Первым опытом превентивной внутренней политики ВЧК, предусматривавшей применение смертной казни к политическим противникам, стала ликвидация анархистских и эсеро-максималистских отрядов в Москве, а затем и в других городах России. Применение подобных акций уже не в одном регионе, а в целом по стране требовало дальнейшей структуризации системы чрезвычайных комиссий. Этому же способствовало увеличение количества самосудов и рост преступности в первое полугодие 1918 г. Прекращение нарастающей волны анархии было возможно только при противопоставлении ей действенной системы борьбы. Летом 1918 г. можно говорить о сложившейся системе карательно-репрессивных органов ВЧК, сосредоточивших в своих руках следственные и судебные функции.

К июлю 1918 г. в большинстве губерний были сформированы губернские и уездные ЧК, которые в условиях начавшегося фронтального этапа гражданской войны взяли на себя также функции борьбы с внутренним врагом.

Первые факты массового применения высшей меры наказания органами ЧК приходятся на события, связанные с подавлением Тамбовского и Ярославского мятежей. Большую роль в дальнейшем усилении репрессивной политики сыграло введение в июне 1918 г. смертной казни по суду и окончательное оформление однопартийной системы после июльского восстания левых эсеров. В июле 1918 г. органами ЧК было расстреляно столько же, сколько за предшествовавшие шесть месяцев, а в августе в два раза больше, чем в июле. С целью предотвращения контрреволюционных выступлений в городах были произведены массовые аресты, а также регистрации различных враждебных советской власти категорий лиц. Тем самым была подготовлена почва усиления карательных мер в условиях ухудшения ситуации для советского режима.

Введение режима красного террора в сентябре 1918 г. было облегчено наличием к этому времени ряда предпосылок, прежде всего политического и социально-психологического характера. Экономическая и политическая дезорганизация страны, снижение авторитета центральной власти, радикализация масс, обесценивание жизни и раскол общества в ходе Первой мировой войны и революции 1917 г. привели к появлению признаков надлома традиционной системы в 1917 г. в виде спонтанного роста погромов, самосудов и бандитизма. Постепенно создается социальная база террора — люмпенизированные слои населения, которые навязывает обществу силовое решение стоящих перед ним проблем, отрицая при этом существующую государственность с ее законами. Террор в Гражданской войне из общественно-бытового явления становится политическим, присущим для всех сторон. Красный, розовый, желтый, черный, зеленый, белый террор — лишь условное обозначение одного и того же явления, преломления террористического мышления в призме политических воззрений на составные части, подобно преломлению луча света.

Особо следует подчеркнуть влияние иностранных государств на ужесточение форм гражданской войны. Террор как система утверждается только в случае противостояния, в котором участвует инородный (государственный или национальный) элемент. В свете этого террор оправдывается государственной или национальной чужеродностью противника. Таким образом, противник является не только политически чуждым, но и системночуждым, преступившим рамки внутрисистемной борьбы. В России это имело самые глубокие последствия из-за вмешательства Германии, белочехов, а затем Англии, Японии, США и Франции, формировало национальное неприятие противника. Жестокое подавление революции в Венгрии, Германии и особенно в Финляндии толкнуло на более решительные действия как большевиков, так и их противников.

Признавая противоположную сторону диаметрально чуждой, советская власть ставила своей целью при введении красного террора ее уничтожение, в том числе те социальные группы, на которые она опирается. Поэтому красный террор, проводимый через систему ЧК, в первую очередь был направлен против старорежимного офицерства и чиновничества, жандармов и священнослужителей, а также против буржуазии.

Помимо разрушения прежней государственности, введение красного террора преследовало определенные по замыслу советского руководства созидательные цели, направленные на закрепление собственной устанавливаемой государственности, противоположной предыдущей. Обстановка требовала от большевиков для сохранения власти не только подавления мятежей, но и их предотвращения любой ценой, как и любых проявлений анархии. Террор заменяет нереальные в условиях гражданской войны экономические реформы, сдерживая недовольство. Террор используется при «регулировании» отношений между городом и деревней при утверждении новой армии, чиновничества, правоохранительных органов, т. е. новой государственности. Введение террора также должно было решить проблему индивидуального террора, сделав его политически невыгодным.

Красный террор вводился как чрезвычайная мера, и хотя его сроки не оговаривались, изначально являлся временной мерой. Его особенностью было осуществление через систему чрезвычайных комиссий. Также характерным для режима красного террора было увеличение превентивных мероприятий органами ЧК. Арестам, заключению в концлагеря и массовым репрессиям подвергались, прежде всего, потенциально опасные слои населения: тем самым вводилась практика предваряющего удара.

Следует выделить несколько этапов красного террора осенью 1918 г. Первый этап включает период с 30 августа 1918 г. по 5 сентября 1918 г. Рамки периода ограничены покушениями на В.И. Ленина и М.С. Урицкого и публикацией постановления ВЦИК о красном терроре. Основным содержанием первой недели стала неконтролируемая волна репрессий (более 3 тыс. расстрелов), прежде всего в губернских городах и в прифронтовых губерниях. Для периода характерен порой случайный состав жертв.

Более организованный и соответственно устрашающий характер террор приобретает во второй период, включающий оставшиеся дни сентября. Общее количество жертв политики красного террора в эти недели достигает 2 тысяч человек. После постановления ВЦИК корректируется направленность красного террора с одновременным распространением его уже на всю территорию России. Это период так называемого уездного террора и одновременно начало дискуссии о ВЧК, зародившейся как дискуссия о направленности красного террора, о его масштабах.

В октябре 1918 г. система красного террора уже переживает определенный кризис. В условиях одержанных побед на фонтах и наблюдавшегося революционного движения в Европе надобность в прежней политике беспощадного подавления контрреволюции ослабла. Октябрь 1918 г. в плане применения высшей меры наказания ближе к последующим месяцам, ноябрю и декабрю, чем к сентябрьским расстрелам. На этом фоне часть членов коммунистической партии предприняла попытку реформирования карательно-репрессивной политики Советского государства. Главным итогом продолжающейся дискуссии о ВЧК стало перераспределение полномочий между ЧК и ревтрибуналами. Чрезвычайные комиссии были лишены в начале 1919 г. права вынесения приговоров. Были ликвидированы уездные чрезвычайные комиссии, а еще ранее 6 ноября 1918 г., в годовщину Октябрьской революции, была произведена амнистия, означавшая конец красного террора.

Итогом политики красного террора осенью 1918 г. стало значительное ослабление контрреволюционного подполья, антисоветского движения ценой тысяч жертв. Вместе с тем цена террора, выявившаяся лишь в малой степени в ходе дискуссии о ВЧК осенью 1918 г. — весной 1919 г. включала не только тысячи расстрелянных и пострадавших, но и утверждение негативных тенденций в эволюции Советского государства. Временно приостановленные в конце 1918 г. — в начале 1919 г., они впоследствии проявили себя на Украине в 1919 г., в Крыму в 1920 г. и при подавлении крестьянских движений в начале 20-х годов. Политика красного террора в условиях продолжающейся ожесточенной гражданской войны не могла быть прекращена полностью. Временно приостановленная в конце 1918 г., с новым обострением внутренней обстановки весной — летом 1919 г. она была возобновлена. Продолжающаяся война требовала всех средств, которые имелись в распоряжении. Целесообразность вновь переживала законность, диктуя силовые решения.