Во Франции первое следствие по делу храмовников под руководством Папы началось в декабре 1307 года. Понтифик отправил для разбирательства двух кардиналов. Они, как и требовалось, осведомились у инквизиторов и легистов короля о том, как ведётся расследование, а потом известили Климента V, что процедура проводилась в соответствии с законами. Раздражённый понтифик отправил их назад и приказал расспросить самих преступников. Кардиналы вскоре сообщили ужасные новости. Жак де Моле, Гуго де Перо и шестьдесят других братьев отказались от своих признаний, сделанных под пыткой.

По мнению инквизиции, подсудимые были виновны. Было бессмысленно и почти невозможно доказывать обратное. Ложное обвинение было преступлением. Не было никакой возможности организовать защиту тамплиеров; кроме того, запрещалось созывать специальные соборы. Свидетели не желали давать показания в пользу храмовников, поскольку не хотели приобрести репутацию сообщников. Те, кто выступал на стороне обвинения, могли остаться анонимами. Подсудимому разрешалось составить список своих врагов. Если их имена совпадали с именами обвинителей, то истинность филиппик бралась под сомнение. Единственным выходом, который был у заключённых, являлось признание. В том случае, если подсудимый отрицал свою виновность, неизбежно следовали пытки. В редких случаях, когда осуждённый даже под пытками продолжал упорствовать, его как еретика отлучали от Церкви. Считалось, что ему помогал сам дьявол, и впоследствии заключённого сжигали на костре. Если осуждённый, сделав признание под пытками, потом отрицал его, то несчастного также сжигали на костре, поскольку полагали, что он упорствует в ереси. Признание и покаяние были необходимы, чтобы вернуться в лоно Церкви прежде, чем приговор будет приведён в исполнение. Наказание могло быть разным: от денежных штрафов, если преступление не было серьёзным, до пожизненного заключения, если преступление было крупным.

В феврале 1308 года Климент V заставил французскую Инквизицию временно прекратить допросы, чтобы собрать воедино все свидетельские показания и судебные записи, включая самые последние. 21 декабря 1307 года понтифик издал буллу, чтобы успокоить госпитальеров. Указ подтверждал статус ордена и гарантировал ему защиту. Папа настаивал на том, что судебное разбирательство по делу тамплиеров должно быть проведено под его руководством специальной комиссией. Филипп положил на чашу весов свою репутацию, личную безопасность и даже, можно сказать, королевскую власть. Отступление было невозможно. Монарх настаивал на виновности ордена, возможно, он поверил в истинность собственных обвинений. Вместе с Гийомом де Ногаре король организовал кампанию против Папы: в различных памфлетах они возводили клевету на понтифика и поносили его, обвиняя в том, что тот защищал еретиков, поскольку и сам был грешником. Филипп вновь обратился за помощью к легистам Парижского университета, чтобы получить судебное решение, подтверждающее законность его прав на ведение дела тамплиеров. Однако после месяца дискуссий 25 марта они сообщили ему, что он не может судить храмовников и налагать арест на собственность ордена. Тогда в мае 1308 году Филипп собрал Генеральные штаты. После недельной сессии, во время которой де Ногаре предъявил свои обвинения, 2000 представителей знати, церковников и простого народа поддержали действия короля и высказались за уничтожение ордена.

Позже в том же месяце Филипп отправился в Пуатье с небольшим вооружённым отрядом, чтобы обсудить этот вопрос с Климентом V. 29 мая Папа публично провёл консисторию, на которой присутствовали кардиналы, королевские советники, а также стоящие ниже по званию церковники и миряне. Гийом де Плезиан выступил с речью, в которой издевался над понтификом и даже угрожал ему. Однако Папа ответил, что не изменит своего решения и будет тщательно по закону расследовать дело тамплиеров. Он выразил свою ненависть к ереси, но при этом подчеркнул, что его долг состоит в обеспечении правдивого и беспристрастного приговора. 14 июня де Плезиан выступил с ещё более злобной речью. Однако Климент V твёрдо стоял на своём решении. Затем Филипп попытался найти компромисс. Безусловно, он подчинится власти Папы, но, поскольку Церковь не владеет местом, где можно было бы содержать заключённых, король поможет понтифику, и в распоряжение тамплиеров будут предоставлены камеры французских тюрем. 27 июня король организовал встречу Папы и 72 избранных тамплиеров, чтобы они, представ перед понтификом, признали свою вину. В конце концов, такая возможность дала Клименту V некоторую свободу в принятии решения. Он сказал, что признания были убедительными, и договорился с Филиппом о некоторых уступках в вопросе конфискации собственности. Затем понтифик разделил следствие на две самостоятельные группы.

Во-первых, суд над орденом должна была осуществлять специальная папская следственная комиссия. Климент V заявил, что она доложит результаты следствия на Соборе в Вене, который был назначен на октябрь 1310 года (Собор отложили до октября 1311 года). Во-вторых, был возобновлён процесс под началом Инквизиции, деятельность которой была приостановлена в феврале. Она должна определить вину или невиновность отдельных тамплиеров. Это расследование должно было проводиться на уровне епархий провинциальными советами, во главе которых стоял местный епископ. Однако, как уже говорилось о мирской инвеституре, должность местного епископа была выборной и передавалась с санкции короля. Таким образом, Филипп контролировал процедуру дознания в провинциях.

Несмотря на различные уловки, к которым прибегал Климент V, чтобы сохранить лицо и создать видимость своей независимости, его мало заботила судьба храмовников. И понтифик, и король плясали под дудку Гийома де Ногаре. 12 августа 1308 года Климент V издал буллу Faciens misericordiam, в которой излагались обвинения, предъявленные тамплиерам. В указе было перечислено всего 127 обвинительных пунктов, многие из них повторяли друг друга, самыми серьёзными были следующие:

• во время церемонии принятия в орден (иногда после неё) новый член ордена должен был отречься от Христа или от того, что Христос был распят, или (иногда) от Иисуса, Бога, Девы Марии и святых;

• согласно доктрине тамплиеров, Иисус не является истинным Богом, он лжепророк, который не страдал на кресте и умер во искупление не общечеловеческих, но собственных грехов; ни посвящающий, ни новый член ордена не могут спастись через Иисуса;

• во время церемонии принятия нового члена в орден новообращённый должен плюнуть на крест или икону, иногда он топчет крест или мочится на него;

• тамплиеры поклоняются сатане в образе кошки и презирают Христа и христианскую веру;

• тамплиеры не верят в церковные таинства;

• капелланы ордена не благословляют мирян и не творят положенные молитвы во время Мессы;

• Великий Магистр, досмотрщик, командор ордена присвоили себе право отпускать грехи;

• во время церемонии принятия нового члена в орден посвящающий целует нового тамплиера либо в губы, либо в пупок, либо в живот, либо в зад, либо в спину, либо в половой орган, по другим показаниям, именно новичок целовал посвящающего;

• тамплиеры вступают в гомосексуальные связи, и членам ордена разрешается ухаживать друг за другом;