Когда папская комиссия собралась на третью и последнюю сессию 3 ноября 1310 года, лишь горстка свидетелей согласилась выступить в защиту ордена. Оставшихся в живых защитников было приблизительно 200 человек, многие из них были ослаблены, напуганы и плакали, преклонив колени.

5 июня 1311 года папская комиссия представила результаты своего расследования Филиппу. Полная запись судебного процесса была предъявлена Папе. По заключению комиссии дело, возбуждённое против ордена, было не доказано. Тем не менее были найдены улики, показывающие, что в ордене бытовали нестандартные церковные обычаи, за которые орден должен понести наказание. Этого Филиппу было достаточно.

Булла Pastoralis praeeminentiae была направлена в 1307 году и другим европейским правителям. Они поступили с орденом по-разному. Несмотря на то, что многие из монархов симпатизировали ордену, они должны были повиноваться понтифику и арестовать храмовников. В Англии папские предписания выполнили только для проформы. Английские тамплиеры знали об арестах, произошедших в октябре во Франции. Кроме того, Эдуард не спешил заключить их под стражу, поэтому, воспользовавшись трёхнедельной отсрочкой, некоторые члены ордена смогли бежать. С теми, кто остался, обошлись мягко. Они были заключены в свои тампли, им разрешили оставить свои богатства и даже оружие.

Английский суд состоял из трёх человек, этим он отличался от суда инквизиции. Почти ничего особенного не происходило до октября 1309 года, когда представители инквизиции стали проводить допросы без применения пыток. Ни один из сорока трёх братьев не признался в совершении тех преступлений, в которых их обвиняли. После серьёзной неудачи инквизиторы попросили короля дать им большую свободу при допросе. 15 декабря Эдуарду пришлось разрешить применение мягких пыток. Даже при этом условии весной 1310 года инквизиторам не удалось добиться ни одного признания. В июне инквизиторы пожаловались королю на то, что в Англии нет компетентных палачей, и попросили короля дать согласие перевезти английских тамплиеров во французские тюрьмы, где их могли тщательно допросить. Король отказал им. В конце 1310 года Эдуард разрешил снова применить пытки, но инквизиторам не удалось добиться ни одного признания. Всего было допрошено 144 английских тамплиеров.

Наконец, в мае 1311 года три храмовника покаялись в преступлениях, были прощены Церковью и вернулись в её лоно. Чтобы удовлетворить Папу, в 1311 году был достигнут компромисс: английские тамплиеры заявили, что вследствие предъявленных обвинений орден был сильно опозорен и его члены не могут оправдаться. В связи с этим они просят прелатов Англии отпустить им грехи и снять с них отлучение. Магистр английских тамплиеров с гордостью отказался пойти на этот шаг, его заключили в Тауэр, где он и скончался в 1313 году. В Шотландии Роберт Брюс думал о собственной выгоде больше, чем об амбициях короля и Папы, и согласился принять помощь хорошо подготовленных воинов в битве против Англии. В Ирландии следствие не дало никаких результатов.

Иаков II Арагонский из яростного защитника ордена превратился в сторонника Филиппа. В конце ноября 1307 года ещё до получения папской буллы он приказал арестовать всех тамплиеров и конфисковать их имущество. Возможно, Иаков II Арагонский понял, что, учитывая поддержку, которую Филипп оказывал понтифику (король фактически управлял действиями Папы), самым логичным было бы просто следовать ходу событий. В Испании также было много хороших воинов, занятых войной с маврами. Испанские тамплиеры были хорошо подготовлены и вооружены. Возможно, Иаков II почувствовал, что эти быстрые и решительные предварительные меры помогут избежать серьёзной конфронтации в будущем. В декабре он отправил свои войска на замок храмовников. Гарнизон, возглавляемый арагонским магистром тамплиеров, сдался, не оказав сопротивления. Тем не менее другие упорно сопротивлялись из-за того, что король отказался вступить в переговоры. Численность тамплиеров увеличилась, поскольку местная знатная молодёжь присоединилась к рыцарям, чтобы помочь им защитить замки.

В Арагоне расследование папской комиссии началось только в январе 1310 года. Хотя орден воевал с королём на протяжении двух с половиной лет, монарх проявил лояльность по отношению к арестованным тамплиерам. В 1311 году по распоряжению Папы к храмовникам ограниченно были применены пытки, однако не удалось получить ни одного признания. В Арагоне так же, как и в других странах Пиренейского полуострова, включая Португалию, Майорку, Кастилию, тамплиеров оправдали. После этого многие из них покинули страну, ушли в горы и стали отшельниками. Существует предание, будто после смерти тела тамплиеров остались нетленными, что служило неоспоримым доказательством их невиновности и мученичества[115].

В Германии власти выразили разную степень готовности и желания выполнить приказ понтифика. В каждом регионе решение принималось в зависимости от местной политической ситуации. 11 мая 1310 года двадцать вооружённых тамплиеров ворвались на следствие, который проводил Собор в Майнце, и во всеуслышание опровергли все выдвинутые против них обвинения. Храмовники утверждали, что на плащах сожжённых тамплиеров чудесным образом уцелели кресты, это служило очевидным доказательством невиновности ордена. Во время следующего заседания Собора тридцать семь тамплиеров, дававших показания, единодушно заявили, что выдвинутые против них обвинения ложны. Однако Климент V был разгневан вынесением оправдательного приговора и пересмотрел принятое решение.

В Италии было мало храмовников. Вероятно, многим из них удалось бежать, поскольку нашлось немного свидетелей. Местные правители по-разному отнеслись к распоряжению понтифика. В Ломбардии, несмотря на приказ Папы, власти отказались применять пытки и признали тамплиеров невиновными. В Равенне к ним тоже отнеслись с сочувствием: только семь храмовников предстали перед Собором, власти не применяли пыток к подсудимым и признали их невиновными. В Неаполе король из Анжуйской династии, сторонник Филиппа, немедленно выполнил папский указ: около сорока восьми тамплиеров были арестованы и убиты. Во владениях Папы были найдены только восемь храмовников, семь из них были признаны виновными; в других итальянских областях, таких как Тоскана, где было разрешено применение пыток, на первом же заседании суда тамплиерам вынесли обвинительный приговор.

После потери территорий на востоке тамплиеры перенесли свой главный штаб на Кипр. На острове произошёл государственный переворот: Амори де Лузиньян сверг с престола своего брата в 1306 году и благодаря поддержке храмовников стал правителем. Получив папскую буллу, Амори де Лузиньян стал обговаривать с тамплиерами сроки, в которые он может выполнить приказ понтифика и арестовать их. В мае 1308 года Магистр ордена на Кипре и два других руководителя предстали перед правителем и выступили в защиту себя и ещё 118 тамплиеров. 1 июня 1308 года Амори де Лузиньян осадил замок храмовников в Лимассоле. Тамплиеры сдались и были заключены под частичный арест. Слушание дела началось лишь в мае 1310 года. Все допрошенные заявили о своей невиновности. Однако 5 июня Амори де Лузиньян был убит, а после его смерти Климент V смог провести новые судебные заседания и начать повсеместное применение пыток, надеясь, что комиссия вынесет более «справедливый» вердикт.