Селим построил свой храмовый комплекс в Эдирне, но он также оставил неизгладимый след в архитектурном облике и силуэте Стамбула. В 1572 году он приступил к первому капитальному ремонту Айя Софии, предпринятому после того, как Мехмед II перестроил этот христианский храм в мечеть. Поскольку спустя столетие после завоевания Константинополя это здание уже окружали жилые дома и прочие строения, Селим приказал все снести. Последующая инспекция выявила, что контрфорсы уже обваливаются и зданию нужен срочный ремонт. Историк Мустафа-эфенди из Салоник отмечал, что здание обрушивалось. Селим осмотрел мечеть вместе с Синаном и распорядился произвести обширную реконструкцию. Один из двух минаретов, добавленных завоевателями, был деревянным, и его пришлось построить заново из кирпичей. Были добавлены еще два минарета. Султан открыто порицал тех, кто считал эти работы ненужными на том основании, что здание построили немусульмане.

На прилегавшей к Айя Софии территории Селим распорядился построить два духовных училища, а также собственный мавзолей.

Он умер еще до завершения строительства мавзолея и был погребен под установленным над местом строительства навесом в форме шатра. Он стал первым султаном, который скончался в Стамбуле. Духовные училища так и не были построены, а строительство минаретов и мавзолея пришлось завершать его старшему сыну и преемнику Мураду III. Нет ничего удивительного в том, что Селим выбрал местом своего погребения территорию, прилегавшую к Айя Софии. Его едва ли можно было похоронить где-либо кроме имперской столицы, и уж тем более в мечети, построенной одним из его предшественников. Айя Софию почитали потому, что она была связана с именем Мехмеда II Завоевателя. Решение Селима осуществить ремонт Айя Софии не было непосредственно связано с его планами относительно собственного погребения, но и не являлось совершенно случайным. Селим обратил свое внимание на этот бывший христианский храм вскоре после завоевания Кипра. Тогда он укреплял в мусульманах стремление к лидерству, продемонстрированное его победой над христианскими державами, и противостоял любым намекам на то, что Османскую империю могло ослабить поражение при Лепанто. Ко времени смерти Селима стало ясно, что победа христиан при Лепанто по сути была пирровой победой.

Помимо этого, султан Селим продолжил начатое его предшественниками участие в делах Мекки, и благодаря проведенным по его распоряжению ремонтным работам Большая мечеть приобрела характерный для османской архитектуры внешний вид, который она имеет и поныне. По причине того, что в Мекке не хватало места для строительства таких грандиозных мечетей, как в Стамбуле, галереи, окружавшие внутренний двор, были перестроены в османском стиле, а на их прежде плоских крышах появились купола. Эти работы продолжались и в годы правления Мурада III, производя впечатление на паломников, которые прибывали со всего света и видели могущество и необыкновенную щедрость новых защитников мусульманских святынь.

Смерть Селима была неожиданной, и процессом передачи власти новому султану снова руководил Соколлу Мехмед-паша, который тайно отправился в Манису, чтобы сообщить принцу Мураду о смерти его отца. Требование гарантировать династическую преемственность снова стало причиной отсрочки, необходимой для того, чтобы новый султан смог предъявить свои права на трон. Между тем тело Селима, которое пытались сохранить с помощью льда, находилось во дворце. Очередным нарушением традиций стало то, что погребальная молитва была совершена не в какой-либо открытой для общего доступа мечети, а в пределах дворца Топкапы. Эта глубоко личная церемония отражала отдаленность султана от своих подданных, которая еще при его жизни все более и более увеличивалась. Традиционную молитву на похоронах Селима произнес именно шейх-уль-ислам, что указывало на более заметную и официальную роль, которая была отведена этому должностному лицу еще при Сулеймане, и стало прецедентом для будущих султанов.

Так получилось, что старший сын Селима (которому тогда было лет двадцать) оказался и старшим представителем мужского пола династии. Мураду III явно было предопределено следовать по стопам своего отца. Впрочем, чтобы исключить всякую возможность того, что кто-либо оспорит его право на престолонаследие, он принял меры предосторожности и сразу после восхождения на трон приказал казнить своих младших братьев. Их похоронили рядом с их отцом, Селимом. Вот как «третий медик» Мурада, еврей Доменико Хиеросолимитано описывает те сомнения, которые вызывали у его хозяина предстоящие убийства:

Преемником Мурада стал его старший сын Мехмед, которому к моменту восхождения на престол его отца было лет девять. Вступив на трон в 1595 году, Мехмед III приказал казнить своих братьев, старший из которых был более чем на двадцать лет младшего него. Множество маленьких саркофагов с останками братьев Мурада и Мехмеда были наглядными свидетельствами, что убийство являлось той ценой, оплатив которую удавалось избежать междоусобиц, так часто сопровождавших вступление на престол нового султана. Общество было глубоко потрясено этими убийствами. Единственным утешением является то, что последующие поколения оказались не столь многодетными, и уже никогда такое множество юных принцев не умирало, чтобы гарантировать спокойное восхождение своего брата на трон.

На протяжении восьми лет правления Селима II должность великого визиря занимал Соколлу Мехмед-паша, который и при Мураде III оставался на своем посту вплоть до 1579 года, когда он был убит одним рассерженным просителем в зале заседаний имперского совета. После его смерти должность стала менее престижной: на протяжении 21 года правления Мурада III этот пост занимали семь человек, и по мере того как они добивались расположения и впадали в немилость, эта должность одиннадцать раз переходила от одного к другому. Великий визирь стал игрушкой в руках султана, заменявшего его всякий раз, когда выяснялось, что он не в состоянии выполнить требования своего владыки. Ни Мурад III, ни его сын Мехмед III не утруждали себя личным участием в управлении империей, но это не означало, что они больше не принимали решений. Напротив, полномочия принимать самостоятельные решения, которыми прежде обладал великий визирь, теперь были ограничены, причем это касалось даже решения вполне заурядных административных вопросов. Прямой контакт между султаном и великим визирем стал менее обычным явлением и был заменен перепиской, в которой султан указывал свои решения, принятые по целому ряду государственных дел (назначениям на должности, размерам жалований, организации бюрократического аппарата), и эти решения принимались на основе краткого изложения вопросов, представленных ему в форме прошений.

Еще больше, чем Селим II, Мурад III и Мехмед III предпочитали проводить время в своих личных покоях, а не в зале заседаний совета, где обсуждались государственные дела, но в своих собственных апартаментах они были более восприимчивы к влиянию фаворитов, на которых бюрократический аппарат управления государством не оказывал почти никакого воздействия. Несмотря на ограничения, навязанные ему дворцовыми функционерами и фаворитами, Соколлу Мехмед-паша сумел править империей в условиях самых грубых нарушений законности, допускаемых фракциями, которые процветали в тот период слабой султанской власти. Ему удалось поставить на многие важные посты своих протеже и членов собственной семьи. После его смерти соперничество между теми, кто находился в ближайшем окружении султана, только усилилось.