2 августа 1307 года Климент V отправил буллу Эдуарду I с просьбой избавить английский тампль от королевских налогов. Понтифик отзывался о храмовниках в том же тоне заботливого покровителя, каким обращались к ордену Папы в течение двух предшествующих веков. Стратегия пассивного сопротивления Филиппу до сих пор приносила Клименту V успех. В том же месяце, но несколько позже, де Моле снова прибыл с визитом к Папе и, возможно, осложнил ситуацию, требуя от него провести расследование, чтобы снять с храмовников подозрения и развенчать клеветнические обвинения, которые были им предъявлены.

Обвинение, на основе которого развернулся процесс против ордена, было предъявлено одним из тамплиеров, французом Эскиусом из Флуарака. Эскиус предал храмовников: он пытался убедить Иакова II Арагонского в их виновности. Однако его план расстроился, поскольку король Арагона находился в хороших отношениях с орденом. Эскиус вернулся во Францию, чтобы представить свои обвинения на рассмотрение Гийому де Ногаре. Впоследствии в обмен на свидетельства бывшего тамплиера Филипп даровал ему часть земельных владений ордена. Помимо этого, после того, как его словам нашлись подтверждения, Эскиус получил деньги от других монархов. Бывшего тамплиера поддержали ещё три свидетеля: два отлучённых храмовника и церковник. Летом 1307 года Филипп дал согласие на присоединение к французскому тамплу двенадцати новых братьев. Гийом де Плезиан, один из доверенных легистов Филиппа, сообщил королю, что его шпионы подтвердили обвинения, выдвинутые против тамплиеров. Появилось ещё несколько свидетелей, которые тем или иным образом дискредитировали себя в глазах ордена.

После того, как Климент известил Филиппа о том, что намерен провести расследование по делу тамплиеров, 14 сентября 1307 года король выдал своим констеблям скреплённый печатью папский рескрипт. В нём приказывалось сделать необходимые приготовления для ареста всех французских храмовников на рассвете 13 октября 1307 года. В рескрипте ордену были предъявлены обвинения в чудовищных преступлениях, совершённых против Бога, Христа, Церкви, Европы и общечеловеческой морали. Им вменялись в вину ересь, колдовство, предательство и гомосексуализм. В этих филиппиках чувствовался почерк Гийома де Ногаре, который стал канцлером Франции и хранителем королевской печати. Документ, в котором предъявлялись столь страшные обвинения, должен был убедить констеблей в том, чтобы они пошли наперекор своим чувствам и выполнили свой долг: арестовали уважаемых людей — своих друзей и соседей.

Чтобы придать своим действиям видимость законности, Филипп стал утверждать, что арест ордена произошёл по требованию главы французской инквизиции, доминиканца Гийома Парижского. Несмотря на отсутствие прямых улик, необходимых, чтобы предъявить подобное обвинение, Гийом Парижский принял активное участие в разбирательстве дела тамплиеров. В течение десяти лет король пытался установить контроль над инквизицией во Франции, глава которой был его личным духовником. Гийом Парижский имел законное право прибегнуть к помощи мирских монархов, когда речь шла о ереси. 22 сентября он написал письмо инквизиторам Тулузы и Каркассона, в котором были перечислены все преступления тамплиеров. Гийом Парижский рекомендовал своим коллегам арестовать храмовников. Тем самым он стал подготавливать инквизиторов к выполнению сложной задачи: они должны будут доказать виновность храмовников, прежде чем конфисковать и описать все их богатства.

12 октября 1307 года де Моле был удостоен чести нести гроб на похоронах жены брата короля. На следующий день в пятницу, 13, он и все храмовники, примерно 5000 человек были арестованы. Бежать удалось лишь двадцати. Стремительность, с какой Филипп производил аресты, создавала такое впечатление, будто король пытался помешать тщательному расследованию дела, ведь братья могли остаться на свободе и защищаться в суде. Затем монарх прибегнул к средневековой практике политической пропаганды. На следующий день после ареста 14 октября ректоры университетов и церковники собрались в Нотр-Дам, там Ногаре и другие объяснили присутствующим причину, по которой члены ордена были взяты под стражу. В воскресенье 15 числа весь французский народ приглашался в королевский парк, окружавший дворец Филиппа. К ним обратился глашатай монарха и инквизиторы-доминиканцы. То же самое происходило и в других городах Франции. Целью подобных обращений было формирование выгодного королю общественного мнения. 16 октября Филипп разослал письма всем христианским монархам и принцам, надеясь привлечь их на свою сторону.

Во время допросов власти использовали все средства, чтобы заставить арестованных говорить. Пытки были признанным законным методом ведения допросов. Инквизиция, убеждённая в том, что выполняет волю всевышнего, проявила всю свою жестокость. Храмовники были приговорены к смерти. Французские мирские власти, арестовавшие тамплиеров, получили приказ немедленно начать следствие и пытки. Несколько дней спустя членами ордена занялась Инквизиция. Королевские чиновники также принимали участие в расследовании. Их количество в отдельных регионах зависело от того, насколько Инквизиции требовались помощники.

Жестокость пыток нуждается в отдельном описании. Их орудиями были доска, к которой привязывались лодыжки и запястья, и лебёдка, на которую наматывался второй конец верёвки. Когда поворачивался рычаг, ноги и руки пытаемого растягивались до тех пор, пока не смещались суставы. Другим видом пыток была дыба. Руки и ноги арестанта заводили за спину и связывали, а другой конец верёвки перекидывали через потолочную балку, жертву вздёргивали, затем ослабляли верёвку, а потом резко поднимали на несколько сантиметров от пола. В результате у жертвы оказывались вывихнутыми руки, плечи, запястья, рёбра. Иногда, чтобы увеличить мучения, к ногам или половому органу преступника прикреплялись гири. Во время пытки огнём стопы арестанта смазывали жиром, а потом его подносили к огню. Одним из ярких свидетельств были показания священника, у которого несколько дней спустя после пытки из стоп выпали кости. Он предъявил их комиссии Папы на слушании своего дела. Существовали и другие традиционные пытки: осуждённого могли бичевать, морить голодом, держать на хлебе и воде, лишить сна, заключить в кандалы, поместить в антисанитарные условия, мучить психологически. Многие тамплиеры умерли в тюрьме, некоторые в отчаянии покончили жизнь самоубийством.

25 октября, спустя две недели после заключения тамплиеров под стражу разыгрался первый акт трагедии, которая через семь лет закончится полным уничтожением ордена. В тот день Жак де Моле на большом собрании в Парижском университете, где присутствовали легисты, признался в преступлениях, совершённых тамплиерами. Бытует мнение, что Великий магистр подтвердил предъявленные ему обвинения из одного лишь страха перед пытками, но в письме, написанном в январе 1308 года, он рассказывает о зверствах, которые пережил: с его спины, живота и бёдер содрали кожу[107].

На следующий день после заявления Великого Магистра сделали признания ещё тридцать тамплиеров, среди которых были и храмовники, занимавшие высокие посты в ордене. Они были вынуждены подтвердить, что во время инициации новые братья должны были отречься от Христа, плюнуть на крест, позволить поцеловать себя в губы и копчик и поклониться отвратительному идолу, имевшему форму человеческой головы. Де Моле выразил благодарность «самому верующему из христианских королей, королю Филиппу» за разоблачение этих грехов и написал открытое письмо братьям, в котором просил их признаться в преступлениях, совершённых орденом.