Стабилизация фронта в Центральной Эстонии позволила советским войскам в значительной степени нейтрализовать деятельность лесных братьев в Северной Эстонии. Для борьбы с ними были направлены регулярные части НКВД и истребительные батальоны. Они формировались в основном из местного населения, а также из бежавших из оккупированной Латвии советских милиционеров и партийных работников277. Всего в истребительных батальонах насчитывалось до шести тысяч человек278. В ходе столкновений с лесными братьями погибло около двух тысяч человек.

В августе 1941 г. для обороны Таллина были созданы и два полка рабочего ополчения. В их составе находились преимущественно военнослужащие отступивших к Таллину истребительных батальонов. Боеспособность полков рабочего ополчения была низкой, их быстро разбили наступавшие германские войска. Полк рабочего ополчения был создан и в Нарве.

Советские власти уже 2 июля 1941 г. начали на территории Эстонии мобилизацию мужчин призывного возраста. Всего в РСФСР было отправлено около 32 тысяч человек279, но на фронт они отправлены не были: сталинское руководство после летней кампании 1941 г. небезосновательно не доверяло новобранцам из балтийских республик. В сентябре 1941 г. сформированные из эстонцев трудовые батальоны были переданы в подчинение ГУЛАГа НКВД280. По документальным данным, в них к осени 1942 г. умерло около 10 тысяч человек281.

К августу немцы вышли к Финскому заливу и отрезали Таллин от остальной части Эстонии. Военные действия на материковой части республики шли не очень интенсивно и продолжались целый месяц. Красная армия оставила Таллин 28 августа. С таллинского рейда в Кронштадт двинулся огромный караван, по разным данным, из 160–197 судов с десятками тысяч человек на борту. Переход был катастрофическим: корабли наткнулись на минные поля. К тому же со стороны Эстонии и Финляндии их обстреливали береговые батареи, бомбила авиация. «Посадка на корабли в Таллине была не организована, беспланова и настолько поспешна, что сейчас крайне трудно установить не только число и размещение отступавших по кораблям и погибших, но и убедиться в том, что из Таллина и островов эвакуированы все. Многие командиры не отрицают, а утверждают, что довольно значительная часть людей, особенно занятых баррикадными боями, осталась в Таллине… Непродуманность эвакуации приводила к тому, что приходилось бросать боевую технику и автотранспорт. Так, когда возникла необходимость эвакуировать личный состав и материальную часть 3-го и 4-го зенитных полков ПВО Главной базы КБФ, отличившихся в обороне Таллина, для погрузки подали не баржи, а транспорты, которые из-за мелководья не могли подойти к пристани ближе 1000–1500 метров. Поэтому почти всю материальную часть пришлось или уничтожить, или бросить. Из-за большой волны шлюпки за личным составом долго не приходили, хотя час отправления давно прошел» 282. Хаос, царивший во время эвакуации, подтверждают донесения участников тех событий: «Забытая группа бойцов, вплоть до 28 августа сдерживала натиск противника и ушла с позиций только тогда, когда стало известно, что все соседи и начальники ушли. Огромные толпы красноармейцев, краснофлотцев и командиров подвергались панике. Начальников не было. Большие толпы направились на прорывы (из разговоров мне известно, что многие из них вернулись, увидя транспорт на Купеческой пристани). Материальная часть орудий, приборов, автотранспорт, лошади и многое другое ценное имущество в огромном количестве осталось на пристани. Из разговоров известно, что часть л[ичного] с[остава] также осталась не погруженными»283. Возникшая в результате неразберихи паника, отсутствие твердого руководства эвакуацией приводили к тому, что на пристанях остались вооруженные толпы красноармейцев и краснофлотцев. Здесь же стихийно формировались отряды, которые уходили в Ленинград сушей.

Еще 22 августа 1941 г. советской контрразведкой был перехвачен подписанный 17 августа приказ Гитлера, требовавший уничтожения всего Балтийского флота на минно-артиллерийской позиции в районе средней части Финского залива. Эта задача возлагалась на береговые батареи, торпедные катера, подводные лодки и авиацию. Несмотря на имеющуюся информацию о планах врага, сколько-нибудь серьезного противодействия Красная армия и Балтийский флот оказать не смогли. Были кое-какие попытки траления мин в фарватере, но так как он не охранялся, немцы возвращались туда и устанавливали мины заново. Также очень остро сказывалось почти полное господство люфтваффе в воздухе284. Трагические итоги таллинского перехода оказались таковы: были потоплены 12 советских боевых кораблей (еще три серьезно повредили), 19 вспомогательных судов (еще четыре получили серьезные повреждения). Есть данные о гибели в общей сложности 53 судов285. В первые дни после прибытия в Кронштадт отсутствовала даже точная цифра кораблей, вышедших из Таллина: одни командиры называли 163, другие – 190 единиц. Людские потери также не установлены – никакого учета эвакуируемых, тем более поименных списков не велось – в хаосе отступления корабли наполнялись до отказа самими военнослужащими, членами их семей, просто мирным населением, не желавшим оставаться «под немцами». До сих пор называются цифры от 6 до 15 тысяч человек погибших286. По данным на 2 сентября 1941 г., было спасено 14 800 человек287.

В первые месяцы оккупации в Эстонии началось возрождение довоенных националистических партий. Была вновь воссоздана аграрная партия – «Отечественный Союз» («Исамаалиит»), являвшаяся единственной правящей партией до 1940 г. В нее ранее входили в основном крупные собственники земли, представители финансового капитала, военные и гражданские чиновники, владевшие лучшими участками земли, в числе которых были последний президент Эстонии К. Пятс и военный министр генерал Лайдонер. Именно из бывших членов «Исамаалиита», политиков времен Пятса, которые не были депортированы из страны при советской власти и в момент германского вторжения находились на территории Эстонии, образовалась группа во главе с бывшим председателем Государственного совета и последним премьер-министром независимой Эстонии Ю. Улуотсом. Впоследствии она была известна как «группа Улуотса». Свою программу сотрудничества с оккупационными властями «группа Улуотса» сформулировала на конференции в Тарту 27–28 июля 1941 г., на которой был принят меморандум с обращением к германскому правительству, переданный командующему группы армий «Север» генерал-фельдмаршалу В. фон Леебу. «Меморандум группы Улуотса» был составлен в довольно осторожных выражениях. В нем говорилось, что эстонцы готовы и дальше бороться «за окончательное освобождение своей страны от господства России и за освобождение 100 000 угнанных в Россию эстонцев»288 (в действительности эта цифра завышена почти в 10 раз289). С этой целью Улуотс выражал готовность восстановить эстонские вооруженные силы, но для проведения мобилизации просил воссоздать правительство независимой Эстонии. Будучи официальным заместителем президента Пятса, Улуотс считал себя последним конституционным главой государства. Поэтому он намеревался восстановить прежний государственный строй в Эстонии путем создания нового кабинета министров по «принципу преемственности». Такое правительство, по его мнению, должно было пользоваться полным доверием эстонского народа и могло бы гарантировать немецким властям любую помощь и сотрудничество290.