Однако Земские соборы использовались в основном для обсуждения предложений правительства и решения их — например, о начале войны с Польшей и Литвой — были необязательны. Филарет явно стремился изжить традицию сословного представительства в пользу своего рода патриархального абсолютизма. Земский собор при нём исчез на целое десятилетие и только после смерти патриарха вновь стал собираться часто.

Созвать Земский собор в ноябре 1632 г. Филарета вынудила острая нужда в деньгах для оплаты наёмных регулярных полков — ударной силы огромной армии, призванной отвоевать у Речи Посполитой русские земли, потерянные по Деулинскому миру 1618 г. Патриарх был инициатором объявления войны с нарушением договора, до окончания перемирия, но не смог добиться у народа деятельного сочувствия своему начинанию.

Крах затеи Филарета подтверждал для современников истину, что "клятвопреступлением не сотворить доброго дела". Поляки и литовцы, на которых напали в период их раздоров после смерти короля Сигизмунда III, объединились вокруг его сына Владислава. Они сражались храбро и получили помощь от Крыма. Россияне, несмотря на иллюзию их волеизъявления Земским собором, дали денег меньше, чем собирали по решениям соборов в тяжелейшие годы после Смуты. Многие русские воины бежали из полков; командовавшие полками воеводы не шли на помощь главной армии; царский двор не доверял её командующему. Славно начавшаяся война кончилась катастрофой.

Филарет скончался в тоске и печали, немного не дожив до позорной капитуляции русской армии под Смоленском в феврале 1634 г. Другие его мероприятия были успешнее, поскольку наиболее влиятельный из русских патриархов правил хотя и деспотично, но рассудительно и по-хозяйски благоразумно.

Патриаршая епархия была огромна. Судя по царской жалованной грамоте от 20 мая 1625 г., она охватывала более 40 городов с пригородами и уездами, от Москвы до Крайнего Севера и Сибири. Филарет пользовался в ней невиданной ни до, ни после него, даже при Никоне, архипастырской властью, в ущерб правам приказа Большого дворца и привилегиям духовенства, имевшего древние несудимые и тарханные грамоты. Это был оригинальный, но логичный ход в политике светских властей, издавна прибиравших к рукам судебные права архиереев (хотя тарханные грамоты выдавались даже в епархии Филарета). Права передавались не просто архиерею, а царскому отцу, склонному отождествлять интересы государства и государя, вполне естественно по традиции тех времён. Управлялась патриаршая епархия светскими лицами в патриарших приказах: Дворцовом, Казённом, Судном и Разрядном, — дублировавших в церковных владениях царские центральные ведомства-приказы.

Семейные чувства не мешали Филарету санкционировать создание "Сказания" о появлении патриаршества в России и поставлении на престол его лично, где носитель архипастырского сана живописуется представителем Бога на земле. Царь должен почитать патриарха не только "по родству", но прежде всего "по превосходящему святительству", гласит "Сказание". Филарет был, как никто, близок к такому положению. Тем не менее важные решения, например об учреждении Тобольской и Сибирской архиепископии, принимались "изволением" царя и лишь затем — "советом и благоволением" патриарха и Освященного собора (1620). Именно щедроты светской власти способствовали отправлению в Сибирь первого архиепископа Киприана, именно к царю он обращался за жалованием денег и земель учреждаемым им монастырям и церквам, за управой на воевод и служилых людей. Это была традиционная норма: забота о распространении, благосостоянии и защите Русской православной церкви изначально лежала на великих князьях и царях.

Патриарх взял на себя моральную поддержку христианизации Сибири и первым делом устроил в 1622 г. жестокую выволочку Киприану за "небрежение" исправлением погрязших в "скверных похотях" пастырей и паствы. Описание вольных нравов сибирских христиан любопытно, но деятельный архиепископ был обижен незаслуженно. Осознав это, Филарет сделал Киприана своим ближайшим помощником. По царской и патриаршей грамоте тот был вызван в Москву и произведен в сан митрополита Крутицкого (Сарского и Подонского). В Сибирь поехал в 1624 г. новый архиепископ Макарий с патриаршей "памятью" об управлении окраинной епархией и в особенности об обращении иноверцев в православие.

Киприан занял место митрополита Ионы, более шести лет до возвращения из плена Филарета управлявшего делами патриархии. Характерно, что патриарх долго не отстранял Иону, хотя немедля по прибытии в Москву отменил его суровый приговор книжным редакторам-справщикам Печатного двора Дионисию Зобниновскому с товарищами, внесшими якобы еретические исправления в Требник. Справщики были оправданы после прений на соборе русских архиереев в присутствии Иерусалимского патриарха и самого царя (1619). Но только в 1625 г., получив разъяснения от восточных патриархов, Филарет велел замарать в Требниках всех церквей слова "и огнём" в молитве на Богоявление, из-за которых разгорелся спор, и печатать книги без них. Рассудительность, осторожность в суждениях патриарх проявлял и в других делах.

Для понимания характера Филарета важно помнить, что соборно посрамленный Иона не претерпел гонений. В 1620 г. он заспорил с самим Филаретом, просвещённо не желая перекрещивать католиков при обращении их в православие. На новом соборе против Ионы патриарх обстоятельно доказывал, что "латиняне-папёжники суть сквернейшие и лютейшие из всех еретиков", перечисляя их "заблуждения" — в большинстве мелочные, не относящиеся к вере или вовсе чуждые католикам. В конце концов Иона зарыдал, покаялся и… был прощен! А настойчивый Филарет вновь созвал собор и утвердил правила перекрещивания "белорусцев" — подданных Речи Посполитой, которые, по его мнению, только "именуются православными". Под подозрением Филарета находились даже христиане русских земель, отошедших по Столбовскому миру 1617 г. к Швеции. Расследованием вопросов о вере и крещении католиков, протестантов и западнорусских православных патриарх со всей строгостью занимался лично.

Филаретом в этих странных сегодня решениях двигали не столько национальная или религиозная нетерпимость, как обычно считают, сколько представление о букве закона. Присоединившихся по его правилам к православию иноземцев, в том числе униатов, патриарх жаловал выше достоинства. Столь же формально Филарет относился к "литовским" (западнорусским) книгам. Они свободно распространялась до 1627 г., когда в "Учительном Евангелии" видного просветителя Кирилла Транквиллиона Старовецкого случайно и отчасти по недоразумению обнаружилась ересь. Царь и патриарх указали сжечь книги Транквиллиона и не покупать "литовских", т. е. белорусских и украинских, книг. Затем последовал указ постепенно заменять их в церквях русскими, но до тех пор разрешалось служить по литовским книгам (1628). При этом в Москве был ласково принят "литовец" Лаврентий Зизаний и в 1627 г. под редакцией Филарета издан его "Катехизис", послуживший предметом изрядных прений.

Обладавший большой библиотекой патриарх много потрудился над книгопечатанием, лично подбирая на Печатный двор редакторов-справщиков и даже участвуя в редактировании текстов. Для исправления книг совместным указом царя и патриарха по стране собирались древние пергаменные рукописи, положившие начало знаменитой Типографской библиотеке. Редактирование велось исключительно по славянским спискам книг, хотя часть справщиков, несомненно, знала греческий язык исходных церковных текстов.