В Департаменте полиции разработка масонов была поручена жандармскому подполковнику Генриху Генриховичу фон Мецу. К 1908 г. он завершил обширное исследование «О существе и целях Всемирного общества франкмасонов». Его результаты подполковник обобщил в подробной аналитической записке на имя директора Департамента полиции 8 октября 1908 г. Внимательно прочитав ее, М. И. Трусевич наложил резолюцию: «Прошу С. Е. Виссарионова обработать записку в более краткую форму (но достаточно полно) для доклада Его Величеству». Однако вскоре после этого решения М. И. Трусевич был смещен с поста директора Департамента полиции, а подполковник Г. Г. Мец — откомандирован в распоряжение Дворцового коменданта.

К этому времени российская разведка и контрразведка сумели проникнуть в самые сокровенные тайны масонских лож. В 1908 г. руководителю Зарубежной агентуры Департамента полиции в Европе А. М. Гартингу удалось внедрить во французскую ложу «Жюстис», входившую в «Великий Восток Франции», своего агента. Это был некий Биттар-Моненан, продержавшийся в этой ложе около пяти лет, пока не был разоблачен в 1912 г. знаменитым «охотником за провокаторами» В. Л. Бурцевым. Его донесения позволили Департаменту полиции установить подлинную цель приезда в Россию двух масонских эмиссаров Лаффера и Вадекара, открывших в Петербурге и Москве ложи «Полярная звезда» и «Возрождение» под эгидой «Великого Востока Франции».

В августе 1909 г., во время пребывания в Крыму, Николай II неожиданно пожелал ознакомиться с разработками по масонству. Подполковник Г. Г. Мец подготовил новый вариант записки с приложениями и передал их дворцовому коменданту, у которого они хранились до весны 1910 г.

Подрывная деятельность масонства сильно тревожила российские власти, и особенно императора Николая П. Свои соображения и опасения по этому поводу он высказал министру внутренних дел П. А. Столыпину. Тот, в свою очередь, также считал, что следствие Департамента полиции о подрывной деятельности масонов ведется неудовлетворительно. По его приказанию Департамент полиции усилил деятельность по сбору сведений о масонстве. В частности, был назначен специальный эксперт по этой проблеме. Им стал старший помощник делопроизводителя, коллежский асессор Борис Кирович Алексеев. Для сбора необходимой информации он был командирован в Париж. Здесь его соратником стал бывший заведующей Заграничной агентурой Департамента полиции, весьма опытный оперативник Леонид Александрович Ратаев.

Он служил в Министерстве внутренних дел с 1880-х гг. В 1902-1906 гг. был заведующим Заграничной агентурой в Париже. В 1906 г. вышел в отставку и остался жить в Париже под фамилией Рихтер. Здесь он и занялся сбором информации о подрывной деятельности масонов в России. В Государственном архиве Российской Федерации хранится его переписка с руководством российского Министерства внутренних дел. В 1911—1916 гг. он специально собирал за границей сведения о международной деятельности масонства. Уже в марте 1911 г. им был представлен первый доклад на эту тему. Всего в делопроизводстве представлено более десятка различных документов.

Б. П. Алексеев через посредничество Л. А. Ратаева вошел в контакт с руководством Антимасонской лиги и, в частности, с аббатом Турмантеном. Материал, собранный Алексеевым, позволял ему сделать выводы о том, что пропаганда масонства в России исходит не только из Франции и что французское масонство прямо зависит от еврейского капитала.

Сводка докладов Алексеева была представлена Столыпину, который внимательно ознакомился с планом совместной с Антимасонской лигой борьбы и требуемой для этого суммой денег, а затем выразил желание, чтобы этот проект получил непосредственную санкцию императора, лично интересующегося масонским вопросом. В декабре 1910 г. товарищ министра внутренних дел генерал Курлов представил на имя императора доклад, в котором указывалось на неотложную необходимость полного освещения масонского вопроса в России. По словам дворцового коменданта генерала Дедюлина, этот доклад «сильно заинтересовал Его Величество, причем Государь несколько раз говорил, что по этому вопросу необходимо назначить отдельную аудиенцию». Департамент полиции для подготовки этого вопроса запросил сведения от Л. А. Ратаева. Он подготовил в марте 1911 г. подробную записку о масонстве, в которой особо отмечал «серьезное противогосударственное значение возрождения масонства в России и указывал на необходимость серьезной борьбы с ним».

Предстоящая аудиенция (совещание с присутствием императора) по масонскому вопросу для обсуждения программы борьбы намечалась Столыпиным после киевских торжеств или после возвращения царя из Крыма осенью 1911 г. Уже в середине 1911 г. П. Г. Курлов представил «в высшие сферы» подробную докладную записку о деятельности масонов. Очевидно, к этому времени Столыпин осознал всю серьезность и реальную угрозу национальной безопасности России со стороны внешне безобидных масонских лож и теперь планировал предпринять решительные меры против них.

Борьба российских спецслужб против преступной антигосударственной деятельности масонских лож оказывалась малоэффективной и во многом парализовалась из-за засоренности самого Министерства внутренних дел и других правительственных учреждений империи. В масонских ложах состояли самые высокопоставленные государственные чиновники, среди которых были В. Ф. Джунковский, С. Д. Урусов, А. А. Мосолов, призванные защищать интересы национальной безопасности Российской империи. Они тормозили проведение антимасонских мероприятий. Многие сведения, добытые нередко, с риском для жизни, сразу же становились известны вольным каменщикам. Так, глава «Союза русского народа» А. И. Дубровин 10 октября 1910 г. по этому поводу писал: «…Департаменту полиции он больше никаких сведений по масонству давать не будет, потому что сообщения его, переданные конфиденциально… были известны в масонских кругах на следующий же день».

Очевидно, убийство П. А Столыпина в Киевском оперном театре 1 сентября 1911 г. не без оснований связывалось с деятельностью вольных каменщиков. В пользу такого предположения свидетельствует донесение известного агента Департамента полиции Б. К. Алексеева, полученное после убийства премьер-министра. В этом документе, найденном после Февральской революции в материалах Департамента полиции, он писал: «Покушение на жизнь Председателя Совета Министров находится в некоторой связи с планами масонских руководителей».

Однако в материалах «Делопроизводства сенаторов М. И. Трусевича и Н. 3. Шульгина по расследованию действий должностных лиц, принимавших участие в осуществлении мер охраны во время пребывания Николая II в Киеве в 1911 г., по делу убийства министра внутренних дел П. А. Столыпина в сентябре 1911 г. в Киеве» масонский след не был обнаружен. После Февральской революции обстоятельства гибели Столыпина были предметом особого разбирательства членов Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства. Однако и тогда возможная причастность масонства к этому не рассматривалась. В 2003 г. эти документы были опубликованы, и читатель может составить об этом свое мнение.

Убийство Столыпина резко изменило политический климат страны. Оно привело к отставке его ближайших сотрудников по Министерству внутренних дел. Одним из первых ушел в отставку П. Г. Курлов. Поэтому выработка программы борьбы с масонством была отложена на неопределенный срок, а фактически так никогда и не была осуществлена. Новый председатель Совета Министров В. Н. Коковцев в своей программной речи заявил: «Довольно националистической реакции, теперь нужно примирение». По данным О. А. Платонова, сам Коковцев состоял в масонском обществе «Маяк». Это привело к усилению влияния в российском обществе либеральных и левых кругов. В декабре 1912 г. министром внутренних дел был назначен черниговский губернатор Н. А. Маклаков, родной брат известного масона, одного из лидеров кадетской партии В. А. Маклакова. Пост товарища министра занял генерал В. Ф. Джунковский, ставший шефом Отдельного корпуса жандармов. При нем началась перестройка российских спецслужб.