Для прикрытия аппаратных игр с 21 января в печати стали появляться статьи члена ВЧК М.Я. Лациса с признаниями, с одной стороны, важности ВЧК, а с другой — необходимости реформы, которая сводилась бы к ликвидации уездных ЧК и проведению кадровой чистки. 23 января на собрании большевиков Городского района Москвы представители ВЧК Я.Х. Петерс и М.Я. Лацис развивали мысль о том, что, вплоть до окончательного подавления контрреволюции, ликвидировать ВЧК «невозможно», а их оппоненты — Н.В. Крыленко, А.И. Хмельницкий, председатель Московского революционного трибунала А.М. Дьяконов — отмечали бесконтрольность в деятельности чрезвычайных комиссий, и, приводя многочисленные факты их злоупотреблений, настаивали на ликвидации ЧК (А.И. Хмельницкий) или, по крайней мере, на их реформировании. Представляется не вполне оправданным вывод исследователя Д.С. Новоселова о том, что «если до этого времени чекисты выступали как единый клан, то теперь в их рядах наметились некоторые разногласия». Руководству ВЧК пришлось, под давлением двух наркоматов (НКЮ и НКВД), давлением «снизу», и прежде всего МК РКП(б) и стоявших за ним столичных районных комитетов РКП(б) и Мосгубисполкома, а также нескольких высших большевистских руководителей, пойти на уступки, однако предпринять тактическое отступление чекисты сумели сообща, предпочтя внутривидовому отбору межвидовой.

31 января в итоговом отчете о командировке в Пермь И.В. Сталин и Ф.Э. Дзержинский выгородили местные органы ЧК, свалив всю ответственность на партийное и советское руководство, в т. ч. на аппарат ЦК РКП(б) и на ВЦИК: «…партийно-советские учреждения лишились опоры в деревне, потеряли связь с беднотой и стали налегать на чрезвычайную комиссию, на репрессии, от которых стонет деревня. Сами же чрезвычайные комиссии, поскольку их работа не дополнялась параллельной положительной агитационно-строительной работой партийно-советских учреждений, попали в совершенно исключительное, изолированное, положение во вред престижу советской власти». Правда, Сталин, всячески поддерживавший вождя в противостоянии со Свердловым и Троцким, но отнюдь не желавший оставлять Всероссийскую ЧК в руках одного Ленина, разошелся с Дзержинским во взглядах на место и роль ВЧК в системе государственных органов. Сталин предложил «слить ВЧК с Наркомвнуделом», указав в примечании: «По вопросу о слиянии ВЧК с Наркомвнуделом у т. Дзержинского особое мнение». Единственный момент в отчете, когда два цекиста не смогли спеть дуэтом.

В условиях, при которых Ф.Э. Дзержинский не мог отстоять в Цека интересы вверенного ему ведомства, этим приходилось заниматься В.И. Ленину, кровно заинтересованному в максимальной подконтрольности Чека. 4 февраля большевистский ЦК принял решение об оставлении чрезвычайных комиссий как органов розыска, самое по себе свидетельствующее об укреплении властного авторитета В.И. Ленина в высшем руководстве РКП(б). Однако и у оппонентов основателя партии пока еще были силы отстоять свои позиции и интересы региональной, и главным образом столичной, элиты. Право вынесения приговоров предусматривалось передать революционным трибуналам, за исключением случаев объявления местностей на военном положении. Выработка соответствующего постановления поручалась комиссии ЦК в составе Л.Б. Каменева, И.В. Сталина и Ф.Э. Дзержинского. Симптоматично отсутствие в составе этой комиссии Я.М. Свердлова, входившего с весны до начала осени 1918 г. едва ли не во все комиссии ЦК.

Следует обратить внимание на тот факт, что дискуссия в периодической печати сама по себе подрывала позиции органов государственной безопасности как политического института. 6 февраля Ю.О. Мартов, возмущенный произведенным 29 января расстрелом четырех великих князей в Петропавловской крепости, попытался устыдить бывших товарищей по российской социал-демократии в статье «Стыдно!»: «В то время, как в советской печати обсуждался вопрос об упразднении “чрезвычаек”, а Московская общегородская конференция коммунистов постановляет отнять у этих учреждений право выносить приговоры; в то время, как гражданин] Крыленко констатирует, что ни один декрет не предоставил чрезвычайкам права расстрела, Петроградская чрезвычайная комиссия с олимпийским спокойствием объявляет, что ею расстреляно четверо Романовых: Николай и Георгий Михайловичи, Дмитрий Константинович и Павел Александрович. […] С социалистической точки зрения четверо бывших великих князей стоят не больше, чем четверо любых обывателей. […] За что их убили? За что, продержав в тюрьме [несколько] месяцев и успокаивая их каждый день, что никакая опасность не грозит их жизни со стороны представителей пролетарской диктатуры, их в тихую ночь повели на расстрел — без суда, без предъявленных обвинений? […] Стыдно! И если есть коммунисты, есть революционеры, которые [о] сознают гнусность расстрела, но боятся заявить протест, чтобы их заподозрили в симпатии к великим князьям, то вдвойне стыдно за эту трусость — позорный спутник всякого террора!»

8 февраля в «Известиях ВЦИК» было опубликовано составленное от имени ЦК РКП(б) обращение «Ко всем коммунистам — работникам чрезвычайных комиссий», в котором наряду с комплиментам чекистам признавалась справедливость критических замечаний в их адрес: «Изменение внутреннего положения и международной обстановки советской власти, достигнутые успехи в деле подавления белогвардейского заговора внутри и военные успехи в борьбе с контрреволюцией вовне — должны будут сказаться и на характере и функциях Ч.К. В этом смысле ЦК не может не признать законным обсуждение вопроса о ЧК в среде партии, на партийных собраниях и в органах партийной печати. Но одновременно ЦК, к сожалению, вынужден констатировать, что часто товарищи, выступавшие с критикой ЧК, не только не удерживаются в пределах делового партийного обсуждения, но часто доходили до совершенно непристойного тона, забывая, что ЧК созданы, существуют и работают лишь как прямые органы партии, по ее директивам и под ее контролем. Именно потому, что подобная критика не способна улучшить положение дела, а лишь ведет к ослаблению партийной воли, ЦК считает необходимым обратиться к работникам коммунистам ВЧК. ЦК намечает новые правила работы Ч.К. Эти правила устанавливают, что право вынесения приговоров передается новым реорганизованным революционным трибуналам, а деятельность ЧК сосредоточивается на общем наблюдении за движением контрреволюционных сил, на непосредственной борьбе с вооруженными выступлениями (контрреволюционными, бандистскими и т. д.)». Таким образом, обращение ЦК практически представляло собой извинение в связи со сдачей чекистских интересов под давлением партийной и советской общественности.

11 февраля Президиум Мосгубисполкома рассмотрел вопрос «Об отрядах ЧК»: «В связи с ликвидацией ЧК, отряды которых удовлетворялись из средств уездных военкомов, [Московский] губ[ернский] [исполком] распорядился отобрать у отрядов ЧК оружие, что вызывает протесты со стороны Штаба войск [В]ЧК, требующего подчинения себе этих отрядов». Президиум Мосгубисполкома поручил члену губисполкома Лыздину «срочно выяснить данный вопрос и о результатах сообщить Президиуму».

17 февраля Ф.Э. Дзержинский выступил с проектом реорганизации чрезвычайных комиссий и революционных трибуналов от имени Коммунистической фракции ВЦИК на 8-м заседании ВЦИК 6-го созыва. Компромисс был, как и мир в Лонжюмо (1568) эпохи Религиозных войн во Франции, «хромым и шатким», поскольку, с одной стороны, органы ЧК сохранялись, а с другой — сильно упрощалось делопроизводство революционных трибуналов, которые предполагалось приблизить к деятельности ЧК, естественно, в рамках борьбы с бюрократизацией. Как заявил председатель ВЧК, «…Революционный трибунал будет совершенно реорганизован в смысле уничтожения всяких ненужных формальностей и в смысле сокращения количества членов суда до трех человек». Серьезнейшим образом обосновав права ВЧК на репрессии в предшествующий период, Дзержинский от имени Коммунистической фракции ВЦИК, в связи с изменением внутриполитической обстановки и сути контрреволюции — перехода от открытых выступлений к шпионажу и измене в советских учреждениях, отказался «от полномочий расправы, от полномочий войны» и предложил уничтожить параллелизм в работе ЧК и революционных трибуналов, введя новое положение с «разделением труда и взаимным дополнением»: ЧК-де «будет доставлять материал в революционный трибунал для того, чтобы последний судил». «Таким образом, — вполне в духе Остапа Бендера на заседании шахматного клуба подытожил Железный Феликс, — не будет столкновений и не будет той волокиты, когда дела, поступавшие от нас, переходили в революционный трибунал, где они Г…] залеживались до того, что дело теряло всякую живучесть». ВЦИК, естественно, проникся пафосом главного чекиста и утвердил проект положения.