним в транспортном «Боинге-707» находился передвижной госпиталь с полным составом врачей и фельдшеров, а также несколько десятков оперативников «Амана» и «Моссада».

В связи с тем, что весь радиоэфир прослушивался, перед вылетом спецрейса в Кению офицер «Амана» Гади Зоар, входивший в группу планирования операции, договорился с Бараком о секретных кодах, которые не вызвали бы подозрения как угандийских спецслужб, так и самих террористов. Глава правительства получил код «тесть Аврамеле», поскольку зятем Ицхака Рабина был Авраам Бен-Арци. Сама же операция «Шаровая молния» проходила под кодом «бармицва».

Тем временем черные агенты, нанятые Брюсом Маккензи, нелегально пересекли угандийскую границу и проникли на территорию аэропорта Энтеббе. Сейчас информация лилась плотным потоком. Израильским пилотам крайне необходимо было изучить разметку взлетно-посадочных полос аэропорта, чтобы осуществить посадку многотонных воздушных транспортов в ночных условиях. Сотрудники «Моссада», не без помощи Брюса Маккензи, через третьих лиц установили контакты с представителями Восточноафриканского управления гражданской авиации. Диспетчеры и технические работники управления, хорошо знакомые с повседневной жизнью аэропорта Энтеббе, сообщили сотрудникам «EL-AL» массу полезных сведений, не догадываясь о жизненной важности выдаваемой ими информации. Сам Брюс Маккензи на своем личном маленьком спортивном самолете 3 июля сделал несколько вылетов, сфотографировав для израильской внешней разведки аэропорт и его окрестности. Снимки, предоставленные Брюсом Маккензи и черными агентами, были бесценны. Ознакомившись с фотоснимками Брюса Маккензи, Эхуд Барак вздохнул с облегчением. На пути между местом посадки военно-транспортных самолетов и старым пассажирским терминалом нет никаких препятствий. Тут же полковник Эхуд Барак передал в Тель-Авив шифрованное послание:

«…Вещи, которые просил тесть Аврамеле, по дороге к тебе. Нет никаких проблем. Можно делать бар-мицву…»

Одним из наиболее важных этапов подготовки антитеррористической операции стал полет майора Амирама Левина и генерала запаса Рехавама (Ганди) Зеэви в Париж, для того чтобы встретиться с освобожденными иностранными заложниками. Выполняя распоряжение заместителя начальника оперативного отдела «Амана» полковника Барака, майор Амирам Левин должен был собрать самую свежую информацию. В конечном итоге именно результат этой секретной миссии склонил премьер-министра Ицхака Рабина отдать приказ о начале высадки десанта.