УФСБ обжаловало это решение в краевом суде, но в апреле 2000 г. Приморский краевой суд отклонил кассационную жалобу Управления ФСБ по Приморскому краю на решение суда Советского района Владивостока, который 11 февраля 2000 г. признал нарушения законов в действиях ФСБ при проведении "обследования" квартиры ученого. Сам Сойфер считал, что уголовное дело против него было возбуждено для того, чтобы отстранить ученого от участия в радиологической и экологической экспертизе бухты Чажма. Там, по его словам, бывшая администрация Приморского края намеревалась создать совместное предприятие с американским, российским и японским капиталом для переработки ближневосточной нефти с последующей продажей в страны Азиатско-Тихоокеанского региона, и работы Владимира Сойфера могли помешать осуществлению этого проекта.

В 1999 г. арестован Владимир Щуров, профессор Тихоокеанского института океанологии Дальневосточного отделения Российской академии наук (РАН), заведующий лабораторией акустических шумов океана. Инкриминируемые ему преступления: разглашение государственной тайны; дескать он передал Китаю секретные сведения о российских военных технологиях.

История его дела следующая. В августе 1999 г. Щуров был задержан на российско-китайской границе при попытке выехать в Харбин. Таможенники задержали созданные лабораторией Щурова акустические модули для телеметрической аппаратуры, вывозимые им для проведения совместных исследований с китайскими коллегами Харбинского университета. Сотрудники УФСБ по Приморскому краю сочли, что "система, созданная лабораторией акустических шумов океана, может использоваться как в мирных, так и в военных целях". Проведенная УФСБ экспертиза установила, что техника, созданная в лаборатории Тихоокеанского океанологического института, не имеет аналогов в мире, и отнесла ее к разряду государственных тайн. Все лаборатории, причастные к созданию системы, были опечатаны, документация изъята, договорные работы прекращены. Между тем лаборатория не имела военно-промышленной направленности и военных заказов. Из совместных с китайскими исследователями работ секрета не делалось. Все необходимые для этого документы были завизированы в соответствующих инстанциях, в том числе в ФСБ.

В свою очередь, представители УФСБ по Приморью заявляли, что ученые предоставили таможенным органам недостоверные данные о технических характеристиках приборов и что за некоторое время до этого у сотрудника лаборатории Юрия Хворостова, вылетавшего в Китай, были изъяты технологические чертежи, сокрытые под видом отчетов в научно-технической документации, а также переснятые на фотопленку, которая была вставлена в фотоаппарат под видом неэкспонированной, причем эти документы являлись государственной тайной. На этом основании ФСБ выдвинула обвинения против Щурова и Хворостова в незаконном экспорте технологий, контрабанде и разглашении государственной тайны.

В августе 2000 г. в своей квартире был найден повешенным 28-летний сын Щурова - Александр. Версии расходились: милиция утверждала, что это самоубийство, родители настаивали на том, что сына убили. Отец и мать Щуровы также сообщили, что уже позже они обнаружили пропажу лазерных дисков, на которых были зафиксированы все результаты работы отца и сына: итоги экспедиций, записи, чертежи и схемы.

После смерти сына Владимир Щуров заявил о своем желании покинуть Россию: "Нашу науку убивают. Утюг ФСБ - он выжигает все. И ситуация в стране такова, что здесь жить невозможно. Нас убивают… Убивают страну". Однако за границу Щурову уехать не разрешили, и после года следствия он был обвинен по ст. 188 (контрабанда), ст. 189 (незаконный экспорт технологий, научно-технической информации и услуг, используемых при создании оружия массового поражения, вооружения и военной техники) и части 2 ст. 289 (разглашение государственной тайны, повлекшее тяжкие последствия).

В результате с Хворостова прокуратура Приморья сняла все обвинения за недоказанностью, а Щуров в августе 2003 г. был признан виновным в разглашении государственной тайны, приговорен к двум годам лишения свободы условно и тут же амнистирован. Ни в обвинении, ни в приговоре не было указано, что именно разгласил Щуров. А во время слушаний судья взял за основу заключения экспертов из Министерства обороны, отказавшись выслушать мнение гражданских специалистов.

Вины своей Щуров не признал, но и не стал обжаловать приговор: "Я старый, больной человек. У меня нет на это ни сил, ни средств, ни здоровья. Я был готов к любому приговору. Трудно верить в закон, когда он не исполняется. Хорошо, что прокуратура проявила человечность и сняла большую часть обвинительных статей".

27 октября 1999 г. был арестован Игорь Сутягин, заведующий сектором военно-технической и военно-экономической политики Института США и Канады. Постановление о его аресте было вынесено через два дня: 29 октября 1999 г. Он обвинялся в государственной измене в форме шпионажа в пользу США (ст. 275 УК РФ), а именно в том, что за вознаграждение передавал в 1998-1999 гг. секретные сведения представителям военной разведки США Наде Локк и Шону Кидду, работавшим под прикрытием английской консалтинговой фирмы "Альтернатив фьючерс".

ФСБ России обвинила Сутягина по пяти эпизодам преступной деятельности. В частности, ему вменили в вину пять встреч с представителями иностранных спецслужб, в ходе которых он передал сведения по пяти темам. Эти сведения касались информации о ракете класса "воздух-воздух" РВВ-АЕ, и самолета Миг-29 СМТ. Кроме того, по версии следствия, Сутягин передал сведения о вариантах состава стратегических ядерных сил на период до 2007 г., о ходе реализации Министерством обороны планов по созданию соединений постоянной готовности, а также о составе и современном состоянии отечественной системы предупреждения о ракетном нападении. Также Сутягина обвиняли в том, что, являясь преподавателем Обнинского учебного центра ВМФ России, он выведывал у кадровых военных, обучавшихся в центре, секретную информацию для дальнейшей передачи иностранным резидентам. Сутягин работал в Обнинском центре с 1994 г., причем на общественных началах, не получая вознаграждения за свой труд. Первоначально дело расследовало управление ФСБ по Калужской области.

27 декабря 2001 г. Калужский областной суд признал, что при назначении и производстве экспертиз степени секретности органом предварительного расследования были допущены нарушения уголовно-процессуального закона, что привело к ограничению гарантированных законом прав обвиняемого Сутягина, и направил дело на дополнительное расследование. Сутягина перевели в СИЗО "Лефортово" в Москву.

С 15 марта 2004 г. процесс по делу Игоря Сутягина проходил в Московском городском суде. 7 апреля Московский городской суд приговорил Игоря Сутягина к 15 годам лишения свободы с отбыванием срока наказания в колонии строгого режима. Его признали виновным в государственной измене в форме шпионажа в пользу США: сборе, хранении и передаче представителям американской военной разведки сведений, составляющих государственную тайну. Присяжные сочли, что Сутягин не заслуживает снисхождения, причем государственный обвинитель просил приговорить ученого к 17 годам лишения свободы. Срок наказания исчисляется с момента формального ареста (29 октября 1999 г.).

Между тем, сам Сутягин вины не признал. Он утверждал, что не имел доступа к государственной тайне и пользовался для подготовки аналитических материалов только открытыми источниками. У адвокатов Сутягина были неопровержимые доказательства, что вся содержавшаяся в бумагах Сутягина информация была взята из открытых источников и доступна всякому, кто хотел ее прочесть, а также, что у Сутягина никогда не было доступа к государственным секретам.