20 февраля 1919 г. ВЧК предложила всем чрезвычайным комиссиям подготовиться к реорганизации, с тем чтобы провести ее с наименьшими потерями: «1. По возможности ликвидировать до организации новых революционных трибуналов все имеющиеся у вас старые дела, по коим необходимо применить административные меры наказания, дабы вновь реорганизованные трибуналы могли бы сразу по их организации приступить к разбору новых дел. 2. Всячески содействовать и принять участие в организации новых трибуналов, кои должны стать настоящими органами борьбы со всеми врагами советской власти. 3. Не уменьшать бдительности и в случае надобности, с разрешения и согласия губисполкомов и губкомпарт[ов] (губернских партийных комитетов. — С.В.), при[ме]нять решительные действия ко всем врагам Советской России в местностях, объявленных на военном положении». Таким образом, руководство ВЧК решило использовать финт, который выдумал Я.М. Свердлов в рамках ликвидации комитетов бедноты — в условиях навязанного решения максимально сконцентрировать кадры вчерашних комбедовцев в местных советах. Теперь предстояло максимально насытить аппарат реорганизуемых революционных трибуналов людьми, проникшимися идеями и духом ВЧК. Собственно, на этом активная фаза дискуссии о ВЧК и завершилась.

Во второй декаде марта 1919 г. положение ВЧК стабилизировалось. 13 марта Ф.Э. Дзержинский направил в ЦК РКП(б) обращение о кадрах ВЧК, указав товарищам по высшему большевистскому руководству: «В связи с бывшей кампанией, направленной против ЧК на страницах нашей печати, в провинции на местах замечается массовый уход ответственных партийных товарищей с занимаемых ими постов в Ч.К. При этом местные партийные организации или ячейки в некоторых местах покровительствует этому или проявляют даже в этом свою инициативу. […] Находя излишним говорить о необходимости оставления ответственных партийных товарищей для работы в провинциальных ЧК, ВЧК настоящим просит Вас, уважаемые товарищи, издать циркуляр по всем провинциальным организациям РКП с указанием необходимости оставления старых работников на занимаемых ими постах в ЧК, кои уже приобрели опыт и знания, необходимые для работы, указав одновременно, что ЧК являются столь же необходимыми органами, как и все прочие [учреждения] нашей Советской республики и что ЧК требует (курсив наш. — С.В.) наиболее ответственных, наиболее преданных делу Революции товарищей».

14 марта наверху было получено большевистское одобрение деятельности комиссии, в самой комиссии организовано контрнаступление, в Подмосковье как наиболее проблемном для чекистов регионе были заложены предпосылки для примирения с ВЧК. Во-первых, 14 марта Бюро ЦК РКП(б) заслушало доклад Ф.Э. Дзержинского «о серьезности переживаемого момента», который председатель ВЧК закончил несколькими конкретными предложениями. Первое — «объявить ряд местностей, в которых были восстания, на военном положении с восстановлением прав ЧК». ЦК предложил Дзержинскому устроить совещание с председателями исполкомов и сообщить им постановление ЦК, «не подлежащее отмене, о том, что ряд мест, в которых произошли восстания, объявляются (или могут быть объявлены) на военном положении с восстановлением прав ЧК». Сделанное в скобках добавление свидетельствует о фактическом карт-бланше карательно-репрессивным органам. Второе предложение — «потребовать от губкомов, чтобы они вернули лучших товарищей, отозванных из ЧК, к работе в ЧК». Бюро ЦК решило разработать и направить в губернские комитеты циркулярное письмо с соответствующими указаниями. Наконец, третье предложение — об усилении агитации и пропаганды в пользу ЦК, если дословно — «предложить прессе, чтобы дан был ряд статей о положении дел». Помимо соответствующих указаний «Известиям ВЦИК» и «Правде» были приняты решения о закрытии нескольких левоэсеровских газет, ограничении возможностей бывших членов ПЛСР занимать ответственные должности, а также о замене М.Я. Лациса на А.В. Эйдука в Коллегии ВЧК. За изъятием последнего пункта, направленного на установление более плотного контроля над возглавляемым Л.Д. Троцким военным аппаратом (А.В. Эйдук был заместителем председателя Особого отдела), все это — свидетельство об усилении Всероссийской и местных чрезвычайных комиссий, широкое контрнаступление карательно-репрессивного аппарата на местные советские органы.

Во-вторых, 14 марта, окрыленная успехом ВЧК направила всем губернским ЧК и в копии исполкомам телеграмму, в которой сразу заявила: «В последнее время замечается сильное понижение деятельности чрезвычайных комиссий. На местах многие ответственные работники ЧК вследствие реорганизации и до некоторой степени похода против существования ЧК (курсив наш. — С.В.) забыли стоящие перед ними задачи и свели ЧК на нет. Между тем, положение страны таково, что только при напряжении и усилении деятельности всех абсолютно советских органов мы выйдем из тяжелого положения. Черносотенные элементы, меньшевики, [эсеры], видя нашу расхлябанность, пользуются ею в своих контрреволюционных целях. Из донесений, поступающих в ВЧК, видно, что врагами пролетариата ведется усиленная агитация как устная, так и письменная к свержению советской власти». Более того, якобы «за последнее время» отмечалось «полнейшее игнорирование приказов ВЧК» местными чрезвычайными комиссиями. Несмотря на то, что формально приказ был посвящен усилению работы на железных дорогах, отдельные положения затрагивали основы деятельности местных чрезвычайных комиссий. Так, параграф 5-й предписывал губернским, уездным и ж-д. ЧК «беспрекословно и точно» выполнять «все циркуляры и предписания ВЧК и доносить об их исполнении». Преамбула, содержание ряда параграфов и концовка документа недвусмысленно указывали на возобновление активности Всероссийской чрезвычайной комиссии и, как следствие, ее местных органов.

В-третьих, 14 марта Мосгубисполком заслушал «Доклад отдела Управления [Мосгубисполкома] и [Московской губернской] чрезвычайной] комиссии». МГЧК доложила о решении Московского губернского съезда Советов передать в ведение Московского губернского совета охрану железных дорог на территории губернии, а главное — выступила за слияние Московской городской и Московской губернской ЧК «при условии подотчетности обоим (Московским губернскому и городскому. — С В.) Советам». Естественно, по докладу развернулись прения. Заведующий Военным отделом Мосгубисполкома Крутов полагал, что следует «приветствовать стремление объединить обе ЧК», но полагал, что «при этом придется мириться с конфликтами и интригами», что неизбежно «отразится на работе». Т.В. Сапронов отнесся с недоверием к предложению Моссовета: прекрасно зная сверхлояльное отношение Л.Б. Каменева к вождю мирового пролетариата (во все времена, когда тот был в силе, а, учитывая заражение испанкой Я.М. Свердлова и бездействия аппаратов ВЦИК и ЦК РКП(б), было как раз время резкого усиления властного авторитета В.И. Ленина), председатель Московского губернского исполнительного комитета от предложения отмахнулся: «… относительно ЧК Московский совет хочет, чтобы наш[а] ЧК просто влил[ась] в Московскую] ЧК, на что нельзя согласиться, и нужно требовать ответственности объединенной] ЧК перед обоими исполкомами». Т.В. Сапронова поддержал и заведующий Финансовым отделом Мосгубисполкома Семенов: «слияние […] ЧК нецелесообразно, т. к. хозяином является тот, кто дает деньги, а на деле, фактически, это приводит к подчинению наших (губернских. — С.В.) организаций — городским». Заведующий отделом Управления Мосгубисполкома Панкратов заверил, что «при объединении ЧК работа будет проводиться по единому плану с сохранением отчетности обоим исполкомам». Мосгубисполком все же внял заверениям и предложил Московской губернской ЧК выработать совместно с МЧК «проект слияния».