Обострению характера дискуссии в октябре 1918 г. также способствовала публикация «Еженедельника ЧК», в которой была сделана попытка развязать дискуссию о возможности применения пыток к политическим противникам советской власти. Когда были сожжены и расстреляны белогвардейцами около 30 советских активистов в Вятской губернии, местный Нолинский исполком и ЧК уезда потребовали ответных мер по отношению к белогвардейцам и контрреволюции, послав статью в виде открытого письма «Почему Вы миндальничаете?» в «Еженедельник ЧК». Среди мер, направленных против контрреволюции, которые предлагали авторы статьи, было введение и применение пыток при допросах арестованных. Особенно возмущало авторов письма мягкость мер, проявленных ВЧК при допросе и осуждении Б. Локкарта и других лиц, проходивших по «заговору трех послов». «Скажите, почему вы не подвергли его, этого самого Локкарта, самым утонченным пыткам, чтобы получить сведения и адреса, которых такой гусь должен иметь много? Скажите, почему вместо того, чтобы подвергнуть его таким пыткам, от одного описания которых холод ужаса охватил бы контрреволюционеров? Скажите, почему вы вместо этого позволили ему покинуть ВЧК в большом смущении»?[729]

Письмо было рассмотрено в ВЧК на заседании ВЦИК 25 октября 1918 г. ВЦИК издал постановление по данной статье, в которой, в частности, говорилось: «Прибегая по необходимости к самым решительным мерам борьбы с контрреволюционным движением, помня, что борьба с контрреволюцией приняла формы открытой буржуазной борьбы, в которой пролетариат и беднейшее крестьянство не могут отказаться от мер террора, советская власть отвергает на основе как недостойные, вредные и противоречащие интересам борьбы за коммунизм меры, отстаиваемые в указанной статье»[730]. Журнал «Еженедельник ЧК» за помещенную статью вскоре был закрыт. Всего в 1918 г. вышло 6 его номеров. Одновременно ВЦИК, продолжая работу по реорганизации ВЧК и разработке положения о чрезвычайных комиссиях, сформировал для этих целей специальную комиссию в составе Д.И. Курского, И.В. Сталина и Л.Б. Каменева.

Вскоре после выхода третьего номера «Еженедельника ЧК» с упомянутой выше статьей, против самоуправства чрезвычайных комиссий выступили представители ревтрибуналов, народных судов и местных исполкомов. Дискуссия постепенно переходит от критики методов террора к критике методов ВЧК. Большое количество критических материалов и статей было помещено на страницах центрального органа коммунистической партии газеты «Правды». Новый этап в дискуссии обозначила помещенная в ней статья М.С. Ольминского «О чрезвычайных комиссиях». В статье указывалось на ничем не ограниченную власть ЧК, констатировалась ее внепартийность, самовластие и необходимость переподчинения местных и центральной ЧК[731].

В ответ на критическую статью в журнале «Еженедельник ЧК» была напечатана статья с таким же названием, но диаметрально противоположной оценкой выводов о характере деятельности чрезвычайных комиссий. В статье члена коллегии ВЧК В.В. Фомина говорилось: «Мы предлагаем вам, товарищ, привести хотя бы один пример о расстреле какого-либо коммуниста, если он не взяточник, не прохвост, и где случаи подбора специально «поводов для обвинения» этого привести вы не могли и не можете, так как таковых случаев нет. И где «не партийность» ЧК вы подметили? У нас имеются данные от большинства местных комитетов в нашей партии с пометой «на должности председателя ЧК старый партийный работник», «выдержанный коммунист» и т. п. Кроме того, право отвода, смещения и т. п. никто никогда у партийных коммунистов не отнимал и не намеревался отнимать»[732]. С поддержкой чрезвычайных комиссий выступили также в этом номере журнала такие известные политические деятели, как Г.Д. Закс, Г. Шкловский, а также исполком Ростовской области и Торошинский совет[733].

В последующих номерах также были помещены статьи в защиту ЧК. В пятом номере «Еженедельника ЧК» был опубликован ответ на статьи, указывавшие на необходимость переподчинения ЧК. Особым нападкам подверглась статья С. Духовского «Чрезвычайки и исполкомы»[734]. Автор статьи излагал два возможных, на его взгляд, варианта дальнейшего развития ВЧК. В одном случае ВЧК продолжали бы существование в качестве вневедомственного органа, подчиненного центру в лице НКВД. Другой вариант предусматривал деятельность ЧК на правах подотделов исполкомов. В статье также указывалось на малочисленность коммунистов в органах ЧК. Схожие доводы были приведены в аналогичной по содержанию статье в «Известиях ВЦИК»[735]. «Еженедельник ЧК» изложил в ответ свою точку зрения на подчинения ЧК непосредственно Совнаркому. В поддержку ЧК выступил со статьей «Нашим критикам» С. Невский[736]. В шестом номере «Еженедельника ЧК» было помещено письмо в редакцию члена ВЦИК, председателя Саратовской ГЧК И. Жукова с критикой взглядов М.С. Ольминского[737]. В журнале был также опубликован материал о партийном составе ЧК в различных губерниях и уездах, который свидетельствовал о коммунистической направленности чрезвычайных комиссий[738].

Сторонники прежнего подчинения чрезвычайных комиссий не ограничивались помещением материалов только на страницах своего журнала, им также предоставлялась возможность публикации в центральной прессе, в том числе в «Правде» и «Известиях». «Весь спор о ВЧК основан на недоразумении и, по нашему мнению, выявляет точку зрения узковедомственную, т. е. преследует собой фактическую передачу этого аппарата в ведение НКВД, — писали в статье «К вопросу о чрезвычайных комиссиях» члены редколлегии «Еженедельника ЧК» в газете «Правда», — что вряд ли целесообразно в общих интересах рабочих и бедневших крестьян Советской России — в интересах советского строя»[739]. Но, несмотря на определенную обоснованность этого довода, представителям чрезвычайной комиссии так и не удалось прекратить критику в свой адрес. В первую очередь это было связано с тем, что дискуссия о ВЧК включала в себя не только вопрос о ее подчинении, но и о правомочности всей ее деятельности. Выявляющиеся новые факты злоупотреблений сводили на нет все доводы защиты членов ЧК. В конечном итоге исход дискуссии на этом этапе решил опрос местных советов. Из 147 исполкомов только 20 выступило против подчинения местных ЧК исполкомам, остальные же выступили в поддержку этого решения[740].