Итак, место для академии было выбрано, покупка Петровско-Разумовского у его последнего владельца, аптекаря П. А. Шульца, состоялась. В 1865 году был утвержден устав нового учебного заведения, названного Петровской земледельческой и лесной академией. На следующий год были прочитаны первые лекции. Странное это было заведение. Принимали в него всех желающих вне зависимости от образовательного уровня. Можно было слушать полный курс или посещать отдельные лекции – по выбору студента.

Прошедшим полную программу вручались дипломы на степень магистра или кандидата. Впрочем, из 1111 учившихся за 15 лет в академии студентов последнего звания удостоились всего 36 человек. Низкая эффективность учебного процесса заставила ужесточить устав. В 1878 году продолжительность курса была увеличена с трех до четырех лет, повышена плата за обучение, для поступления требовалось среднее образование, студент не мог сидеть в академии дольше шести лет. В 1883 году закрылось лесное отделение – для более точной специализации.

Но чтобы первые студенты уселись на скамьи академических аудиторий, следовало прежде всего приспособить усадебные строения для учебного процесса. Это непростое дело было поручено известному петербургскому архитектору Л. Н. Бенуа. Он составил проекты новых зданий и перестройки старых. В соответствии с ними под руководством москвича П. С. Кампиони в бывшей усадьбе развернулись строительные работы. Их общая стоимость достигла огромной суммы – миллиона рублей.

Л. Н. Бенуа. Главный учебный корпус Петровской земледельческой и лесной академии. 1864 г. Старая открытка.

Из всего богатого усадебного комплекса меньше всего повезло его основному элементу – главному дому. К середине XIX столетия он сильно обветшал. Поэтому Бенуа счел его приспособление под учебные нужды нецелесообразным. В соответствии с этим строгим, но справедливым заключением старый дом снесли до основания. При этом зодчий решил сохранить композицию усадьбы и главный учебный корпус запроектировал на его месте. Именно там было выстроено (возможно, даже с использованием части старых фундаментов) импозантное двухэтажное здание. Видимо, надеясь согласовать новое здание с окружающей его старой застройкой, зодчий в меру своих способностей попытался стилизовать его под елизаветинское барокко, но преуспел не слишком. Суховатый, хотя и довольно представительный фасад с центральным и двумя боковыми ризалитами лишь слегка оживляет чахлая башенка с часами. Несколько интереснее тыльная сторона, обращенная в парк, но и ее к шедеврам архитектуры отнести вряд ли удастся. От старого дворца сохранился небольшой корпус, стоящий к югу от главного здания, сильно перестроенный и особого интереса не представляющий.

Претерпели изменения и флигели. Во второй половине XIX века в ходе приспособления их под студенческие общежития они были надстроены вторыми этажами и лишились значительной части первоначального убранства. Одновременно срезали западный край южного флигеля, укоротив его на одну ось.

Среди других работ, выполненных Бенуа в Петровско-Разумовском, было и приспособление капитального здания оранжереи под академический музей и квартиры служащих. В результате его стараний возникло длинное двухэтажное здание, протянувшееся вдоль нынешней улицы Прянишникова. Высокий первый этаж отводился под музей, низкий второй был жилым, в подвале размещались печи.

К сожалению, это творение зодчего до нас не дошло. В полном соответствии с печальными традициями Дмитровского радиуса история академии также не обошлась без серьезного бедствия. 9 февраля 1880 года загорелся академический музей. Уже накануне некоторые обитатели квартир ощущали запах гари, а ночью в здании показалось открытое пламя. Учебное заведение располагало единственной пожарной трубой, которая, конечно, не могла справиться с пожаром. Пришлось посылать за помощью в Москву и лежащую в трех верстах деревню Миха́лково Москва на призыв не откликнулась, а прибывшей из Михалкова еще одной трубы не хватило даже на то, чтобы отстоять соседствовавшую с музеем оранжерею. О том, чтобы спасти сам музей, и думать не приходилось.

Все же огню не дали переброситься на главное здание, спасли также химическую лабораторию и лесной музей. Но даже эти достижения настроения академическому начальству не улучшили. В огне погибли музейные коллекции, собиравшиеся десятилетиями. Нанесенный ущерб простирался до полумиллиона рублей – деньги колоссальные для того времени. Величина убытков оказалась столь внушительной, что Министерство государственных имуществ направило для расследования причин пожара высокопоставленного чиновника. Следствие установило, что первичное возгорание произошло из-за избыточной топки печей, а распространилось пламя по трубам, которыми теплый воздух распространялся по музейным залам. По непостижимой глупости строителей эти трубы были сделаны из дерева!

Обгоревшее здание восстановили по проекту другого петербургского архитектора – И. С. Китнера, который постарался учесть все ошибки своих предшественников. Однако экспонаты музея были безвозвратно утрачены, и музей на свое прежнее место уже не вернулся.

В усадебный комплекс входила еще одна замечательная постройка, хотя и появившаяся задолго до его формирования. У северного торца господского дома, сильно выдаваясь на проезжую часть современной Тимирязевской улицы, стояла очень эффектная церковь Петра и Павла. Возможно, именно по ней и получила свое название усадьба Петровское. Выстроенное в 1691 году здание в стиле нарышкинского барокко представляло собой двухсветный четверик, несущий высокий и стройный восьмерик, увенчанный также восьмигранным барабаном с маленькой главкой наверху. Объемы были украшены богатыми белокаменными наличниками, гребнями карниза, колонками порталов. По общей композиции Петропавловской церкви был близок выстроенный несколькими годами позже Троицкий храм на Хохловке (Хохловской переулок, № 12), менее удачный в пропорциях и грубоватый в деталях.

Церковь Петра и Павла в Петровско-Разумовском. 1691 г.

Как и большинство московских культовых сооружений, храм в Петровско-Разумовском на протяжении своего существования претерпевал многочисленные изменения. В 1804 году к первоначальной небольшой трапезной пристроили обширный северный придел в стиле господствовавшего тогда классицизма. Спустя полвека спохватились, что пристройка не гармонирует с основным объемом, и произвели срочные исправления – навесили на окна придела наличники, почти точно повторявшие аналогичные детали самого храма. Видимо, в то же время появилось и странноватое крыльцо перед трапезной, выполненное в диковатом «русском», вернее, псевдорусском, тоновском стиле. Затем ликвидировали обветшавшее открытое, окружавшее храм гульбище. Вместо него в 1862 году выстроили новое, близкое по формам к прежнему.