25 декабря 2001 г. новый Тихоокеанский флотский военный суд признал Пасько виновным в шпионаже и приговорил его к четырем годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строгого режима. 15 января 2002 г. президент Путин, выступая на пресс-конференции в Париже, сказал, что не считает возможным вмешиваться в действия судебной системы, но готов рассмотреть прошение Пасько о помиловании, если тот к нему с таким прошением обратиться. При этом Путин - как когда-то по поводу Никитина - подчеркнул, что Пасько было предъявлено обвинение в том, что он передал иностранным гражданам за вознаграждение документы с грифом "секретно", утверждая, что этот эпизод доказан и ни у кого не вызывает сомнений, якобы даже у адвокатов Пасько.

Правда, 13 февраля 2002 г. Верховный суд России по жалобе адвокатов Пасько признал несоответствующим закону приказ Минобороны о секретных сведениях, из-за которого Пасько попал под статью. Но ни на мнении президента о "секретности", ни на положении Пасько это не сказалось. Пасько, так и не подавший Путину прошение о помиловании, был условно-досрочно освобожден городским судом Уссурийска 23 января 2003 г., отбыв в тюрьме в общей сложности два с половиной года.

В 1996 г. Платон Обухов, сотрудник МИД РФ, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передавал британской разведке МИ-6 сведения, составляющие государственную тайну. Признан невменяемым и направлен на принудительное лечение.

В том же году Владимир Макаров, кадровый дипломат, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ информацию о танке Т-82, а также о кадровом составе советских загранпредставительств. Приговорен Мосгорсудом к 7 годам лишения свободы. Помилован президентом России.

В 1997 г. Моисей Финкель, старший научный сотрудник 14-го Научно-исследовательского института Военно-морского флота арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ секретные сведения о новейших гидроакустических комплексах. Приговорен к 12 годам лишения свободы.

В том же году был арестован Игорь Дудник, майор Ракетных войск стратегического назначения. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, разглашение государственной тайны. Дескать, он пытался передать ЦРУ дискету с секретной информацией о ракетных войсках стратегического назначения. Приговорен к 12 годам лишения свободы.

В июле 1998 г. был арестован Валентин Моисеев, заместитель руководителя первого департамента стран Азии МИД России. Ему были предъявлены обвинения в шпионаже в пользу Южной Кореи, представители которой дескать завербовали дипломата в Сеуле во время служебной командировки (с 1992-го по 1994 г.). По утверждению прокуратуры, Валентин Моисеев работал на спецслужбы Южной Кореи с 1994-го по 1998 г., передавая им сведения, составляющие государственную тайну. По данным следствия он провел около 60 встреч с представителем южнокорейской разведки и передал ему копии 23 документов, касавшихся сотрудничества между Россией и КНДР, в том числе в военной сфере. Получал он за все это по 500 долларов месяц. Общая сумма полученных им денег составила 14 тысяч долларов. Сам Моисеев заявлял, что поддерживал дружеские отношения с представителями посольства Кореи, а передаваемые материалы не являлись секретными, были ранее опубликованы и составили основу его научной лекции "Политика России на Корейском полуострове". 16 декабря 1999 г. Московский городской суд признал дипломата виновным и приговорил его к 12 годам лишения свободы. Данные, приведенные в прилагаемых официальных публикациях прессы и в научных работах были судом признаны секретными.

После объявления приговора адвокаты Моисеева подали в Верховный суд России кассационную жалобу. Верховный суд отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение. В августе 2001 г. Мосгорсуд, вновь признав Моисеева виновным в шпионаже, приговорил его к четырем с половиной годам лишения свободы, приняв во внимание состояние здоровья Моисеева и положительные характеристики с места работы. Адвокат Анатолий Яблоков при этом сообщил, что снижение судом меры наказания в данном случае свидетельствует не о гуманном отношении суда к шпионам, а об отсутствии доказательств виновности. С 14 марта 2002 г. по решению ГУИН Минюста Моисеев отбывал наказание в больнице в Торжке, поскольку заключенный страдал хроническим заболеванием желудка. Был освобожден 31 декабря 2002 г. После освобождения заявил, что намерен продолжать добиваться признания его невиновным, подал жалобу в Страсбургский суд.

В феврале 1999 г. началось дело Владимира Сойфера, профессора, заведующего лабораторией ядерной океанологии Тихоокеанского океанологического института (ТОИ) Дальневосточного отделения Российской Академии наук (РАН), сотрудника Федерального научного центра "Курчатовский институт". Сойфер занимался оценкой последствий взрыва реактора на атомной подводной лодке в бухте Чажма, неподалеку от Владивостока, в 1985 г., сопровождавшегося большим выбросом радиации. Результаты исследований по данной теме были опубликованы в российских и зарубежных научных изданиях.

В конце февраля Приморское управление ФСБ провело проверку в лаборатории Сойфера, во время которой по заявлению ФСБ были обнаружены ксерокопии документов службы радиационной, химической и биологической защиты и гидрографии Тихоокеанского флота с грифами секретности, сделанные в нарушение инструкции о секретном делопроизводстве. В частности, были скопированы два закрытых отчета, гидрологические данные и совершенно секретная карта залива Стрелок, бухт Разбойник и Чажма в Японском море, где базируются атомные подводные лодки Тихоокеанского флота. Обычно на таких картах бывают обозначены промеры глубин, направления подводных течений, температура; но вместе с этим на картах были данные о местах, где базируются российские подводные лодки. Сойфер признал, что нарушал правила копирования документов, однако оправдал свои действия тем, что документы помечены как секретные необоснованно.

В июне 1999 г. Приморское УФСБ посчитало, что деятельность Сойфера создает "угрозу государственной и военной безопасности страны" и провело в квартире Сойфера "проверку порядка обращения с секретными документами". В ходе проверки были изъяты различные документы и материалы, в том числе ксерокопии и фотонегативы карт под грифом "документ секретного пользования" (ДСП). Работы, которые вел Сойфер, были приостановлены, его лаборатория опечатана. По просьбе профессора, президиум Дальневосточного отделения РАН назначил экспертную комиссию из шести ученых. Комиссия провела независимую экспертизу материалов работ Сойфера и пришла к выводу, что ученый не держал у себя дома материалов, представляющих государственную тайну. Представители краевого УФСБ придерживались другой точки зрения, но дела против Сойфера заводить не стали, а ограничились вынесением предостережения. Начальником управления ФСБ по Приморскому краю был в то время генерал-майор Сергей Веревкин-Рохальский.

После этого В. Сойфер сам подал в суд на местное УФСБ, и в феврале 2000 г. суд Советского района города Владивостока признал проведенный у ученого дома обыск незаконным. Суд признал также, что во время обыска на квартире у Сойфера сотрудники УФСБ незаконно изъяли материалы научных разработок на кассетах, дискетах, а также заграничный паспорт ученого, и постановил вернуть изъятые вещи владельцу.