Каждая из рот специального назначения имела особое назначение и использовалась штабом филиала как отдельная боевая единица. 1-я рота предназначалась для проведения диверсионно-террористических операций в тылах советских воинских частей. 2-я рота несла охрану территории штаба и состояла из фольксдойчей. 3-я рота, под командованием Решетникова, состояла из бывших советских военнопленных и применялась в антипартизанских акциях.

При формировании вышеназванных рот их личный состав состоял в основном из немцев и русских, служивших в 502-м егерском батальоне. Впоследствии роты пополнялись коллаборационистами. Так, рота Решетникова была создана на базе остатков антипартизанского отряда Мартыновского, созданного немцами в 1942 году на территории Ленинградской области. В 1944 году этот отряд действовал в Италии. В роте также служили люди, завербованные Решетниковым в лагере № 8 в г. Цешине (Чехословакия).

При штабе находились самостоятельные диверсионные группы по 15–18 человек в каждой. Группы постоянно находились в ожидании заброски в советский тыл партиями по 3–4 человека. 1-ю группу обучал унтершарфюрер Башко, 2-ю – обершарфюрер Тони. Большинство членов этих групп ранее служили в полиции городов Порхова и Дриссы (Ленинградская обл.) и были завербованы Башко и Тони осенью 1944 г. в Данциге, где пребывали в сборном лагере для эвакуировавшихся пособников (гражданский лагерь «Хог»).

Все подразделения «СС Ягдвербанд Ост» делились на группы:

А) балтийская группа, или «Ягдайнзатц Балтикум», под руководством штурмбаннфюрера СС Пехау готовила повстанческие группы для действий в Прибалтике и сеть своей разведагентуры на оседание. Кадры для них вербовались из числа членов антисоветских прибалтийских организаций. В августе 1944 года в Латвии «Ягдайнзатц Балтикум» была создана повстанческая организация «Межа Кати», или «Дикая Кошка» («Wilde Katze»). Организация состояла из ряда диверсионных групп, сформированных по принципу землячества и соответственно этому названных: латгальская, видземская, курземская и др. Штаб «Дикой Кошки» под руководством Янкауса располагался на хуторе Дравас Кубилюсской волости Кулдигского уезда.

В «Межа Кати» вербовались военнослужащие латышских дивизий СС, полицейских формирований, айзсарги. В организации они получали документы, свидетельствующие об их принадлежности к «Ваффен СС Ягдвербанд». Всего организация насчитывала в своих рядах более 1000 человек, многие из которых проходили спецподготовку при фронтовой разведывательной группе 212 (бывшая Абвергруппа-212). В начале 1945 г. «кошачьи» диверсанты усилили свою деятельность в тыловых районах Красной Армии. На усиление были дополнительно переброшены 3 группы под общим наименованием «Линда». Помимо диверсионно-террористической деятельности, «Межа Кати» вела антисоветскую пропаганду, издавала газету «18 ноября», занималась созданием тайных лесных баз. После капитуляции Германии «Дикая Кошка» перешла на нелегальное положение.

В распоряжении «Межа Кати» в качестве резерва находились группа диверсантов-латышей под командованием ротенфюрера СС Ионеса Рудынскиса и эстонская рота унтершарфюрера СС Алупкре (он же Алуперс) Густава. Обе группы были подготовлены к заброске на территорию Прибалтики;

Б) общерусская группа («Russland im gesand»), под командованием штурмбаннфюрера Хайнце Эберхарда, имела в своем составе южнорусскую подгруппу гауптштурмфюрера Кирша в с. Санта-Глаус в Чехословакии. Подгруппа Сухачева была подготовлена в чешском городе Трутнов (Траутенау). Украинская подгруппа во главе с Т. Бульбой (полковником Боровцом) размещалась в г. Альтбургунде.

В январе 1945 г. при занятии Хохензальца передовыми советскими частями «СС Ягдвербанд Ост» был уничтожен, значительная часть руководящего и рядового состава была убита или пленена. Из остатков формирования весной 1945 года на территории Чехословакии были созданы 2 группы, которые вели работу по переходу организации на нелегальное положение.

Истребительное соединение «Запад»

«Запад», или «СС Ягдвербанд Вест», дислоцировалось в Висбадене и вело разведывательно-диверсионную работу на Западном фронте против армий союзников СССР по антигитлеровской коалиции.

Филиал состоял из 2 оперативных групп: «СС Ягдайнзатц Норд-Вест» (г. Фленсбург) и «СС Ягдайнзатц Зюд-Вест».

Истребительное соединение «Юг»

«СС Ягдвербанд Зюд» вело работу на территориях Югославии, Албании и Испании в г. Тремсе. Филиал состоял из нескольких подразделений.

«СС Ягдвербанд Зюд-Ост» дислоцировался в Вене и имел в подчинении оперативные группы «СС Ягдайнзатц Словакия», «Болгария» и «Хорватия», опираясь в своей диверсионно-террористической деятельности на националистические группировки этих стран.

Истребительное соединение «Север»

«СС Ягдвербанд Норд» дислоцировался в г. Нойштрелиц близ Берлина.

Вся агентура Истребительного соединения войск СС подбиралась с учетом знания языка страны, где ей предполагалось действовать. Агенты изучали следующие специальные дисциплины: практику и теорию диверсионного дела, способы вывода из строя промышленных предприятий; знакомились с оружием советского, американского и английского производства. Обучение личного состава проводилось непосредственно в подразделениях. При необходимости мог быть осуществлен выезд для дополнительной подготовки в войсковые школы СС (ваффеншулле). Так, для углубленного изучения парашютного дела курсанты выезжали в школу парашютистов в м. Ойенхаузен близ Ганновера. Когда подготовленная часть диверсантов отбывала на выполнение задания, занятия в подразделениях не прекращались, а после возвращения с задания курсанты возвращались в свое подразделение и продолжали обучение. Ненемецкий состав обучался отдельно от немцев и более конспиративно.

Школа для подготовки диверсантов

В конце 1944 года по приказу Скорцени была создана спецшкола по подготовке диверсантов. До мая 1945 года она находилась на горе Шварценберг близ г. Трутнова в м. Санкт-Иохан-ам-Вальде. Под учебные и жилые помещения были заняты строения бывшего дома отдыха офицеров ВВС. Руководил школой немец гауптман Гилль. Школа вела подготовку диверсантов для совершения акций на железнодорожных магистралях в районах Витебска, Смоленска, Бобруйска, Минска.

В марте 1945 года в учебную программу были внесены дополнения, и курсанты стали также изучать методику ликвидации высшего комсостава Красной Армии и партийных органов.

Преподавательский состав школы был причислен к военнослужащим РОА. Преподавателями в основном являлись члены НТС. Начальником школы был сотрудник «Цеппелина» майор Игорь Юнг.

Курсантами школы были бывшие военнопленные, зарекомендовавшие себя на службе у оккупантов и из числа рабочих-остовцев. Общее количество слушателей достигало 100 человек, в том числе несколько женщин. Все учащиеся были разделены на 4 взвода. Обучение велось по уставам Российской императорской армии. Основное место уделялось политико-идеологическим вопросам с ориентацией на идеологическую платформу НТС. Среди специальных предметов проводились занятия по радиосвязи, маневры в лесистой местности.