Фатально пострадать Филарет не спешил. Он выжидал до конца года, когда хаос в Тушинском лагере стал достаточным, чтобы начать тайные переговоры с осадившим Смоленск Сигизмундом III, королем польским и великим князем литовским. В январе 1610 г. в польском лагере под Смоленском посольство во главе с родственниками жены Филарета Салтыковыми обсудило условия приглашения на московский престол королевича Владислава, сына и наследника короля Сигизмунда. Поставленные Филаретом условия сохранения православной веры были приняты королём и сенаторами. Об этом Сигизмунд известил "патриарха" грамотой в феврале 1610 г. Однако уже 5 марта Тушинский лагерь исчез в огне, обитатели его разбежались по Руси, и хитрый план был на время забыт.

Филарет был захвачен поляками в плен, Несмотря на строгую охрану, митрополита по дороге к Смоленску освободили ратники царя Василия. Он прибыл в Москву, готовившуюся избавиться от власти Шуйского. Вскоре убийца первого и враг второго самозванца, во имя которого были пролиты реки крови, был свергнут в результате военного переворота. По иронии судьбы бояре, захватившие власть с обещанием выбрать нового царя "всею землею", прельстились именно кандидатурой Владислава, получив от поляков проект договора, который подготовил в Тушине "наречённый патриарх" Филарет…

Между тем патриарх Гермоген настаивал на избрании царя из русских, предлагая (кроме отказавшегося от этой чести князя Мстиславского) кандидатуры князя Василия Голицына или сына Филарета Михаила. Шансы 14-летнего Романова были велики, так что Филарет активно поддержал патриарха. Он даже агитировал с Лобного места против боярского замысла призвать Владислава. "Мне самому подлинно известно, вещал Филарет, — королевское злое умышленье над Московским государством: хочет он им с сыном завладеть, и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить!"

Правительство Семибоярщины превозмогло, и Филарет целовал крест Владиславу, хотя благоразумно не дал этого сделать сыну, отговорившись его "малолетством". Это, по мнению современников, спасло страну позже, в 1618 г" когда Владислав с армией шёл на Москву. Но пока, в 1610 г., самые опасные для Владислава люди — Василии Голицын и Филарет Романов — угодили в посольство по призванию королевича на московский престол. 7 октября 1610 г. послы прибыли под Смоленск. Гермоген верил, что Филарет нс отступит от жестких требований по охранению православия, внесённых в наказ послам по требованию патриарха и подкрепленных его грамотами.

Отец наиболее вероятного русского кандидата на престол (раз уж Голицын оказался во власти поляков) был менее всех склонен к компромиссам на переговорах с поляками. Он стоял насмерть за каждый пункт посольского наказа, выполнение которых лишало поляков надежд на расширение их веры и государства за счет России. Филарет (как, впрочем, и другие послы) наотрез отказался выполнять капитулянтские требования московских бояр, не санкционированные Гермогеном. Он не только не стал "клясться на королевскую волю", но заявил, что именно "патриарх у нас человек начальный, без патриарха теперь о таком великом деле советовать не пригоже!"

26 марта 1611 г. канцлер Лев Сапега обвинил послов, что они "поджигали народ к неповиновению и мятежу, возбуждали ненависть к королю". Под угрозой заточения от Филарета под Смоленском (как и от Гермогена в столице) требовали, чтобы он написал к участникам Всенародного ополчения, призвав их отступить от Москвы. Как и патриарх, митрополит предлагал полякам сначала утвердить договор, дав гарантии незыблемости православной веры и Российской державы, а также покинуть русские пределы. Только после этого он с чистым сердцем мог призвать русских сложить оружие и установить всеобщий мир. "Я всё согласен претерпеть, — отвечал Филарет на угрозы поляков, — а этого не сделаю, пока не утвердите всего, что вам подано в договоре!" Готовность Филарета принять муки и смерть за православную веру и Отечество была высоко оценена современниками и сказалась при избрании на престол его сына Михаила.

13 апреля 1611 г. слуги русских послов были перебиты, имущество разграблено, а сами они отправлены в заточение в Польшу Первое время Филарет был заключён во дворце Льва Сапеги, позже в Мариенбургской крепости. В его отсутствие Москва восстала против изменников и оккупантов — и была сожжена интервентами по совету засевших с ними в Кремле бояр. Московское государство и все его институты испарились с дымом грандиозного пожара. Весной 1612 г. "Совет всей земли", собранный Мининым и Пожарским, от имени представителей всех 50 уездов страны провозгласил в Ярославле создание нового государства, Великой России, главой которого может стать только всенародно избранный православный царь.

После избрания Земским собором и воцарения Михаила Фёдоровича в 1613 г. имя "митрополита Московского и всея России" "великого государя" Филарета Никитича поминалось в храмах вместе с именем царя и его матери, "великой старицы инокини Марфы Ивановны". Лучшие надежды Филарета сбылись. Сын его и жена правили царством, митрополит Крутицкий Иона лишь "соблюдал" патриарший престол к его приезду. Но все русские посольства, старавшиеся вызволить Филарета из плена, были тщетны. Только когда в 1618 г. войска королевича Владислава были отбиты от стен Москвы и убрались восвояси, поляки согласились на размен пленных.

1 июня 1619 г., пробыв в плену более восьми лет, Филарет был обменен на пленного командира польского гарнизона в Москве полковника Струся при речке Пляновке. 4-го числа царь, двор, духовенство и бесчисленные толпы народа встретили его под Москвой. А 24-го оказавшийся в столице в поисках милостыни Иерусалимский патриарх Феофан посвятил Филарета в сан Московского патриарха.

В особо торжественной процедуре избрания и доставления Филарета участию Иерусалимского патриарха придавалось большое значение, как будто Московский патриарший престол учреждался заново. Потеряв в пожаре 1620 г. ставленную грамоту от Феофана и русских архиереев, Филарет позаботился о получении нового документа с Востока и от членов русского Освященного собора.

В речи при доставлении на патриаршество Филарет заявил, что его сын является прямым наследником Ивана IV, Фёдора Ивановича "и прочих прежде бывших царей российских". Эта версия вошла в чины царского венчания следующих Романовых вместе с молитвой Филарета о "распространении" благочестивого Российского царства "до концов Вселенной".

Но прежде, чем собирать "расточённые" земли, семейству Романовых следовало позаботиться о преодолении последствий Великого разорения и Смуты. "Великий государь" Филарет вплоть до своей смерти выступал официальным соправителем сына. Немалое влияние на придворные дела оказывала и его жена, "великая старица" Марфа Ивановна. В ряде случаев, например, в вопросе о женитьбе Михаила, её воля оказывалась сильнее желаний мужа и сына.

Мероприятия по "исправлению" и "устроению земли" глава правящего семейства начал с созыва очередного Земского собора о насущных нуждах сословий: прежде всего об упорядочении налогообложения и защите подданных от "сильных людей" (1619). В следующем году патриарх советовался с царем, Боярской думой и купечеством об английской торговле, в 1521 и 1622 гг. — о войне с Речью Посполитой.