В 1591 году губернатор Боснии Хасан-паша взял несколько фортов на западном (хорватском) участке границы (эта, на первый взгляд, независимая акция, вероятно, была предпринята при поддержке Стамбула), а на реке Кульпа, возле Петриньи был построен новый турецкий форт. Габсбурги, которые прекрасно знали о запущенном состоянии обороны своих границ, сочли это враждебным актом, но попытались с помощью дипломатии избежать дальнейшего обострения ситуации. В 1593 году Хасан-паша, форсировав реку Кульпа, взял в осаду форт Сисак. Тот, кто владел Сисаком, держал под контролем проходившие по берегам Савы дороги, которые вели к Загребу и далее, в Австрию. Спешно собранные для оказания поддержки гарнизону форта, австрийские силы наголову разгромили нарушителей границы, многие из которых были убиты, в том числе и сам Хасан-паша.

Это было тем поводом начать полномасштабную военную кампанию, который уже давно пытался найти снова ставший великим визирем Коджа Синан-паша. В июле 1593 года он во главе армии выступил в поход на запад. Стремительность, с которой турки сумели отреагировать на неудачную осаду Сисака, свидетельствует о том, что военная машина Османской империи без промедления перестроилась после недавних войн с Ираном, подобно тому, как это было с османским флотом, быстро восполнившим потери, понесенные при Лепанто. Предстоящее масштабное наступление в Центральной Европе заставило отложить решение всех остальных проблем, включая военно-морскую кампанию против Испании, которую призывали начать протестантские державы и подготовка к которой в 1590–1591 годах уже велась. По всей вероятности, османское правительство без особых сожалений отказалось от этой, морской кампании, поскольку стратегические цели в западном Средиземноморье уже были достигнуты и уход империи из этого региона, символом которого стало заключенное в 1580 году перемирие с Испанией, впоследствии возобновился. Во всяком случае, и венецианскому послу и самому Коджа Синану было понятно, что по причине имевшего место в последние годы пренебрежительного отношения к флоту он не будет готов к очередной серии морских столкновений в удаленных от Османской империи районах Средиземного моря. Коджа Синан-паша считал, что, в отличие от военных действий на море, войну на суше можно начать гораздо быстрее: «Кампанию на суше можно начать, просто отдав команду: все садятся на лошадей и выступают в поход. Военно-морская экспедиция это совсем другое… какими бы ни были материальные вложения и усилия людей, ее можно начать только через семь или восемь месяцев». Таким образом, война в Центральной Европе, начатая в 1593 году со столь легкомысленной поспешностью, продолжалась вплоть до 1606 года. Ни одна из воюющих сторон не добилась сколько-нибудь заметного выигрыша, тогда как издержки обеих, как в финансовом исчислении, так и в смысле ущерба, нанесенного структуре государства, были огромными.

В конце XVI столетия методы ведения военных действий менялись, причем как на Востоке, так и на Западе. В прежние времена, и особенно в Иране, способность противника уклоняться от генерального сражения, рассредоточившись в сельской местности, часто не позволяла османским войскам добиться решающей победы, но теперь кампании на этом фронте свидетельствовали о том, что нормой стал более статический стиль ведения боевых действий, включавший в себя длительные осады крепостей, которые нужно было взять, если надлежало захватить какую-либо территорию. После перемирия 1568 года на австрийско-османской границе сами австрийцы и их сторонники укрывались за линией опорных пунктов, предназначенных для защиты внутренних районов от вторжений противника. Такие же опорные пункты имелись и у их оппонентов на османской стороне границы. На центральном участке фронта с австрийской стороны стояли крепости Надьканижа, Дьер (Рааб), Комаром, Нове Замки (Нойхаузель) и Эгер. С османской стороны напротив них стояли Сигетвар, Секешфехервар (Штулвайсенберг), Буда и Эстергом, а вторая линия крепостей протянулась дугой от Белграда до Тимишоары.

Приобретения и потери Османской империи, империи Габсбургов, а также венгров за тринадцать лет этой войны ясно свидетельствуют о том, что она была изнурительной и безрезультатной. Первые два года закончились ничем. В самом начале 1595 года умер султан Мурад III и на трон без каких-либо помех взошел его двадцатидевятилетний сын. Мехмед III унаследовал государство, находившееся в полном расстройстве. Стало очевидно, что возникла крайняя необходимость в принятии новой стратегии, с помощью которой можно было бы поднять престиж и султана и империи. На совещании, проведенном великим визирем Коджа Синан-пашой, было решено, что новый, еще неопытный султан, должен встать во главе своей армии, что совершенно не соответствовало практике, принятой его недавними предшественниками на троне, поскольку с 1566 года, когда Сулейман возглавил свою армию в походе, который стал для него последним, ни один султан ничего подобного не делал. Коджа Синан умер в апреле 1596 года. В июне армия Османской империи выступила в поход, чтобы соединиться с войсками, которые удерживали линию пограничных крепостей. Целью был захват крепости Эгер, находившейся между Австрией и Трансильванией, которая вместе с Молдавией и Валахией пыталась найти защиту у Габсбургов. 25 октября, после того, как Эгер пал, усиленная татарскими подкреплениями османская армия столкнулась возле равнины Мезе-Керестеш с трансильванцами и основными соединениями австрийской армии. Последовало сражение, в ходе которого единственный раз за всю войну имело место тесное боевое соприкосновение сторон. Из этого сражения турки вышли победителями. Сначала казалось, что они его проиграли, и только яростная атака на австрийские войска, уже занимавшиеся разграблением турецкого лагеря, спасла положение. Султан, которого не слишком привлекала роль главнокомандующего, предложил своему великому визирю Дамаду Ибрагим-паше занять этот пост, объяснив это тем, что ему самому надо возвращаться в Стамбул, причем великого визиря пришлось подгонять, чтобы он побыстрее занял пост главнокомандующего. Английский посол при османском дворе, сэр Эдвард Бартон, был взят Мехмедом в этот поход, чтобы сопровождать австрийского посла и обеспечить безопасную доставку самого посла и его свиты на австрийскую территорию. Вот как секретарь Бартона, Томас Гловер, описывал атмосферу, царившую после стычки, которая для османских войск закончилась весьма плачевно:

В последующие годы обсуждалась возможность ведения мирных переговоров, но пограничные крепости продолжали переходить из рук в руки. Валахия вновь предпочла быть вассалом Османской империи. В 1600 году турки прорвали оборонительную линию Габсбургов на ее южном участке и захватили стратегически важную крепость Надьканижа. Над Веной вновь нависла угроза осады, и уже в следующем году Габсбурги попытались вернуть Надьканижу, но не смогли этого сделать. Пешт был взят турками, но потом, в лихолетье завершающего этапа войны, снова отошел к австрийцам, а Трансильвания вновь перешла на сторону Османской империи. В 1605 году, который стал последним годом той войны, Эстергом (взятый австрийцами в 1595 году) снова заняли османские войска. К этому времени все основные участники этой войны уже истощили свои ресурсы и страстно желали мира. В следующем году он был заключен, но на этот раз не в Стамбуле, а в пограничной деревне Зитваторок, что само по себе являлось уступкой султана, предшественники которого привыкли диктовать условия мира своим побежденным врагам. Помимо множества других положений договор закреплял за каждой из сторон те территории, которые она в тот момент удерживала, что давало Османской империи весьма скудный выигрыш в виде всего двух новых крепостей, Эгера и Надьканижи. Что касается императора Рудольфа, то он получал более долгосрочную выгоду, которая заключалась в том, что впредь с ним и с его преемниками султан должен был обращаться как с равными. «Дань», которую император платил султану, отменялась после выплаты разовой суммы в 200 000 флоринов.