Несмотря на эти критические замечания, преамбула завершалась положительной оценкой главных достижений института, что показывало несомненное несогласие членов комиссии с огульными обвинениями этого научного центра:

Комиссия пришла к однозначному выводу относительно будущего института:

Член Комиссии С. Н. Давиденков приложил 22-го июня к "Заключению" свое "Особое мнение" на двух страницах. Он возразил против недооценки практических успехов института, посчитал, что неправилен вывод комиссии о недоучете сотрудниками института влияния среды на реализацию генетического потенциала и что разрыв между успехами института в изучении антропогенетики и восприятием результатов практиками-клиницистами обусловлен плохим знанием практиками основ генетики.

В любом случае из знакомства с "Заключением" и "Особым мнением" вытекает непреложный вывод: ни члены комиссии, ни сотрудники института не предвидели трагической судьбы этого научного учреждения — его закрытия в самое ближайшее время, тем более, что Нарком здравоохранения страны был расположен благожелательно по отношению к институту.

Но через четыре дня, 26 июня 1937 года, Каминского арестовали. Это произошло на следующий день после того, как 25 июня на пленуме ЦК ВКП(б) он высказался против неоправданных арестов честных людей и против выдвижения Сталиным Л. П. Берии на пост руководителя НКВД. Каминский в 1920–1921 годах был секретарем ЦК КП(б) Азербайджана, а в августе 1921 года председателем Бакинского совета рабочих и красноармейских депутатов и знал Берию. Он резко отрицательно отозвался о новом ставленнике генсека, упомянув, что последнего подозревали в шпионаже в пользу Турции. По словам дочери Каминского её отец:

В воспоминаниях Н. С. Хрущева упомянут этот случай и сказано, что мгновенно после слов Каминского о Берии Сталин объявил перерыв, после которого Каминский навсегда исчез. В биографиях Каминского сказано, что он был арестован 26 июня 1937 года и на следующий же день послушый Сталину Пленум ЦК принял постановление "Исключить Каминского, как не заслуживающего доверия, из состава кандидатов в члены ЦК ВКП(б) и из партии".

Арест наркома ускорил принятие Сталиным решения о разгроме Института медицинской генетики. Всего девятью днями позже, 5 июля 1937 года, Левита сняли с поста директора института. Около полугода он оставался безработным и был вынужден отмечаться в милиции. Чтобы не пугать жену и дочь, он каждое утро "собирался на работу", уходил из дома и шел в библиотеку, чтобы читать новые научные журналы. Его арестовали в ночь с 10 на 11 января 1938 года, 16 мая 1938 года Сталин утвердил своей подписью распоряжение о казни ученого, 17 мая "тройка" приговорила его к смертной казни "за терроризм и шпионаж". Расстреляли Левита 29 мая 1938 года, а тело свалили в общую могилу в Бутово в пригороде Москвы.

Институт вскоре был официально закрыт. Первое время оставалась небольшая лаборатория во главе с Соломоном Наумовичем Ардашниковым (любимым учеником Левита), приписанная к Всесоюзному институту экспериментальной медицины, но большинство сотрудников первоклассного института было уволено. Вскоре была распущена и лаборатория Ардашникова. Фактом закрытия института и арестами сотрудников этого выдающегося научного учреждения (брата генетика Сергея Сергеевича Четверикова Николая Сергеевича, М. В. Игнатьева, В. П. Эфроимсона, А. Г. Андреса и других) Сталин доказал, что ему чужды научные интересы страны, его не волновал престиж советской науки на мировой арене и не интересовала личная судьба советских ученых.

Каминский был приговорён к расстрелу военной коллегией Верховного суда СССР 8 февраля 1938 года (Сталин поставил свою подпись на утверждении этого решения членами Политбюро) и был расстрелян через день. Было ему 42 года. Раковского арестовали 27 января 1937 года и расстреляли 11 сентября 1941 года по личному распоряжению Сталина в Медведевском лесу под Орлом без суда и следствия. Все обвинения против обоих невинных и заслуженных людей были расценены Военной Коллегией Верховного Суда СССР в 1955 году, после смерти Сталина, как фальсифицированные, и невинно осужденные были реабилитированы.